Les principales directives pour la publication dans les

yokeenchantingBiotechnology

Sep 29, 2013 (4 years and 13 days ago)

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Publier et
Publier et
é
é
changer les r
changer les r
é
é
sultats des analyses
sultats des analyses
prot
prot
é
é
omiques
omiques
Mardi 16
Session 1: Eléments àprendre en compte pour concevoir une analyse protéomique
14h00
-1.1 Les principales directives pour la publication dans les journaux de
protéomique
P Jouin
14h30
-1.2 Approches expérimentales.
J Vinh
16h pause
16h30
-1.3 Outils statistiques de l’analyse protéomique.
Tristan Mary-Huard
17h30
Table ronde: Présentation des projets des participants
Bonnes Pratiques de Publication
Bonnes Pratiques de Publication
1997
www.publicationethics.org/code-conduct
2002
2002
2002
2002
2001
2001
Studydesign and ethicalapproval
Good researchshouldbewelljustified, wellplanned, appropriatelydesigned,
and ethicallyapproved. To conductresearchto a lowerstandard may
constitutemisconduct.
Data analysis
Data shouldbeappropriatelyanalysed, but inappropriateanalysisdoesnot
necessarilyamountto misconduct. Fabrication and falsification of data do
constitutemisconduct.
Redundantpublication
Redundantpublication occurswhentwoor more papers, withoutfull cross
reference, sharethe samehypothesis, data, discussion points, or
conclusions.
The COPE Report 1999
The COPE Report 1999
Publier et d
Publier et d
é
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poser dans des banques de
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donn
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é
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es des data de
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prot
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omique
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Pourquoi des Guidelines ?
7
Mais
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ù
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sont
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mes
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.
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Ce dont on parle ici
Ce dont on parle ici
acquisition SM
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pr
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processing
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identification (des peptides et
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prot
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ines
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)
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quantification
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modifications post
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traductionnelles
traductionnelles
analyse
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comparaisons
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de DB
de DB
DataBase
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et export
et export
Publier et
Publier et
é
é
changer les r
changer les r
é
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sultats des analyses
sultats des analyses
prot
prot
é
é
omiques
omiques
Pourquoi des Guidelines ?
Pourquoi des Guidelines ?
Les technologies actuelles produisent d’énormes quantités de datas
Il est matériellement difficile sinon impossible de
présenter l’ensemble des données
Une difficult
Une difficult
é
é
é
é
ditoriale
ditoriale
Les journauxsontconfrontésàuneprogression trèsrapide
en nombrede publications qui comportentun volume de
donnéestropimportant
•Incapacitéàétablirla validitéd’uneidentification d’un peptide oud’une
protéine
–Le manquede connaissancedes algorithmeset leurmauvaise
utilisationcontribuentàproduirede nombreuxfaux positifs
–La validation manuellene constituepas un “gold standard”utile
•Les manuscritsne donnentsouventpas suffisammentd’informationsqui
montrentcomment les donnéesontététraitéeset quelssontles critères
d’identification.
La conséquenceestquenous publionsbeaucoup
d’interprétationsincorrectes
La fonction de directives est donc de s’assurerqueseulesdes
donnéesutileset de trèsbonnequalitése retrouventdansla
littératureen protéomique:
donner des informations suffisantes pour rendre compte de
l’expérience
démontrer la robustesse des données
fournir les données qui attestent des résultats, notamment ceux qui
peuvent conduire àune mauvaise interprétation, permettant à
quiconque de revérifier les résultats àpartir des données
De bonnes publications
De bonnes publications
Pourquoi jouer tant de notes alors qu'il suffit de jouer les meilleures ?
Miles Davis
Ce que n’imposent pas les recommandations
:
les guidelines ne doiventpas êtrecontraignanteset
pesantes
les guidelines ne doiventpas imposer les outilsàutiliser
….. quoi que !
Les limites des directives
Les limites des directives
Search
Search
Engine
Engine
Peak
Peak
Picking
Picking
Software
Software
Peptide Mass
Peptide Mass
Fingerprint
Fingerprint
Data
Data
PMF
PMF
Peak
Peak
Picking
Picking
Quantitation
Quantitation
Software
Software
Others
Others


Single Peptide
Single Peptide
Protein
Protein
IDs
IDs
and
and
PTMs
PTMs
Protein
Protein
Identifications
Identifications
Database
Database
Search
Search
Parameters
Parameters
Mass
Mass
Spec
Spec
Quantitation
Quantitation
Results
Results
….. quoi que !
HUPO 2001
HUPO 2001
Hu
man p
roteome o
rganisation
http://www.hupo.org/
Oct 7, Leesburg, Virginia
•Plusieursobjectifs:
–Consoliderles organisations et réseauxnationauxet internationaux
en protéomique
–Aider àla coordination d’initiativespubliquesen proteomique
–S’engagerdansdes activitésde formation et de soutienscientifique
•“Tissue proteome projects”et autresinitiatives:
–Plasma, Liver, Brain, Glyco;
–Antibody and Proteomics


Standards Initiative (PSI)
Standards Initiative (PSI)
The Proteomics Standards Initiative (PSI)
http://psidev.sourceforge.net/
HUPO meeting in Washington, April 28-29, 2002
•Etablirdes standards pour
–la représentationet l’annotationdes data
–Le format de data
–Pas pour les méthodes!
•Impliquédansdeuxdomainesde la protéomique
–Protéine-protéineintéractions(fait)
–Mass spectrometry (en développement)
•Créeret établirdes standards générauxen protéomique
(GPS)
Kaiser J. 2002 Science 296 (5569):827
HUPO
HUPO
-
-
PSI
PSI
Activit
Activit
é
é
du PSI
du PSI
Guidelines for
Guidelines for
reporting
reporting
the use of mass
the use of mass
spectrometry
spectrometry
in
in
proteomics
proteomics
Présente la checklistdes informations minimum qui doivent apparaître
sous forme d’un ensemble de data qui sera transmis pour un dépôt dans
une base de donnée publique ou pour une publication scientifique
nature biotechnology
volume 26 number8 august2008
Minimal Information About a Proteomics
ExperimentMIAPE Mass Spectrometry
(MIAPE-MS) Mass Spectrometry working group of the Human Proteome
Organisation’sProteomics Standards Initiative (HUPO-PSI)
http://www.psidev.info/
Les guidelines de MIAPE-MS se subdivisent en :1.Caractéristiques générales: Des informations sur le type et la marque de
linstrumentation, la version de logiciel utilisée pour la machine et les
paramètres utilisés.
2. Source dions: comme, electrosprayionization(ESI) ou matrix-assisted
laser desorptionionization(MALDI).
3. Les composants majeur en aval de lionisatin: Tels que, trappe àions,
cellule de collision, tbede temps de vol (TOF) et détecteurs.
4. Les données obtenues et leur traitement: la méthode de génération dune
peaklistet la localisation et le chemin daccès aux données brutes, la
méthode et les logiciels utilisés pour lidentification, la quantification, les DB.
MIAPE: The Minimum Information About a ProteomicsExperiment
Version 2.24
•Ces recommandations ont été
proposées lors d’une réunion à
Maison de la Chimie in Paris en Mai
2005 par 30 personnalités de la
communautéscientifique
•Ces guidelines sont sur le site de
Molecularand Cellular Proteomics
(MCP) (
http://mcponline.org
).
•Un grand pourcentage de
manuscrits soumis àMCP ne suivent
pas initialement ces
recommandations Bradshaw RA, BurlingameAL, Carr S and AebersoldR.
Mol CellProteomics
(2006)
5(5):787-8.
MCP Paris Guidelines
MCP Paris Guidelines
Phil Andrews,
Universityof Michigan MedicalSchool
Rolf Apweiler,
EuropeanBioinformaticsInstitute
Kathy Aschheim,
Nature Biotechnology
David Baker,
Universityof Washington
Ronald Beavis,
BeavisInformatics, Ltd.
Leo Bonilla,
Harvard Center for Geneticsand
Genomics
Ralph A. Bradshaw,
Universityof California, Irvine
Alma L. Burlingame,
Universityof California, San Francisco
Steve Carr,
Broad Institute of MIT and Harvard
Robert Chalkey,
Universityof California, San Francisco
Karl R. Clauser,
Broad Institute of MIT and Harvard.
Katie Cottingham,
ACS Publications
John S. Cottrell,
MatrixScience
Richard Denny,
Waters Corporation
Barbara Gordon,
ASBMB
Armin Graber,
BIOCRATES
Richard Jacob,
UniversityCollegeLondon
Eugene Kapp,
Ludwig Institute for Cancer Research
Jeffrey A. Kowalak,
National Institute of Mental Health
Joachim Kraus,
Wiley-VCH
Bernhard Kuster,
Cellzome
Alexey I. Nesvizhskii,
Institute for Systems Biology
Jan Van Oostrum,
Novartis Pharma
Patrick Pedrioli,
Institute for Systems Biology
John T. Prince,
Universityof Texas
Thierry Rabilloud,
CEA-Grenoble
Sean Seymour,
AppliedBiosystems
Chris Taylor,
EuropeanBioinformaticsInstitute
WenYu,
Amgen Co.
ProteomeScience 2006, 4:8
D
D


autres journaux de
autres journaux de
prot
prot
é
é
omique
omique
utilisent
utilisent
des guidelines.
des guidelines.
Proteomics
2006,
6,
4–8
Quelques
Quelques
conseils
conseils
sur
sur
comment
comment
utiliser
utiliser
vos
vos
donn
donn
é
é
es
es
Lire et suivreles directives de MCP ouMIAPE
Stocker les donnéesselonle format original de la machine aussipeu
traitéesquepossible avec les informationsd’originesur:
-Intensitédu pic
-résolution, étatde charge
-Paramètresd’acquisition
Se serviren prioritéd’algorithmesde rechercheet de DB les plus
courants
Définiruneméthodepour évaluerle niveaude faux positifs
Utiliserunenotation admiseet cohérentedes résultats
Bien suivrecetteformation
L
L


avenir
avenir
Les logiciels s’attachent àutiliser des formats de sortie avec des
interfaces plus séduisantes qui faciliteront la présentation des
résultats
Des formats communs e.g. mzML, AnalysisXML, deviennent
universellement accessibles, des outils permettront l’extraction
automatique des informations pertinentes àpartir des données
brutes et des sorties de recherches
Ces questions de formats résolus on peut espérer arriver àdes
directives homogènes pour tous les journaux.
L’étape ultime sera de rendre publiques et accessibles les données
brutes.
Mead JA, ShadforthIP, BessantC.
Public proteomicMS repositoriesand pipelines: availabletoolsand biologicalapplications.
Proteomics. 2007 Aug;7(16):2769-86.
L
L


objectif
objectif
Mieux répondre àla question biologique,
donc publier dans des revues àfort impact qui n’ont évidemment pas
les mêmes éxigencessur les données de protéomique
Conductresearchto a lowstandard mayconstitutemisconduct.
Exemple : les r
Exemple : les r
é
é
seaux d
seaux d


interaction prot
interaction prot
é
é
ine
ine
-
-
prot
prot
é
é
ine
ine
Donner un sens biologique aux donn
Donner un sens biologique aux donn
é
é
es de
es de
prot
prot
é
é
omiques
omiques
gro
Wnt2
wg
fz
fz2
dsh
sgg
Axn
CkIa
arm
Apc2
Exemple : les voies de signalisation cellulaire
Exemple : les voies de signalisation cellulaire
The Wntpathway
Bonne formation
Bonne formation