Bio-informatique : les bases de l'analyse de séquence

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Maurice Boissinot

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Introduction à la bioinformatique


ABI
-
1001


Alignement multiple de séquences et initiation à la phylogénie moléculaire


29 mars 2004




Professeur

:

Maurice Boissinot



Centre de Recherche en infectiologie de l’université Laval

654
-
2705



Maurice.Boissino
t@crchul.ulaval.ca



À la suite de la présentation et des devoirs, vous devriez pouvoir

:



Comprendre l’importance des alignements multiples de séquences pour la phylogénie


Utiliser et comprendre des outils web pour réaliser des alignements multiples


E
xpliquer les concepts sous
-
jacents à la phylogénie moléculaire



Énoncer les principes de base des principales méthodes d’analyse phylogénétique




Choisir et appliquer les outils d’analyse phylogénétique appropriés à vos besoins




Analyser les résultats
des arbres phylogénétiques



Références

:



Baxevanis, A.D., D.B. Davison, R.D.M. Page, G.A. Petsko, L.D. Stein, G.D. Stormo. (Editeurs).
2003.

Current Protocols in Bioinformatics.

John Wiley & Sons, Inc


Baxevanis, Andreas et B.F.Francis Ouellette (Edit
eurs).
2001.

Bioinformatics : A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins, Second Edition

Wiley
-
Liss; ISBN: 0471383910.


Mount, David W. 2001

Bioinformatics.: Sequence and genome analysis.

Cold Spring Harbor Laboratory Press.


Graur, D. & Li, W
.
-
H. 2000

Fundamentals of molecular evolution,

Sunderland: Sinauer Associates, Inc.


Pevsner, J. 2003

Bioinformatics and Functional Genomics

Wyley
-
Liss

http://www.bioinfbook.org


Bystroff, Chris. 2003.

Bio
informatics I, BIOL4540.

http://www.bioinfo.rpi.edu/~bystrc/courses/biol4540/






Maurice Boissinot

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Quelques sites utiles

:



NCBI

:

http://www.ncbi.nl
m.nih.gov/


ExPASy Molecular Biology Server et SwissProt

:

http://ca.expasy.org/


Cours d’introduction à la bioinformatique de UCSD

:

http://
www.sdsc.edu/~gribskov/bimm140/bimm140.html


Listes des sites de biologie (Bio Net Book) de l'Institut Pasteur

:

http://www.pasteur.fr/recherche/BNB/


Serveurs de phylogénie via le bioweb de l'Insti
tut Pasteur

:

http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/phylogeny/


Serveur d’alignement ClustalW de l’EBI

:

http://ww.ebi.ac.uk/clustalw/


Serveur A
MAS pour l’analyse des alignements multiples

(voir aussi les autres outils du Dr Barton)

:

http://www.compbio.dundee.ac.uk/amas/


Glossaire de bioinformatique

:

http://www.genomicglossaries.com/content/Bioinformatics_gloss.asp


Protein Structure and Sequence Analysis Course

:

http://www.biochem.ucl
.ac.uk/bsm/dbbrowser/jj/