Axe 7 : Bioinformatique moléculaire - BioSciences Gerland - Lyon Sud

peaceevenBiotechnology

Oct 4, 2013 (3 years and 9 months ago)

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Axe
7
Bioinformatique
Molé
culaire:
de
la
molécule
à

la
clinique
http://www.ibcp.fr/IFR
Axe
7
:
Bioinformatique
molé
culaire:
de
la
molécule
à
la
clinique
Gilbert
Deléage
Laboratoire de bioinformatique et RMN
structurales
Pôle BioInformatique Lyonnais (PBIL)
Institut de Biologie et Chimie des Proté
ines
7, passage du Vercors
69367 Lyon cedex
g.deleage@ibcp.fr
Marc Robinson-Rechavi
Structure et Evolution des
récepteurs nuclé
aires
d’
hormones
Ecole Normale Supérieure -Lyon
46, Allée d'Italie
69364 LYON Cedex 07
marc.robinson@ens-lyon.fr
Coordonnateurs
Axe
7
Bioinformatique
Molé
culaire:
de
la
molécule
à

la
clinique
http://www.ibcp.fr/IFR
Bioinformatique
moléculaire:
de
la
molécule
à
la
clinique
13 é
quipes constitutrices représentant toutes les unités de l’
IFR et l’axe est ouvert…

Laborétro
Dr. J-L. Darlix (ENS, INSERM U412)

Bioinformatique et RMN Structurales
Pr. G. Delé
age/Dr F. Penin (IBCP, UMR 5086)

Biologie des infections virales émergentes

￿Dr. V. Deubel (UBIVE, Pasteur)

Histoire naturelle et vaccination anti-VHC
Dr. G. Inchauspé
(UMR 2142, CNRS/bioMérieux)

Structure et évolution des ré
cepteurs nucléaires d’
hormones
Pr. V. Laudet (ENS, UMR 5665)

Rétrovirus endogènes humains
(HERV-W) Dr. F. Mallet (UMR 2142, CNRS/bioMérieux)

Détermination antigénique
Dr. C. Jolivet-Reynaud (UMR 2142, CNRS/bioMérieux)

Morphogenèse florale chez Arabidopsis et la Rose
Dr. M. Bendahmane (ENS, UMR 5667)

Approches moléculaires, cellulaires et physiopathologiques des infections lentivirales et de
l'adénocarcinome pulmonaire ovin
Dr. C. Leroux UMR 754 INRA-UCBL-ENVL

Structure/fonction des glycoprotéines et ré
cepteurs du virus de la rougeole
Dr. R. Buckland
(INSERM U404)

Biologie molé
culaire et cellulaire des hépatites virales
Dr. G. Baccala (UMR 2142, CNRS/bioMérieux)

Virologie HIV-1 et vaccination
Dr. B. Verrier (UMR 2142, CNRS/bioMérieux)

Adjuvants naturels et virus de l'hépatite
C V. Lotteau/P. André (INSERM U503)
Axe
7
Bioinformatique
Molé
culaire:
de
la
molécule
à

la
clinique
http://www.ibcp.fr/IFR

IFR
Biosciences
Lyon-Gerland
METHODOLOGIES
Analyse
de
séquences
Pré
diction
de
structures
Modé
lisation
molé
culaire
Phylogé
nie-Evolution
Sites
fonctionnels
3D
BASE
DE
DONNEES
HCVDB

Hepatitis
C
virus
Database
Nurebase

Base
de
données
des
r
écepteurs
nucléaires
HERVgDB

Human
Endogenous
Retroviruses
Genomic
DataBase
INTEGRATION
LOGICIELLES &
«￿WEBICIELLES￿»
Logiciels
ANTHEPROT

MPSA
Evoligo
Serveurs
Web
NPS@
Geno3D
Sumo
THEMES BIOLOGIQUES
Virologie
H
épatites,
HIV,
Lentivirus
Infections
é
mergentes,
Rougeole,…
Cancer
Marqueurs
tumoarux,

cepteurs
nuclé
aires,

trovirus
humains,…

nomique
comparative
Annotation
d’
A.thaliana
,
Projet

nome
Amphioxus
Composantes
stratégiques
de
l’axe
Axe
7
Bioinformatique
Molé
culaire:
de
la
molécule
à

la
clinique
http://www.ibcp.fr/IFR
NPS@:
Network
Protein
Sequence
Analysis
C.,
Blanchet
C.,
Geourjon
C.,
Delé
age
G.
TIBS
(2000)
25,
147-150
Serveur
NPS@
du
PBIL
:
Network
Protein
Sequence
Analysis
0
500000
1000000
1500000
2000000
2500000
3000000
1998
1999
2000
2001
2002
20%
22%
26%
32%
France
Europe
(hors
France)
USA
Reste
du
monde
41
méthodes
bioinformatiques
interconnectées
+
17
bases
de
données
+

1
systè
me d’
interrogation
2517710
requêtes
d’
analyse
depuis
avril
1998
2145

analyses
par
jour
pendant
l’
année
2001
http://npsa-
pbil.ibcp.fr
Axe
7
Bioinformatique
Molé
culaire:
de
la
molécule
à

la
clinique
http://www.ibcp.fr/IFR
Geno3D:
un
outil
de
modélisation
moléculaire
sur
le
Web
http://geno3d-pbil.ibcp.fr
Geno3D:
Automatic
comparative
molecular
modelling
of
protein
C.
Combet,
M.
Jambon,
G.
Delé
age
and
C.
Geourjon
Bioinformatics
(2002)
18,
213-214
L
i
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n

v
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outils
d’an
alyse
de

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a
modé
lis
a
tio
n
Visualiser
l’
alignement
Axe
7
Bioinformatique
Molé
culaire:
de
la
molécule
à

la
clinique
http://www.ibcp.fr/IFR
1
2
4
7
5
6
3
9
10
8
ANTHEPROT:
Logiciel
client/serveur
d’analyse
de
séquences
de
protéines
ANTHEPROT
:
An
integrated
protein
sequence
analysis
software
with
client/server
capabilities
Delé
age,
G.,
Combet,
C.
,
Blanchet,
C.
and
Geourjon,
C.
Comput.
Bio.
Med.

(2001)
31
,
259-267
http://antheprot-pbil.
ibcp.
fr
Axe
7
Bioinformatique
Molé
culaire:
de
la
molécule
à

la
clinique
http://www.ibcp.fr/IFR
MPSA:
Multiple
Protein
Sequence
Analysis
http://mpsa-
pbil.
ibcp.
fr
MPSA:
integrated
system
for
protein
sequence
analysis
Blanchet
C,
Combet
C,
Geourjon
C,
Delé
age
G.
Bioinformatics
(2000)
16,
286-287
Axe
7
Bioinformatique
Molé
culaire:
de
la
molécule
à

la
clinique
http://www.ibcp.fr/IFR
H64
S
221
D
32
H57
S
195
D
102
Proté
ases
à
sérine
:

me
fonction,
repliement
et
séquences
différentes
Subtilisine
1SBC
Chymotrypsine
1AFQ
Chymotrypsine
Asp32
His64
Ser221
Subtilisine
Ser195
Asp102
His57
SUMO:
Détection
de
sites
dans
les
structures
3D
A
new
bioinformatic
approach
to
detect
common
3D
sites
in
protein
structures
M.
Jambon,
A.
Imberty,
G.
Delé
age
and
C.
Geourjon
PROTEINS
Structure,
Function
and
Genetics
(accepté
)
Axe
7
Bioinformatique
Molé
culaire:
de
la
molécule
à

la
clinique
http://www.ibcp.fr/IFR
Nurebase
:
base
de
données
de
récepteurs
nucléaires
Donné
es en octobre 2002 :
• toutes les séquences protéiques et ADNc
avec mise à
jour toutes les 24h et annotation des
transcrits alternatifs
• annotations
standardisées
: noms de gè
nes, ligands naturels, domaines proté
iques
• alignements et phylogénies, taxonomie détaillé
e
des
espè
ces

expression
des gènes chez l'humain et la souris à
partir des EST, avec mots-clés standardisés
par organe (± tumeur)
Interrogation :

interface WWW
permettant des requêtes simples (espèce = souris, ligand = œstrogène) ou
complexes (orphelins exprimés dans des tumeurs avec des transcrits alternatifs connus)

interface spécialisé
e Java
permettant la manipulation des arbres, des alignements et des
séquences
Duarte
J,
Perriè
re
G,
Laudet
V,
and
Robinson-Rechavi
M.
NUREBASE:
Database
of
nuclear
hormone
receptors.
Nucl.
Acids
Res
.
(2002)
30,
364-368
Axe
7
Bioinformatique
Molé
culaire:
de
la
molécule
à

la
clinique
http://www.ibcp.fr/IFR
interface WWW
Nurebase
:
base
de
données
de
récepteurs
nucléaires
Axe
7
Bioinformatique
Molé
culaire:
de
la
molécule
à

la
clinique
http://www.ibcp.fr/IFR
Nurebase
:
base
de
données
de
récepteurs
nucléaires
Interface
Famfetch
dédiée en Java (avec G. Perrière PBIL)
Axe
7
Bioinformatique
Molé
culaire:
de
la
molécule
à

la
clinique
http://www.ibcp.fr/IFR
Evoligo
:
aide
à
l'expérience en PCR
séquences à amplifier spéficiquement
amorce prédite
fragment amplifié
Axe
7
Bioinformatique
Molé
culaire:
de
la
molécule
à

la
clinique
http://www.ibcp.fr/IFR
HERVgDB:
Human
Endogenous
Retroviruses
Genomic
DataBase

Pri
nc
i
pe
C
o
ll
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c
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r

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7
Bioinformatique
Molé
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la
molécule
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la
clinique
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Un
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bioinformatique
clinique
http://hepatitis.
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Axe
7
Bioinformatique
Molé
culaire:
de
la
molécule
à

la
clinique
http://www.ibcp.fr/IFR
Actions
et
objectifs
généraux
de
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Objec
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