Un seul principe actif dirigé contre deux cibles - Université de Caen ...

incandescentnonBiotechnology

Dec 10, 2012 (4 years and 8 months ago)

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Mise en évidence de nouveaux ligands non
-
peptidiques du récepteur GPR103

Discovery of new non
-
peptide ligands for GPR103 receptor


Caractérisation des petits ARNs non codant chez
Ente
rococcus faecalis

et
faecium
, germes pathogènes
opportunistes majeurs.

Characterization of small non coding RNAs in
Enterococcus faecalis

and
faecium
, two major opportunistic
pathogens.


Post
-
conditionnement par les récepteurs c
ouplés aux protéines G

:Post
-
conditioning by G protein
-
coupled receptors


Etude du rôle du facteur SigmaD dans le contrôle de l’expression des autolysines et de

la flagelline chez
Clostridium difficile

Analysis of the implication
of SigmaD in expression of autolysins and flagellin in Clostridium difficile


Evaluation de l’intérêt de l’association d’une molécule BH3
-
mimétique, l’ABT
-
737, à différents outils
d’inhibition de la protéine Mcl
-
1 pour le traite
ment des cancers de l’ovaire réfractaires à la chimiothérapie
conventionnelle.

Evaluation of the interest of the association of a BH3
-
mimetic molecule, ABT
-
737, with various Mcl
-
1
inhibition tools for the treatment of ovarian carcinoma refractory to conven
tional chemotherapy
.


Développement d’une stratégie d’immunothérapie des cancers colorectaux basée sur l’utilisation de
cellules présentatrices d’antigène artificielles

Development of an immunotherapy strategy in colorectal canc
ers based on the use of artificial antigen
presenting cells


Etude de la différenciation neuroendocrine dans la tumorigenèse prostatique

Neuroendocrine differentiation in prostate cancer progression


Etude de l’implication du couple RasGRP1/RasGRP3 dans le dysfonctionnement du lymphocyte B au cours
de la polyarthrite rhumatoïde

Involvement of RasGRP1/RasGRP3 in B cell dysfunction during rheumatoid arhritis



L’Activateur tis
sulaire du Plasminogène (tPA) dans le contrôle de la neurotransmission glutamatergique

The tissue type Plasminogen Activator (tPA) in the control of the glutamatergic neurotransmission



Recherche de la présence et des effets a
ssociés aux anti
-
androgènes sur la physiologie du Gardon
(Rutilus rutilus)

Study of the occurrence and associated effects of anti
-
androgens on the Roach (Rutilus rutilus) physiology


Impact des anesthésies pratiquées pendant la

période périnatale sur le développement du cortex cérébral
et sur sa vulnérabilité aux agents excitotoxiques

Impact of anaesthesia practised during the perinatal period on cerebral cortex development and on its
vulnerability to excitotoxic agents





EdN
BISE

Ecole doctorale Normande

Biologie Intégrative,

Santé, Environnement

Stabilisation du phénotype du chondrocyte articulaire et induction de la chondrogenèse chez les cellules
souches mésenchymateuses adultes en
vue d’une utilisation en thérapie cellulaire du cartilage chez
l’homme.

Articular chondrocyt
e phenotype stabilization and chondrogenesis induction in adult mesenchymal stem
cells for their use in
the cell therapy in human cartilage defects



Représentation interne de la gravité et régulations végétatives

Internal rep
resentation of gravity and autonomous regulation


Potentiels de dégradation microbienne associés au transfert des hydrocarbures aromatiques
polycycliques le long d’un continuum bassin versant
-

estuaire marin

Potentials of micr
obiological degradation linked to the transfer of PAHs along a continuum watersheld
-

marine estuary


Modulation de l’angiogenèse par la protéine tyrosine phosphatase 1B

Modulation of angiogenesis by protein tyrosine phosphatas
e 1B


Impacts physiologiques et métaboliques de la nutrition soufrée et du transport de sulfate au sein de la
graine de colza d’hiver sur la qualité, la conservation et la germination de la graine.
Physiological and
metabolic i
mpacts of sulfur nutrition and sulfate transport within the seed of winter oilseed rape on the
quality, the conservation and the germination of the seed.


Rôle de la chromogranine A au cours de la différenciation neuroendocrine

normale et pathologique

Role of chromogranin A during normal and pathological neuroendocrine differentiation


Evaluation du profil de protéines ubiquitinées au cours de l’inflammation intestinale

Evaluation of ubiquitinated pr
oteins during intestinal inflammation


Unité de recherche d’accueil


Centre d’Etudes et de Recherche sur le
Médicament de
Normandie

EA 3915, FR CNRS 3038 INC3M

Sujet de thèse

Mise en évidence de nouveaux
ligands non
-
peptidiques du
récepteur GPR103
.

Disc
overy of new non
-
peptide
ligands for GPR103 receptor
.




Le CERMN est un laboratoire

de recherche
pharmaceutique, qui est constitué de deux
départements

: un département de chimie et un
département de modélisation moléculaire. Les activités
de deux départements sont centrées sur la conception
de nouvelles molécules à visée thérapeutique d
ans les
domaines de la cancérologie et des neurosciences
principalement. Les moyens chimiques ont permis la
constitution d’une chimiothèque qui fait l'objet des
criblages par des partenaires biologistes ou
pharmacologues. Les travaux de recherche sont mené
s
souvent en partenariat avec l'industrie pharmaceutique
ou de chimie fine.


L’objectif du projet est de découvrir les premiers ligands
non peptidiques d’un récepteur couplé aux protéines G,
le GPR103, dont le ligand naturel est un peptide, le
26RFa. Le 2
6RFa est un nouveau neuropeptide de la
famille des RFamides récemment isolé du cerveau de la
grenouille, puis cloné chez l'Homme et le Rat (Inserm
U982, ROUEN). Par ailleurs, la recherche d'un
récepteur de ce peptide a conduit à l'identification d’un
RCPG
orphelin, le GPR103. Des études
neuroanatomiques ont révélé que l’administration
intracérébro
-
ventriculaire du 26RFa provoque une
augmentation dose
-
dépendante de la consommation de
nourriture chez la souris qui indique que le 26RFa
pourrait jouer un rôle i
mportant chez les vertébrés dans
le contrôle de la prise alimentaire.

Par ailleurs, le 26RFa a été synthétisé (Inserm U982,
ROUEN) et sa structure 3D a été déterminée par RMN
(UMR 6014 CNRS, ROUEN). Cette étude montre une
variation conformationnelle du pep
tide en fonction des
caractéristiques du milieu. D’autres peptides voisins
ainsi que des pseudo
-
peptides proches ont été
synthétisés (Inserm U982, ROUEN) et présentent des
profils pharmacologiques intéressants en termes
d’affinité et d’activité. Il est don
c essentiel d’analyser
l’ensemble des conformations de ces ligands afin de
faire émerger une conformation bioactive commune en
relation avec leur profil pharmacologique (Ligand Based
Drug Design).

En parallèle, le modèle du récepteur sera bâti par
homologi
e de séquence avec des RCPGs proches, dont
la structure 3D est connue. Ce modèle permettra
l'analyse des interactions potentielles ligand
-
récepteur
(Structure Based Drug Design).

A l’aide de ces deux approches, la chimiothèque de
CERMN (12200 produits) ser
a criblée afin d’identifier les
premiers ligands non peptidiques. Dans la littérature, il
est maintenant clairement admis que la combinaison de
ces deux approches permet d'identifier assez sûrement
de nouveaux ligands non
-
peptidiques

The CERMN is a pharmac
eutical research laboratory,
with two departments: the chemical and the molecular
modelling departments. The research activities are
applied in an integrated manner (both departments) to
the design of molecules with potential therapeutic
applications, most
ly in the field of cancerology and
neurosciences. Those advances have led to the recent
development of chemolibraries and to close
collaborations with biologists and pharmacologists.
Numerous works are also closely linked to industrial
partners


The overal
l objective is to find the first non
-
peptide
ligands of a receptor coupled to G protein (GPCR),
named GPR103, whose natural ligand is a peptide, the
26RFa. The 26RFa is a new neuropeptide of the
RFamide family, recently isolated from the brain of the
frog,

then cloned in humans and rats (Inserm U982,
Rouen). Furthermore, the search for a receptor of this
peptide led to the identification of an orphan GPCR, the
GPR103. Neuroanatomical studies have revealed that
the intracerebroventricular administration of 2
6RFa
induces a dose
-
dependent increase in food
consumption in mice indicating that 26RFa could play
an important role in the control of food intake in
vertebrates.

Furthermore, the 26RFa was synthesized (Inserm U982,
Rouen) and its 3D structure has been de
termined by
NMR (UMR 6014 CNRS, Rouen). This study has shown
a conformational change of the peptide according to
medium properties. Other related peptides and pseudo
-
peptides were synthesized (Inserm U982, Rouen) and
exhibit interesting pharmacological pro
files in terms of
affinity and activity. It is therefore essential to analyze all
conformations of these peptide ligands in order to define
a common bioactive conformation in relation to their
pharmacological profile (Ligand Based Drug Design).

In parallel
, the model of the receptor will be built by
sequence homology approach using GPCRs family
members, whose 3D structure is already known. This
model enables the analysis of potential ligand
-
receptor
interactions (Structure Based Drug Design).

Using these t
wo approaches, the chemical library of
CERMN (12200 compounds) will be screened out to
identify the first non
-
peptide ligands for GPR103 (hits).
In the literature, it is now clearly recognized that the
combination of these two approaches is one of the most

effective approaches to identify new non
-
peptide ligands

Titulaire d’un master recherche en modélisation
moléculaire ou biophysique, le (la) candidat(e) devra
Candidates must have a master in organic or medicinal
chemistry and be experienced in multi
-
steps organic
posséder une expérience en modélisation moléculaire.
Autonome et rigoureux, le (la) candidat(e)

devra être
ouvert(e) aux travaux à l’interface modélisation
-
chimie
-
biologie
.

synthesis, ideally in heterocyclic chemistry. The ability to
work indepe
ndently in a multidisciplinary team is
essential as well as interest about chemistry/biology
interface work.


Date limite de dépôt de candidature / Deadline

25/06/2010

CERMN

5 rue Vaubénard 14032 Caen cedex



:
jana.sopkova@unicaen.fr



:
+33
02 31 56 68 21






Unité de recherche d’accueil


Laboratoire de Microbiologie de l’Environnement (LME)

EA956, IFR146,
USC INRA2017


Sujet de thèse

Caractérisation des petits ARNs
non codant chez
Enterococcus
faecali
s et faecium
, germes
pathogènes opportunistes
majeurs
.

Characterization of small non
coding RNAs in
Enterococcus
faecalis and faecium
, two
major opportunistic
pathogens
.





La thématique majeure du Laboratoire de Microbiologie
de l’Environnement (LME), soutenue par l’INRA
(Département MICA pour «

Microbiologie et Chaîne
Alimentaire

») et

par la MSTP (DS10), concerne l’étude
de la résistance aux stress et l’analyse d’une relation
possible entre celle
-
ci et la virulence chez Enterococcus
faecalis, germe pathogène opportuniste. L’équipe est
composée de 8 enseignants chercheurs à l’Université

de Caen Basse Normandie et de 2 techniciennes. La
démarche expérimentale vise à étudier les mécanismes
de la tolérance aux stress, la régulation des gènes
impliqués dans ces réponses et dans la virulence d’E.
faecalis par des approches transcriptomiques e
t
protéomiques


Ces dernières années, des petits ARN non
-
codant
(sncRNAs) ont été identifiés comme des régulateurs
clés de plusieurs processus cellulaires chez des
organismes eucaryotes. Depuis peu, la caractérisation
de sncRNAs chez les bactéries connaît
un réel
engouement. En effet, des sncRNAs bactériens sont
capables de s’apparier à d’autres ARN, former des
complexes avec des protéines ou des acides
nucléiques. Certains apparaissent impliqués dans la
réponse aux stress et divers métabolismes laissant
su
pposer qu'ils pourraient également jouer un rôle
central dans la pathogénicité de nombreux germes.

Enterococcus faecalis et faecium sont des membres
naturels de la microflore digestive de l’homme.
Toutefois, certaines souches peuvent devenir
pathogènes et
provoquer des infections du tractus
urinaire, des bactériémies, des infections intra
-
abdominales ou des endocardites. De plus, l’acquisition
croissante d’antibiorésistances contribue à leur
émergence en tant que pathogènes nosocomiaux
importants. Bien que
les séquences génomiques de
souches d’entérocoques soient accessibles, aucun ARN
présentant des fonctions régulatrices n’a été mis en
évidence. Ainsi, l’identification et la caractérisation des
sncRNAs comme nouveaux régulateurs de l’expression
de gènes de

virulence chez E. faecalis et faecium
constituent l’objectif principal de cette thèse et se
décompose en 3 étapes majeures

:



Une recherche des sncRNAs par hybridation de
type «

tiling arrays

»



Une caractérisation fonctionnelle de quelques
sncRNAs en réal
isant des souches mutantes



Une

recherche des gènes régulés par ces
sncRNAs par des approches bionformatiques,
transcriptomiques et protéomiques

Ce projet représente la première étude globale et
fonctionnelle d’ARN régulateur chez les entérocoques et

The major theme of the “Laboratoire de Microbiologie de
l’Environnement”

(LME), supported by INRA (“MICA”
department for "Microbiology and Food Chain") and the
MSTP (DS10), is the study of the stress resistances and
the analysis of a possible relationship between these
resistances and the virulence of the opportunistic
pathoge
n Enterococcus faecalis.
The team is composed
of 8 senior scientists
-
teachers at the University of Caen
Basse Normandie and 2 technicians. The experimental
approach is to study the mechanisms of stress
tolerance, the regulation of genes involved in these
r
esponses as well as in the virulence of E. faecalis by
transcriptomic and proteomic approaches


These last years, small non coding RNAs (sncRNAs)
have been identified as key regulators for several
cellular metabolisms especially in eukaryotes
organisms. Si
nce recently an infatuation arises for the
characterization of bacterial sncRNAs. Indeed, these
last are able to form complex with other RNA, to interact
with proteins or nucleic acids. Some are involved in the
stress response as well as in various metabol
isms that
strongly suggests that they could play an important role
in the pathogenicity of many bacteria.

Enterococcus faecalis and faecium are members of the
natural flora of human gastro
-
intestinal tract. However,
some strains can become virulent and p
rovoke urinary
tract infections, bacteremia, intra
-
abdominal infections
or endocarditis. Moreover, the development of antibiotic
resistances in these microorganisms is in favour of their
emergence as an important nosocomial pathogen.
Despite the availabili
ty of the genomic sequences of
several strains, none RNA with regulatory function has
been shown in enterococci. Then, identification and
characterization of sncRNAs as new regulators of
virulence genes in E. faecalis and E. faecium are the
main goal of th
is project and can be divided in 3 major
parts:

-

research of sncRNAs by “tiling arrays”
hybridizations

-

functional characterization of some interesting
sncRNAs by using corresponding mutant strains

-

identification of target genes by bioinformatic,
transcripto
mic and proteomic approaches

This project is the first global and functional study of
regulatory RNAs in enterococci and the expected results
will probably give new knowledge about mechanisms
that could explain how a comensal bacterium can
become a dangero
us pathogen.

il es
t probable que les résultats attendus de ce travail
fourniront des éléments de compréhension sur les
mécanismes qui permettent à un germe commensal de
devenir un redoutable pathogène


Le candidat, titulaire d’un M2R, devra posséder une
bonne expérience pratique dans les domaines de la
microbiologie et de la biologie moléculaire. La maitrise
des techniques de PCR, de clonage, de mutagénèse,
d’extraction d’acides nucléi
ques est souhaitable. De
plus, la connaissance des systèmes de régulations de
l’expression des gènes chez les procaryotes serait un
atout supplémentaire


The candidate, holder of a M2R, must have good
experience in the fields of microbiology and molecular
biology.
Control of PCR techniques, cloning,
mutagenesis, extraction of nucleic acids is desirable. In
addition, knowledge of regulation of gene expression in
prokaryotes would be an added advantage.


Date limite de dépôt de candidature / Deadline

25/06/2
010

Laboratoire de microbiologie de l’environnement

EA 956 USC INRA 2017

Université de Caen Basse Normandie

Esplanade de la Paix

14032 Caen Cedex
-

France



jean
-
christophe.giard@unicaen.fr



+33 0
2 31 56 54 10





Unité de recherche d’accueil


Biologie Moléculaire et Cellulaire de la Signalisation

UPRES EA 391
9

Sujet de thèse

Post
-
conditionnement par les
récepteurs couplés aux protéines G

Post
-
conditioning by G
protein
-
coupled receptors




L’équipe UPRES EA 3919 « biologie moléculaire et
c敬lulaiê攠e攠e愠aig湡lis慴io渠n⁦慩琠灡
rtie de l’IFR 146
ICORE de l’Université de Caen Basse Normandie. Elle
敳琠tiêi柩攠e慲al攠䑲e⁂êi杩tt攠eol愠整ec潭灯ê瑥t瑲潩s 慸敳
灲楮ci灡畸⁤攠牥e桥êc桥㨠Wa⁲畬慴a潮 摵⁣ycl攠eell畬aiê攠
灡ê敳⁣ycli湥s⁤慮s敳⁨ m潰慴ai敳慬i杮敳ⰠIa
ê畬慴a潮 摥 la

灲潬if慴éo渠n敬l畬慩êe⁰ ê l敳
敳瑲潧敳⁤ 湳敳⁣慮c敲s⁣潬iè略s⁥ l愠aul慴i潮⁤攠
l愠ai杮alis慴io渠n敳⁲数瑥畲u⁣潵灬⁡ x⁰牯 湥s d
整eél畳⁰ êtic畬i敭敮琬敳⁲数瑥tês灩濯o敳.

乯瑲攠杲k異e₫ o灩濯o攠e î愠a攠牡灰ê潣桥ê⁤攠e愠
瑨tm慴a煵e

c潥畲
J
isc棩mie潲o⁤ 灲潣桡i渠灬慮
煵慤êi敮湡l⁥ l攠灲潪整ed攠e散桥êc桥⁰牯灯sé煵i
s’articule autour de la cardio
J
灲潴散瑩潮
pharmacologique par les opioïdes, s’inscrit dans cette
瑨tm慴a煵攠灯畲a煵ell攠e潵s⁤ m慮摯湳 畮⁳潵瑩en
.


L’ischémie myocar
diè略⁥ 琠t湥⁤ s⁰牥 i敳⁣慵ses
摥潲扩
J
m潲瑡oitéi攠e潳tc潮摩tio湮敭敮琬⁴散h湩煵e
développée par Zhao et al. (2003), permet d’en limiter
l’étendue et les complications. Une autre stratégie de
灯st
J
c潮di瑩潮n敭敮琠ts琠t慳⁳畲⁵u攠e灰ê潣h攠
灨慲a慣潬
潧i煵eⰠIui⁣潮sis瑥tàctiî敲⁤敳⁲数瑥tês
c潵灬⁡ x⁰牯瓩t湥s⁇
o䍐dF⁥ 灲業⁤ 湳e
coeur et qui permettent de réduire l’étendue de la
滩cê潳攠ey潣慲ai煵攮em慲mi敳⁒䍐d⃩ 畤iⰠI敳
récepteurs opioïdes semblent intéressants comme l’ont
m潮瑲é
es travaux de l’équipe de Gross.

䱥⁰牯 整e煵攠eo畳⁰牯 潳o湳⁣潮sis瑥tà⃩ u摩敲⃠el愠
f潩s⁩渠îiî漠整ei渠îi瑲漠l敳 敦晥fs⁣慲摩o
J
灲潴oc瑥畲u⁤ s
ê数瑥tês灩oïs⁥渠n潳t
J
c潮摩tio湮敭敮琮⁐敵 摥
瑲慶a畸 琠é 灵扬i⁤ ns⁣攠e潭慩湥⁥ la⁰ 異慲琠
êli
sés chez l’animal. La description des mécanismes
c慲摩o
J
灲潴散瑥tês⁡ t潵t敦潩s⃩ 狩慬is i渠îiî漠oî散
摥s″ T

i湨ibi瑥tês⁤潮琠l愠aéificités琠tifficil攠e 慦fiêm敲⸠䱥e
扵琠t攠e潴牥⁴牡îail 敳琠te⁣慲慣瓩物s敲⁰l畳⁰狩 ise湴n
l敳⁶潩敳⁤ ⁳i杮alis慴
i潮⁤攠ea⁣慲摩o
J
灲潴散ti潮 i渠îi瑲漮

m潵ê⁣el愬a湯畳 畴ulis敲e湳 摥s⁣慲摩潭y潣yt敳⁨ m慩湳
瑲慮sf潲m.

1. Vérification de l’effet cardio
J
灲é瑥t瑥tê i渠îi瑲漠o慲es
潰i濯o敳.

㈮O䑥acêi灴io渠n敳 îoi敳⁤e⁳i杮alisa瑩o渠nctiîs⁰慲a
l敳⁲数t敵ês i濯摥s

EA䵐cⰠ䍡CHⰠ䵁mâi湡s敳⸮⤠敮⁣潮摩tio湳 êm潸i敳
整e慮潸i敳.

㌮Pbx灲敳si潮⁤敳⁲数t敵ês i濯摥s⁡îa湴n整⁡ ê
isc棩mi攠eîalu⁰慲⁤iff敮瑥t⁡灰ê潣h敳›⁒
J
煐C刬o
扩n摩n本gimm畮潣y瑯thimi攮

㐮4䱡i瑯t桯湤êi攠et慮琠慵⁣敮瑲攠e敳⁥ f整e⁣慲摩o
J
灲潴é
c瑥têsⰠ湯畳⁥湶is慧e潮s⁤ 擩cêiê攠l敳 î潩敳⁤
瑲慮s摵c瑩潮 敮瑲攠l敳⁲e灴é畲u⁥ l敳i瑯t桯n摲楥sI
整e湯瑡tm敮琠t攠e潲攠ee⁴牡湳iti潮敭扲慮慩ê攮

㔮RAl潲oⁱ 攠e敳⁧ z⁲慲敳
桥li畭ⰠI敮潮Ⱐ慲杯温⁳o湴n
擩cêi瑳⁣潭m攠e敵ê潰ê潴oc瑥têsI

湯畳⃩ 畤i敲潮eI

敮⁣oll慢oê慴a潮⁡î散攠䑲⸠e慣煵敳
l畲⁲敳敡êc栠hê潵瀠ém剅p⁅A″㤱V m敤₫
m潬散畬慲⁡湤⁣敬lul慲⁢iology 潦⁳i杮alin朠g 扥lo
n杳⁴
䥆f‱ S⁉䍏ob ⁴ 攠啮rî敲eity 潦⁃慥渮nq桩s⁧ 潵瀠is
摩ê散瑥t⁢y⁄ ⸠Bêigi瑴t⁓潬a⁡ 搠i湣l畤敳 ㌠P慪潲⁴潰ocs
㨠牥杵l慴i潮 潦⁣敬l⁣ycl攠by cycli湳 i渠n慬ig湡n琠
桥m潰慴ayI⁲敧ul慴io渠nf⁣敬l⁰牯lif敲慴e潮⁢y
.

敳瑲潧e湳
i渠nol潮⁣a湣敲⁡e搠牥d畬慴
i潮 ⁳i杮慬 瑲慮s摵cti潮
m敤i慴a搠dy⁇⁰ 潴oin
J
c潵灬e搠牥d数t潲o⁡ 搠敳灥ci慬ly
潰i潩d⁲散数t潲o.

c潲⁴桥o湥x琠tl慮ⁱ 慤êi敮n慬Ⱐ睥⁰l慮⁴ 慳s潣i慴a 睩t栠
潴o敲e⁲敳敡êc桥ês
灨ysi潬潧is瑳ⰠI慲ai慣⁩m慧敲Ⱐ
anesthesiologist) to create a “heart and ischemi
a”
杲潵瀮 䥮ft桩s慢潲慴潲yⰠ睥⁰ê潰潳攠e漠ot畤y
灨慲a慣潬潧ical⁣慲aio
J
灲é瑥t瑩o渠ny灩oi摳
.


Heart ischemia is one of the most frequent cause of
morbid
-
mortality. Postconditioning was developed by
Zhao et al. (2003) to reduce myocardial lesions.

Anothe
r
strategy of post
-
conditioning is based on
pharmacological approaches.Various G protein
-
coupled
receptors (GPCRs) are expressed in heart and their
activation enable to limit size of myocardial necrosis.
Among GPCRs, opioid receptors were shown to be an
in
teresting target as demonstrated by Gross’s
l慢潲慴潲y.

te⁰ 慮⁴ ⁳瑵ty灩oid
J
i湤畣敤⁣慲aio
J
灲潴散瑩o渠n渠
灯st
J
c潮di瑩潮i湧 扯瑨⁩n⁶itê漠o湤 i渠îiî漮oce眠ï潲os
桡î攠e敥渠灵blis桥搬⁡ 搠mos瑬y⁩渠îiî漬o瑯td敳cêi扥
mec桡湩smsf⁣慲摩o
J
灲潴散瑩潮⸠.桯s攠
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扡s敤 潮⁴桥⁵ e ⁩湨ibi瑯ês ⁳i杮慬i湧 灲潴éi湳
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c桡ê慣瑥物z攠e桥s攠e慲aio
J
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i渠îi瑲o⸠.慴aêi慬s› 桵m慮⁴牡湳f潲m敤⁣慲摩潭y潣ytes.

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J
灲潴散瑩î攠eff散瑳⁢y ioi摳⁩渠
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J
煐䍒C⁢ 湤i湧ⰠImm畮潦l畯ê敳c敮c攩e
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hyé潸ic⁣潮diti潮s.

㐮4Asi瑯t桯n摲楡 睥ï攠eescêi扥搠ds⁴ 攠e慩渠
潲条o敬l攠i渠n慲aio
J
protection, we’ ll try to describe
si杮ali湧⁰慴a睡ys 扥t睥ï渠néioi搠牥de灴éês⁡ 搠
mi瑯t桯湤êi愬a慮d⁥ 灥ci慬ly 瑨攠牥e畬a瑩潮 ⁴ 攠
mi瑯t桯湤êial⁰ êm敡扩
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㔮Rcin慬lyI ïhil攠e潢l攠e慳es
桥li畭ⰠI敮潮ⰠIêg潮F⁡ 攠
described as neuroprotective agents, we’ll study, in
c潬la扯ê慴io渠ïi瑨t䑲⸠.慣è略s⁁扲慩ni
Cyc潮éⰠI桥
com扩湡ti潮  i潩搠dg潮is瑳⁷i瑨tn潢l敳⁧ s敳 i渠
c慲摩潰êo瑥t瑩o
渠睩瑨tin⁶i瑲漠on搠d渠niî漮

Abraini

(Cycéron), la combinaison des gaz rares et des
opioïdes dans la cardio
-
protection à la fois chez l’animal
et in vitro.

Le candidat devra avoir une expérience en culture
cellulaire, en biologie cellulaire, une expertise dans le
domaine de la pharmacologie et plus particulièrement
sur les récepteurs couplés aux protéines G. De façon
plus précise
, il devra avoir une expérience en binding,
dans le dosage des seconds messagers ainsi qu’en
microscopie confocale afin d’étudier la localisation de
protéines membranaires et intracellulaires. Il devra avoir
des notions sur les tests utilisés pour quantifi
er la mort
cellulaire et éventuellement l’apoptose.

Technical skills required for this project are cell culture,
cellular biology techniques, a strong background in
pharmacology and particularly in the G

protein
-
coupled
receptor field. More precisely, the
candidate should
have an

experience in binding experiments, second
messengers assays and confocal

microscopy to study
localization of plasma membrane and intracellular
proteins.

Notions in cell death assays and apoptosis
would be appreciated.


Date limite

de dépôt de candidature / Deadline

25/06/2010

Biologie Moléculaire et Cellulaire de la Signalisation

UPRES EA 391
9

Université de Caen Basse Normandie

3
ème

étage, Avenue côte de nacre

CHU

14032 Caen cedex




a
llouche
-
s@chu
-
caen.fr



+33
02 31 06 54 19



Unité de recherche d’accueil


Groupe de Recherche Antimicrobiens et Micro
-
organismes (G.R.A.M.)

UPRES EA 2656

Sujet de thèse

Etude du rôle du facteur SigmaD
dans le contrôle de l’expression
des autolysines
et de

la flagelline
chez Clostridium difficile

Analysis of the implication of
SigmaD in expression of
autolysins and flagellin in
Clostridium difficile




La politique de recherche des bactériologistes de
l’équipe G.R.A.M. est construite sur deux axes:

J

Phylogénie et diversité génétique

des bactéries à
Gram positif, Staphylococcus et C
lostridium : variabilité
des gènes impliqués dans le turn
-
over de la paroi,
conséquences sur la virulence et l'activité des
antibiotiques.

-

Dynamique de la paroi bactérienne et
bactéricidie

des antibiotiques

: rôle des autolysines
dans la bactéricidie des

antibiotiques ciblant la paroi
bactérienne et la réponse au stress chez les bactéries à
Gram positif.


Notre équipe étudie les autolysines
(peptidoglycane hydrolases) des bactéries du genre
Clostridium, afin d’analyser leur rôle physiologique, leur
c潮瑲i
扵瑩潮 l愠îiêul敮ceI 整el敵ê im灬ic慴a潮 摡湳 l敳
méc慮ism敳 摥 l愠 扡c瓩ticidi攠 灡ê l敳 慮瑩扩o瑩煵es⸠
乯畳 é摩潮s 灡êtic畬ièm敮琠l攠syst攠慵瑯tytiè略
摥 䍬潳瑲i摩畭 摩晦icil攬 扡c瓩物攠 e湴nêo灡瑨潧è湥
maà敵ê攬e ê敳灯湳慢l攠 摥 摩慲a棩敳Ⱐ î潩ê攠 摥 co
lit敳
灳敵摯m敭扲慮敵s敳ⰠI潵s⁡ ti扩潴o慰i攮e

Nous avons caractérisé dans l’équipe deux
慵瑯lysi湥s c桥z C⸠ difficile EAc搩d E䑨慬l畩渠 e琠 al⸬.
䵩cê潢i潬潧y ㈰〵F 整e c桥z C⸠ 灥êfêi湧e湳 EAc瀩é
E䍡Ci慤攠整eal⸬.g⸠B慣瑥ti潬⸠O〱〠i渠灲敳sF⸠Bi敮 è略
灲敮
tant le même type d’activité hydrolytique (N
J
慣ylgl畣潳慭i湩摡s攩e ces 摥畸 慵瑯tysi湥s 數敲ee湴n
m慮if敳瑥m敮琠 摥s f潮c瑩潮s 灨ysi潬o杩è略s
摩ff敮瑥s

㨠Ac瀠敳琠ê敳é潮s慢l攠chez C⸠灥êfêi湧e湳 d攠
l愠s慲慴i潮 摥s cell畬敳 fill敳 整e敳琠im灬i煵 摡湳
l
’activité bactéricide de la vancomycine, alors que Acd
湥 s敭扬攠 im灬i煵 摡湳 慵cu渠 d攠 c敳 摥ux
灨潭敳⁣桥z⁃⸠ ifficil攮e䱥⁳ys瓨t攠e畴潬y瑩煵e⁤攠
䌮C摩fficil攠灯畲u慩琬t 灡ê 慮慬o杩攠B慣ill畳 s畢瑩lisⰠê瑲e
sous le contrôle d’un facteur homologue d
攠 pi杭慄a
contrôlant, chez B. subtilis, l’expression des protéines
fl慧敬laiê敳⁥ 摥⁣敲瑡in敳⁡ 瑯lysi湥s.

䱥 瑲aî慩l 灲é灯s îiseê愠  é摩敲Ⱐ 灡ê
m畴u柩滨s攠 整e c潭灬敮瑡tio測n l敳 f潮c瑩潮s d敳
ê畬慴a畲u⁓i杄⁥t⁡ ti
J
pig䐠摥⁃⸠.ifficile



J

癩î
J
à
J
î
is de l’expression du système
慵瑯lytiè略 整es敳⁣潮sé煵敮c敳

W

J

摡湳 l愠 m畬瑩élic慴io渠 c敬l畬慩ê攠 Es数瑵t 摥
摩îisi潮F

J

摡湳 l愠ê潮s攠慵x 慮瑩bi潴i煵敳 扡c瓩物ci摥s
E慭潸icilli湥ⰠI慮c潭yci湥F⸠

J

dans l’expression de la virulence, par les
灲潰éié瓩t

lytiè略s

s畲u l愠 灡ê潩 扡ct楥湮e Eli择ê慴i潮
摥s 瑯tin敳Ⱐsyn瑨ttiss s慮s 灥é瑩摥 sig湡l

㬠lib慴i潮
摥 灲é摵i瑳 摥 cliî慧e 摵 灥灴i摯杬yc慮攠慣tiîi瓩 éêo
J
i湦l慭m慴aiê攩

;

J

sur la synthèse des flagelles et l’expression
q桥 sci敮瑩fic 灲潪散琠 潦 d⹒⹁⹍⸠ ê敳敡êc栠 杲潵g is
摥î敬潰e搠dy⁢慣瑥物olo杩sts⁩渠n睯⁲敬慴a搠d慩渠n潰ics㨠

J

Phylogeny and genetic diversity

of Gram
-
positive
bacteria, staphylococci and clostridia: variability of
genes implicated in cell wall dynamics, implications for
virulence and antibiotic activity.

-

Cell wall dynamics and bactericidal activity of
antibiotics

: implication of autolysins in bactericidal
activity of cell wall targeting antibiotics, and in stress
-
induced autolysis of Gram positive bacteria.


Our laboratory is studying autolysins (peptid
oglycane
hydrolases) of bacteria of the genus Clostridium, to
investigate their physiological role, and their implication
in virulence or in bactericidal activity of antibiotics. We
focuse on the analysis of the autolytic system of
Clostridium difficile, a

major etiological agent of
antibiotic
-
associated diarrheae and pseudomembranous
colitis.

We characterized two autolysines in C. difficile (Acd)
(Dhalluin et al., Microbiology 2005) and in C. perfringens
(Acp) (Camiade et al., J. Bacteriol. 2010 in press)
.
Although displaying the same type of hydrolytic activity
(N
-
acetylglucosaminidase), these autolysins are not
implicated in the same functions : Acp is involved, in C.
perfringens, in separation of daughter cells during
vegetative growth and in bactericid
al activity of
vancomycin, whereas Acd does not seem implicated in
such functions in C. difficile. The autolytic system of C.
difficile could be controlled by an homologuous factor
homologue of SigmaD which regulates, in Bacillus
subtilis, the expression f
lagellin and autolysins.

The aim of the present project is to analyze, through
mutagenesis and complementation, the role of SigD et
anti
-
SigD putative regulators in C. difficile, regarding

:

-

the expression of the autolytic system, and its
consequence
s

:


-

in vegetative growth (formation of division
septa)

-

in bacterial response to bactericidal antibiotics
(amoxicillin, vancomycin).

-

in the expression of virulence, through lytic
properties on bacterial cell wall (liberation of toxins,
synthetized

without signal peptide

; liberation of
peptidoglycan breakdown products with pro
-
inflammatory activity)

;

-

flagellin synthesis and expression of mobility

:
C. difficile flagellin is implicated in colonization of the
digestive tract through adhesin prope
rties, and is
displays immunogenic properties relevant for
vaccination.


de la mobilité

: en effet, la

flagelline de C. difficile est
impliquée dans la colonisation digestive par ses
propriétés d'adhésine, et constitue l’une des protéines
de colonisation les plus immunogènes dans une optique
vaccinale.


formation souhaitée en bactériologie moléculaire
(clonage
-
expression, mutagénèse dirigée
-
complémentation, analyse bio
-
informatique des
génomes), chimie des protéines. microscopie
éle
ctronique
.

Formation in molecular bacteriology (cloning
-
expression, mutagenesis
-
complementation,
bioinformatics analysis of genomes), protein chemistry,
electron microscopy.



Date limite de dépôt de candidature / Deadline

25/06/2010

Groupe de Recherche
Antimicrobiens et Micro
-
organismes (G.R.A.M.)

UPRES EA 2656

Université de Rouen, UFR Médecine
-
Pharmacie

Laboratoire G.R.A.M

Jean
-
louis.pons@univ
-
rouen.fr

22 Boulevard Gambetta

76183 ROUEN Cedex





Un
ité de recherche d’accueil

Laboratoire ADEN EA4311

Faculté de Médecine
-
Pharmacie

Nutrition et inflammation intestinale

Sujet de thèse

Evaluation du profil de protéines
ubiquitinées au cours de
l’inflammation intestinale

Evaluation of ubiquitinated
protein
s during intestinal
inflammation




Les travaux du groupe ADEN (EA4311
«

Nutrition e
t Inflammation intestinale

»), intégré à l’IFR
MP 23, sont focalisés sur les troubles du comportement
alimentaire, le syndrome de l’intestin irritable (SII) et les
maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI),
pathologies qui ont en commun l’inf
lammation
intestinale, le dysfonctionnement de l’axe intestin
-
cerveau et offrent des opportunités de thérapeutiques
innovantes (pharmaconutrition, neurostimulation).
L’approche physiopathologique et thérapeutique est
menée depuis le niveau moléculaire jusq
u’à l’évaluation
clinique. Cette démarche intégrée est rendue possible
par les compétences multidisciplinaires des chercheurs
et les outils du groupe ADEN, sur le site de la Faculté et
dans les services hospitaliers impliqués.

Le syndrome de l’intestin ir
ritable (SII) et les
maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI)
qui incluent la maladie de Crohn (MC) et la rectocolite
hémorragique mettent en jeu une dérégulation de la
réponse immuno
-
inflammatoire au niveau de la
muqueuse intestinale. Ces d
ifférentes pathologies
représentent des problèmes de santé publique touchant
une population importante (5% pour les MICI, 10
-
15%
pour le SII), et nécessitent des progrès
physiopathologiques et thérapeutiques.

Le système protéolytique Ubiquitine
-
protéasome

est impliqué dans la régulation de
nombreux processus cellulaires, comme le cycle
cellulaire, la réponse inflammatoire ou l’apoptose.
L’activité protéolytique du protéasome implique deux
étapes majeures

: l’ubiquitination de protéines, qui cible
les proté
ines à dégrader, puis la dégradation de ces
protéines ubiquitinées par le protéasome 26S. Des
études récentes suggèrent que des modifications de la
protéolyse liée au protéasome seraient impliquées dans
la physiopathologie de la MC et du SII mais le profil

de
protéines ubiquitinées au cours de l’inflammation
intestinale n’a pas été étudié.

L’objectif de ce projet est donc de caractériser
le profil des protéines ubiquitinées au cours d’une
inflammation intestinale et de le comparer à celui
observé dans l’int
estin sain. Cette approche sera
réalisée sur des lignées de cellules épithéliales
intestinales, Caco
-
2 et HCT
-
8, dans des modèles
animaux de SII et de MC puis sur des prélèvements
intestinaux de patients. L’étude du profil des protéines
ubiquitinées sera r
éalisée par analyse protéomique
combinée à des immunoblots.

Ce projet devrait permettre de mieux
comprendre le rôle du système ubiquitine
-
protéasome
dans la physiopathologie du SII et de la MC et ouvrir de
nouvelles perspectives en termes de ciblage
théra
peutique

The research topics of our group, integrated to
the IFRMP, are mainly dedicated to the study of eating
disorders, irritable bowel syndrome (IBS) and
inflammatory bowel diseases (IBD). These pathologies
share common features of intestinal inflammat
ion and
dysregulation of the gut
-
brain axis and offer great
opportunities for innovative therapeutic strategies
(immunonutrition, neurostimulation). Our investigations
explore the underlying mechanisms of these diseases
from the molecular level to clinical

trials. This broad
range of research from the bench to the bedside is the
result of our research strategy that brings together basic
and clinical sciences, in a tight collaboration between
laboratory scientists and health professionals.

Irritable bowel sy
ndrome (IBS) and
Inflammatory bowel diseases (IBD) including Crohn’s
disease (CD) and ulcerative colitis are characterized by
a dysregulation of the intestinal immune
-
inflammatory
response. These diseases are of major health concern
because of their high p
revalence (5% for IBD, 10
-
15%
for IBS), and new pathogenic and therapeutics
advances are needed.

The Ubiquitin
-
proteasome system is involved in
the regulation of several cellular pathways including cell
cycle, inflammatory response or apoptosis. Protein
de
gradation by the ubiquitin
-
proteasome system
involves two steps: ubiquitinylation of the targeted
proteins to be degraded followed by the degradation of
these ubiquitinylated proteins by the proteasome.
Recent studies suggest that proteasome
-
mediated
prote
in degradation is implicated during the
inflammatory response observed in patients with CD or
IBS. However, until now, the pattern of ubiquitinated
proteins during gut inflammation has not been reported.

Thus, the aim of this project will be to compare
th
e pattern of ubiquitinylated proteins in inflammatory
states as compared to healthy intestine. This project will
be performed in intestinal epithelial cell lines Caco
-
2
and HCT
-
8, in IBS
-
like and CD
-
like animal models and
finally in samples obtained from C
D and IBS patients.
The pattern of ubiquitinylated proteins will be studied by
the combination of proteomic analysis and immunoblots.
This project should contribute to a better knowledge of
the importance of the ubiquitine
-
proteasome system in
the regulati
on of gut inflammation and open new
targeted therapeutic perspectives.


Le candidat devra posséder une solide
formation dans les domaines de la biologie/physiologie
The applicant must have a solid training in cell
biology/physiology in the context of inflammation. The
cellulaires appliqués à l’inflammation. Le candidat doit
maîtriser ou avoir des notions d
es techniques de culture
cellulaire, d’analyses classiques (westernblot, ELISA) et
si possible des bases en analyse protéomique

applicant should have so
me previous knowledge of cell
culture and standard techniques (westernblot, ELISA),
and if possible some basic experience in proteomic
analyses.


Laboratoire ADEN EA4311, Faculté de Médecine
-
Pharmacie,


22 bd Gambetta, 76183 ROUEN cedex

Courriel

:
moise.coeffier@univ
-
rouen.fr

Tél.

: 02 35 14 82 40




Unité de recherche d’accueil


Groupe Régional d’études sur le Cancer

EA 1772

Sujet de thèse

Evaluation de l’intérêt de
l’association d’une molécule BH3
-
m
imétique, l’ABT
-
737, à différents
outils d’inhibition de la protéine
Mcl
-
1 pour le traitement des
cancers de l’ovaire réfractaires à
la chimiothérapie conventionnelle.

Evaluation of the interest of
the association of a BH3
-
mimetic molecule, ABT
-
737,
with v
arious Mcl
-
1 inhibition
tools for the treatment of
ovarian carcinoma refractory
to conventional
chemotherapy




Le GRECAN (EA1772), unité de recherche rattachée à
l’UFR des Sciences Pharmaceutiques, fait partie de
l’IFR n°146 ICORE, et du Cancéropôle Nord
-
Ouest.
Accueillie dans les locaux du CLCC François Baclesse,
l’unité regroupe des pe
rsonnels de différentes
composantes de l’Université, de l’INSERM, du CNRS,
du CLCC, et du CHU. L’objectif général, qui intègre des
préoccupations en termes de retombées vers la
prévention et la pratique clinique, est de contribuer à la
lutte contre le canc
er par

:

i)

la caractérisation des facteurs de risque
professionnels et environnementaux

;

ii)

l’exploration de voies thérapeutiques
innovantes basées sur les progrès récents de la biologie
des cancers, et l’introduction de nouveaux outils
thérapeutiques

;

iii)

l’éla
boration de nouveaux outils d’aide au
diagnostic, au pronostic et au choix thérapeutique,
grâce à l’imagerie appliquée à l’anatomie pathologique.

Site internet du GRECAN

:
www.grecan.org


Les cancers ovariens restent

très meurtriers du fait de
l’acquisition d’une chimiorésistance au cours des
traitements. La protection contre l’apoptose occupe une
place essentielle dans cette chimiorésistance, la
surexpression des deux protéines anti
-
apoptotiques
Bcl
-
xL et Mcl
-
1 jouan
t un rôle majeur. Notre équipe a
ainsi démontré que l’inhibition simultanée de ces deux
cibles par deux siRNA permettait d’induire à elle seule
la mort des cellules résistantes à la chimiothérapie. La
définition d’outils utilisables en clinique pour inhibe
r ces
deux cibles est donc essentielle pour le succès clinique
de cette stratégie.

iv)

Les molécules BH3
-
mimétiques, qui miment le
domaine BH3 des protéines pro
-
apoptotiques de la
famille Bcl
-
2 constituent aujourd’hui les outils les plus
performants pour l’in
hibition de Bcl
-
x.L, l’ABT
-
737
(Laboratoire ABBOTT) étant la molécule la plus
puissante de cette famille. Cependant, cette molécule
n’est pas capable d’inhiber l’activité de la protéine Mcl
-
1, ce qui nécessite l’utilisation concomitante d’un autre
agent. L
es dérivés du platine pourraient jouer ce rôle, tel
que démontré par notre équipe.

v)

Ce projet concerne donc l’évaluation de
l’association ABT
-
737 / platine (carbo
-

ou cisplatine) in
vitro et in vivo (modèles de xénogreffes). Le potentiel
thérapeutique de ce
tte association sera également
étudié ex vivo sur des nodules tumoraux prélevés chez
des patientes. La réponse observée ex vivo sera
corrélée avec la réponse clinique [essai clinique en
cours de mise en place] afin de caractériser des
GRECAN (EA1772) is a research unit linked to the
Faculty of Pharmaceutica
l Sciences, and is part of IFR

146 ICORE and of North
-
West Cancer
opole.
Located
in the Comprehensive Cancer Centre François
Baclesse, the unit comprises people from various
faculties, INSERM, CNRS, François Baclesse Centre
and University Hospital. The general research purpose,
that integrate preoccupations in terms of t
ransfer toward
prevention and clinical practice, is to contribute to the
fight against cancer by:

i)

identifying and studying occupational and
environmental risk factors ;

ii)

exploring new therapeutic opportunities, based
on most recent progresses in cancer bi
ology, and
introducing new therapeutic tools ;

iii)

Elaborating new tools for prognosis and
therapeutic opti
ons through the development of
image
processing software dedicated to cyto
-

and
histopathology.


Chemoresistance acquisition frequently leads to
therap
eutic failure in ovarian carcinoma.
Protection
against apoptosis is strongly involved in this
chemoresistance, and both Bcl
-
xL and Mcl
-
1 anti
-
apoptotic protein expression appear as determinant
parameters. Our team recently demonstrated that their
concomita
nt inhibition allows strong apoptosis induction
in chemoresistant ovarian cells. The design of
convenient tools is therefore a major challenge for the
sucessfull clinical application of this strategy.

BH3
-
mimetic molecules, which mimic the BH3 domain
of pr
o
-
apoptotic proteins of Bcl
-
2 family, are the most
powerful tools to inhibit Bcl xL, and among them, ABT
-
737 is probably the most potent molecule. However,
ABT
-
737 is unable to inhibit Mcl
-
1 activity, the
concomitant use of another agent thus remaining
nec
essary. Platinum derivatives could present this
property.

This project thus aims to evaluate the interest of the
association of ABT
-
737 with carbo
-

or cisplatin. We will
study the interest of this strategy in vitro and in vivo
(xenografts models). The ther
apeutic potential of this
association will also be studied on tumour nodes taken
from patients. The response to treatment observed ex
vivo will thus be correlated with the observed clinical
response (clinical trial being cuurently in preparation), in
order

to define predictive parameters. This
multidisciplinary work will use conventional cellular and
molecular biology technics as well as quantitative histo
-
imagery or in vivo metabolic imagery. It will be
performed in collaboration with multiple clinical par
tners
facteurs prédictifs d
e la réponse au traitement. Il s’agit
d’un travail multidisciplinaire qui fera appel aux
techniques conventionnelles de biologie cellulaire et
moléculaire et à des procédés d’histo
-
imagerie
quantitative et d’imagerie métabolique in vivo. Il sera
réalisé en

partenariat étroit avec les services cliniques
du Centre F. Baclesse et avec le Laboratoire
Pharmaceutique ABBOTT.

of F. Baclesse Comprehensive Cancer Center and
ABBOTT Pharmaceutic Laboratory.


Le candidat devra être titulaire d’un master en Biologie
Cellulaire et Moléculaire ou de Cancérologie. Il devra
maîtriser les bases de la biologie cellulaire oncologique
.
Il devra être capable de prendre très rapidement en
main les techniques de culture cellulaire, de mise en
évidence de l’apoptose et d’étude de l’expression
génique. La manipulation préalable d’ARN interférents
et une expérience en expérimentation animale

seraient
également appréciées. Le candidat devra présenter une
aptitude au travail en équipe, et s’intégrer dans le cadre
d’un projet faisant appel à diverses collaborations
multidisciplinaires

The candidate should be holder of a master in Cellular
and Mo
lecular Biology or Oncology. He or she will have
to control basic knowledge in oncological cellular
biology. He or she should be able to quickly master cell
culture, apoptosis and gene expression studies.
Previous experience in the field of siRNA and of an
imal
experimentation would be appreciated. The candidate
should present an aptitude to team work in the context
of a multidisciplinary collaborative work.



Date limite de dépôt de candidature / Deadline

25/06/2010

Université de Caen Basse
-
Normandie

Gro
upe Régional d’études sur le Cancer

CLCC F. Baclesse, 3 avenue du général Harris, 14076 Caen cedex

Courriel

:
p.gauduchon@baclesse.fr

Tél.

: 02.31.45.50.70 (sec.)







Unité de recherche d’accueil

Génétiqu
e Médicale et Fonctionnelle du Cancer et des
Maladies Neuropsychiatriques

Inserm U614


IFRMP 23

Sujet de thèse

Développement d’une stratégie
d’immunothérapie des cancers
colorectaux basée sur l’utilisation
de cellules présentatrices
d’antigène artificiel
les

Development of an
immunotherapy strategy in
colorectal cancers based on
the use of artificial antigen
presenting cells




L’axe stratégique de l’unité Inserm U614 est le
développement de nouvelles méthodes d’exploration du
matériel génétique permettant d’une part la
compréhension de la physiopathologie des maladies
génétiques et, d’au
tre part, l’optimisation du diagnostic
et la prise en charge de ces maladies. L’unité U614 fait
partie de l’Institut Hospitalo
-
Universitaire de Recherche
Biomédicale de Rouen.

L'immunothérapie par transfert de lymphocytes
T cytotoxiques (LTC) spécifiques
d'antigènes tumoraux
est une nouvelle approche thérapeutique très
prometteuse dans le cadre des cancers. Pour activer et
expandre in vitro de tels LTC, étape limitante de cette
approche, nous avons construit des cellules
présentatrices d’antigène artificie
lles (CPAA, Latouche
& Sadelain, Nature Biotechnology, 2000). Par rapport
aux cellules dendritiques, CPA autologues les plus
"puissantes" in vivo, ces cellules présentent les
avantages suivants

:

(i)

elles permettent une activation des LTC
supérieure,

(ii)

elles

sont utilisables pour tout patient dont les
cellules expriment la même molécule HLA de classe I,

(iii)

elles correspondent à des lignées cellulaires
stables utilisables immédiatement, et

(iv)

elles représentent des CPA "universelles".

Notre projet a pour objectif
de développer une
stratégie d’immunothérapie dans les cancers
colorectaux (CCR) basée sur l’utilisation de ce type de
CPAA. Nous souhaitons :

-

d’une part, cibler les antigènes partagés par
l’ensemble des CCR, généralement associés à une
instabilité chromo
somique, et sélectionner les plus
immunogènes afin de développer une stratégie
d’immunothérapie applicable au plus grand nombre de
patients,

-

d’autre part, cibler les néo
-
antigènes
potentiellement immunogènes spécifiques des CCR
avec phénotype RER (Repli
cation ERror), associés à
une instabilité microsatellitaire, afin de développer, à
plus long terme, une stratégie d’immunothérapie en
particulier chez les patients jeunes atteints de syndrome
HNPCC (Hereditary Non Polyposis Colorectal Cancer).

Les étapes e
ssentielles du projet, qui font appel à
différentes techniques de biologie moléculaire et de
biologie cellulaire, sont les suivantes :

(i) détermination des antigènes les plus immunogènes,
(ii) construction de CPAA exprimant ces antigènes, et
(iii) activat
ion et expansion de LTC spécifiques à activité
anti
-
tumorale


The strategic axis of U614 is the development of
new methods of exploration of the genetic material to
allow, on one hand, the comprehension of the
physiopathology of genetic diseases and, on th
e other
hand, the optimisation of the diagnosis and the
management of these diseases. U614 is part of the
University Hospital Institute for Biomedical Research of
Rouen
.

Immunotherapy based on the adoptive transfer
of tumor antigen
-
specific cytotoxic T lym
phocytes
(CTLs) is a very promising new therapeutic approach in
cancers. To activate and expand in vitro such CTLs,
limiting step of this approach, we constructed artificial
antigen presenting cells (AAPCs, Latouche & Sadelain,
Nature Biotechnology, 2000).

Compared to dendritic
cells, the most "powerful" autologous APCs in vivo,
these cells pr
esent the following advantages:

(i) they allow a greater CTL activation,

(ii) they can be used for any patient shari
ng a same
HLA class I molecule,

(iii) they correspo
nd to readily available sta
ble cell
lines, and

(iv) they represent "universal" APCs.

The goal of our project is to develop an
immunotherapy strategy in colorectal cancers (CRCs)
based on the use of this type of AAPCs. Our objective
is:

-

to target antigens

shared by most CRCs, with
chromosome instability, and to select the most
immunogenic ones to develop an immunotherapy
strategy for most patients,

-

to target potentially immunogenic neo
-
antigens, specific of RER (Replication ERror) CRCs,
with microsatelli
te instability, to develop an
immunotherapy strategy in particular for HNPCC
(Hereditary Non Polyposis Colorectal Cancer) young
patients.

The main steps of the project, wich require
molecular biology and ce
llular biology techniques, are:

(i) to select the

most immunogenic antigens,

(ii) to construct AAPCs

expressing these antigens,
and

(iii) to activate and expand anti
-
tumor specific CTLs



Le candidat devra avoir des connaissances
approfondies :

-

en biologie cellulaire (culture de lignées cellulaires
et

de cellules primaires, transduction, phénotypage, …)

-

en génétique moléculaire, et notamment maîtriser
les techniques de clona
ge, séquençage, PCR et RT
-
PCR,

-

en immunologie, et notamment en immunologie
anti
-
cancéreuse

The candidate must have robust know
ledge:

-

in cell biology (cell line and primary cell culture,
transduction, phenotyping,…)

-

in molecular biology, especially in cloning,
sequencing, doing PCR and RT
-
PCR,…


-

in immunology, especially tumor immunology


Génétique Médicale et Fonctionnelle

du Cancer et des Maladies Neuropsychiatriques

Inserm U614


IFRMP 23

Faculté de Médecine et Pharmacie, 22 bvd Gambetta, 76183 Rouen Cedex 1

Courriel

:
thierry.frebourg@chu
-
rouen.fr

Tél

: 02 35 14 82 80


Unité de recherche d’accueil

Différenciation et Communication Neuronale et
Neuroendocrine (DC2N)

INSERM U982

de thèse

Etude de la différenciation
neuroendocrine dans la
tumorigenèse prostatique

Neuroendocrine
differentiation in prostate
cancer progres
sion




De nombreuses pathologies des systèmes nerveux
et neuroendocrine sont associ
ées à des anomalies de
la différenciation, la survie et l'intercommunication
cellulaire. Les travaux de recherche menés au sein de
l’INSERM U982 visent à élucider des mécanismes
cellulaires et moléculaires de la différenciation et de la
communication neuro
nale et neuroendocrine en
physiologie et physiopathologie. Grâce à une approche
multidisciplinaire, le soutien de plateformes IBISA en
imagerie cellulaire et en protéomique, ainsi que des
collaborations avec de nombreux autres partenaires, les
recherches m
enées au sein des équipes «Génomique
fonctionnelle et physiopathologie
neuroendocrine»/

«Différenciation neuroendocrine et
communication intercellulaire dans les tumeurs
hormono
-
dépendantes et les néoplasies
corticosurrénaliennes

»


constituent un continuu
m
depuis l’identification de biomarqueurs, de gènes
tumoraux et de miRNA, jusqu’au développement de
marqueurs pronostiques et diagnostiques et de
nouveaux outils thérapeutiques de ces différentes
pathologies.

Le cancer de la prostate (CaP) est le cancer l
e plus
fréquent en France avec 62 245 nouveaux cas en 2005.
Il constitue la 4è cause de décès chez l’homme en
France et représente donc un problème majeur de
santé publique. Les causes de la transition du CaP du
stade androgéno
-
dépendant (AD) vers le stad
e
androgéno
-
indépendant (AI), qui est incurable, restent
mal connues. Néanmoins, le fait que l’androgéno
-
indépendance s’accompagne fréquemment d’une
différenciation neuroendocrine (NED), suggère que les
cellules neuroendocrines (NE) pourraient jouer un rôl
e
crucial dans le développement tumoral au stade AI,
notamment via les neuropeptides qu’elles produisent, et
dont certains sont connus pour favoriser la croissance,
la dissémination et la néoangiogenèse dans d’autres
types de cancers.

Dans ce contexte, la
connaissance des
mécanismes moléculaires et cellulaires qui déterminent
l’acquisition du phénotype NE, est essentielle pour
comprendre l’évolution des CaP. Parmi les acteurs
moléculaires pouvant constituer un maillon clé dans la
différenciation NE, figure
REST. Ce répresseur de la
transcription orchestre la mise en place et le maintien
du phénotype NE dans les cellules PC12 et est, de
manière intéressante, impliqué dans diverses
pathologies. REST est différentiellement exprimé dans
des lignées cancéreuses p
rostatiques AD et AI après
induction de la NED. Nous rechercherons d’éventuelles
variations d’expression de REST dans du tissu
prostatique humain sain et tumoral AD et AI. Le rôle de
REST dans la progression du CaP sera évalué en
recherchant ses effets sur

la croissance, l’invasion et la
NED des cellules LNCaP, PC3 et DU145, ainsi que
dans un modèle de xénogreffes de cellules LNCaP chez
Several pathologies of the central nervous system
and the neuroendocrine system are associate
d with
abnormalities in cell differentiation, migration, survival
and intercommunication. The research project
conducted at INSERM U982 aims to elucidate the
cellular and molecular mechanisms of neuronal and
neuroendocrine differentiation and communication

involving neuropeptides, in physiology and
pathophysiology. Using a multidisciplinary approach
with the support of imaging and proteomic IBISA
platforms, and in collaboration with numerous other
prestigious partners, the work carried out by the teams
name
d “Functional genomics and neuroendocrine
pathophysiology”/”Neuroendocrine differentiation and
intercellular communication in hormono
-
dependant
tumors and adrenocortical neoplasms” constitutes a
continuum from the characterization of biomarkers,
tumoral ge
nes and miRNA, to the development of
pronostic and diagnostic tools as well as new
therapeutics tools for these pathologies.


Prostate Cancer (PCa) is the leading cause of cancer
deaths in France with 62

245 new cases in 2005. It is
the fourth most common
cause of cancer
-
related deaths
among men in France and thus, constitutes a major
health problem. The natural history of PCa while on
androgen deprivation therapy is the attainment of an
incurable androgen
-
independent (AI) state. The specific
mechanisms inv
olved in the progression of PCa from
androgen dependence to androgen independence, are
still poorly understood. However, the fact that a
neuroendocrine differentiation (NED) is frequently
observed at the AI state, strongly suggests that
neuroendocrine (NE)

cells could play a critical role in
tumor progression. This could be notably due to the
variety of neuropeptides that they secrete. Some of
them, are known to promote growth, metastasis and
neoangiogenesis in other cancer types. Thus, NED
process is of ge
neral oncological interest.

In this context, a better understanding of the underlying
molecular and cellular mechanisms leading to NE
differentiation would help understanding PCa
progression. The transcriptional regulator REST could
play a critical role in

NED in PCa. Of interest, this
protein is governing the establishment and the
maintenance of the NE phenotype in PC12 cells, and is
also involved in various pathologies. REST is
differentially expressed in AD and AI prostate cancer
cell lines after inducti
on of NED. We are planning to
measure REST expression (mRNA and protein levels)
in normal prostate tissue as well as AD and AI prostate
tumor samples. The role of REST in PCa progression
will be studied by measuring its effects on growth,
invasion and NED
of prostate cancer cells, as well as on
a xenograft model of LNCaP cells in nude mice.

This project would contribute: i) to get a better
des souris «

nude

».


Ce projet de recherche permettra i) de comprendre
l’importance de la différenciation NE et de

REST dans
la tumorigenèse, et ii) d’identifier de nouvelles cibles
biologiques pour proposer des stratégies
thérapeutiques applicables aux stades avancés du CaP.

understanding of NE differentiation and the role of
REST in tumorigenesis, and ii) to help identifying new
therapeutic
targets for advanced PCa

Le(a) candidat(e) devra être titulaire d'un master
spécialité ou parcours Physiopathologie. Il(Elle) devra
être familiarisé(e) avec la cancérologie et la régulation
de l’expression des gènes. Des connaissances en
neuroendocrinolog
ie seront également appréciées.

D'un point de vue expérimental, le(a) candidat(e) devra
maîtriser la culture cellulaire, la manipulation d'animaux
de laboratoire, les techniques de Biochimie et de
Biologie moléculaire (invalidation de gène) ainsi que les
a
cquisitions d'images en microscopie confocale
.


The applicant should be graduated of a Master of
Science Specialty or Option Physiopathology. The
candidate should be familiar with cancer and gene
regulation. Knowledge in neuroendocrinology will be an
advan
tage.

The candidate should master culture cells, animal
handling, biochemistry and molecular biology technics,
as well as confocal microscopy analysis skills.



Différenciation et Communication Neuronale et Neuroendocrine (DC2N)

UFR des Sciences et des T
echniques

Université de Rouen

Place Emile Blondel ; Bâtiment Principal

76821 Mont
-
Saint
-
Aignan cedex

Courriel

:
valerie.perrot@univ
-
rouen.fr

Tél.

: 02

35

14

69

45



Unité de recherche d’accueil

Unité m
ixte INSERM Université de Rouen U905 INSERM

"Physiopathologie et biothérapies des pathologies
inflammatoires et autoimmunes"

Sujet de thèse

Etude de l’implication du couple
RasGRP1/RasGRP3 dans le
dysfonctionnement du lymphocyte
B au cours de la polyarthr
ite
rhumatoïde

Involvement of
RasGRP1/RasGRP3 in B cell
dysfunction during
rheumatoid arhritis





Les principaux thèmes de recherche de l'unité sont :

Immuno
-
régulation;

Physiopathologie, diagnostic et biothérapies
des maladies auto
-
immunes musculaires;

Physiopathologie, diagnostic et biothérapies de
la polyarthrite rhumatoïde;

Physi
opathologie, diagnostic et biothérapies
des maladies immunodermatologiques.


Cette unité, intégrée à l’Institut Hospitalo
-
universitaire
Normandie Rouen et à l'IFRMP 23, a pour thème de
recherche les maladies inflammatoires et auto
-
immunes
de l’appareil loc
omoteur et de la peau. Pour cela, elle
développe une recherche fondamentale sur les
mécanismes de régulation de la réponse immunitaire
normale et pathologique, et une recherche
translationnelle incluant des essais cliniques. Adossée
au service de rhumatolo
gie, l’équipe «physiopathologie
et biothérapies des pathologies immunitaires de
l’appareil locomoteur» étudie les mécanismes
physiologiques et physiopathologiques de régulation de
l’auto
-
immunité à travers le développement de modèles
murins de myosite et d
’arthrite auto
-
immunes, l’analyse
du rôle immuno
-
régulateur des ectonucléotides et
participe à la mise en oeuvre d’essais cliniques dans le
domaine des myopathies inflammatoires et de la
polyarthrite rhumatoïde. Adossée à la clinique
dermatologique et au c
entre de référence national des
maladies bulleuses auto
-
immunes, l’équipe
«physiopathologie et thérapeutiques innovantes des
maladies immunodermatologiques » étudie les
mécanismes physiopathologiques des maladies
dermatologiques auto
-
immunes et des toxider
mies
médicamenteuses et développe de nouvelles approches
thérapeutiques à travers des modèles expérimentaux et
des essais cliniques. Parallèlement à l’innovation
diagnostique et théranostique (protéome,
transcriptome), l’unité développe une recherche sur l
es
biothérapies moléculaires et les thérapies cellulaire et
génique.

Le lymphocyte B (LB) joue un rôle central dans la
physiopathologie de la polyarthrite rhumatoïde (PR).
Certaines anomalies des voies de signalisation du
récepteur du LB (BCR) peuvent cond
uire à leur
dysfonctionnement, en favorisant notamment
l’émergence de l’auto
-
immunité. Les analyses des
transcriptomes de cellules mononucléées et de tissu
synovial de PR ont montré une dérégulation de
plusieurs gènes impliqués dans les voies de
signalisat
ion du BCR dont le gène
Ras guanyl
nucleotide exchange factor

(
RasGRP3
) exprimé

The main research topics of the unit are :


Immunoregulation;

Pathogenesis, diagnosis and biotherapy of
inflammatory myopathies;

Pathogenesis, diagnosis and biotherapy of
rheumatoid arthritis;

Pathogenesis, diagnosis and biotherapy of
immuno
-
dermat
ological diseases.


The Inserm U905 research unit, integrated to the Rouen
Institute for Medical Research and innovation
(
www.ihunormandyrouen.fr
) and IFRMP 23, is dedicated
to the study of inflammatory and a
utoimmune diseases
of the locomotor apparatus and the skin. To this aim, the
laboratory develops a basic research focused on the
mechanisms regulating the immune system, in normal
and pathological conditions, and a translational research
including clinical

trials. The team «Pathogenesis and
biotherapy of inflammatory diseases of the locomotor
apparatus», in close collaboration with the
Rheumatology Department of the Rouen University
Hospital, studies the physiological and
physiopathological mechanisms regul
ating
autoimmunity through the development of murine
models of myositis and rheumatoid arthritis, analyses
the immuno
-
regulatory roles of ectonucleotides and
contributes to clinical trials in inflammatory myopathies
and rheumatoid arthritis. The team «Path
ogenesis and
innovative therapies of immuno
-
dermatological
diseases», in collaboration with the Dermatology
Department of the Rouen University Hospital and the
National Reference Centre for Bullous Skin Autoimmune
Diseases, investigates the physiopathologi
cal
mechanisms of autoimmune skin diseases and drug
allergy, and develops new therapeutic approaches in
immunodermatology through experimental models and
clinical trials.The Inserm U905 is strongly involved in the
identification of new biomarkers character
ized by
proteomic and transcriptomic analyses and the
development of projects based on molecular
biotherapies and celland gene therapies.

B cells play a key role in the rheumatoid arthritis (RA)
pathophysiology. Indeed, some intra
-
cellular pathways
of B ce
ll receptor (BCR) can lead to their dysfunction,
with notably the autoimmunity dysregulation.
Transcriptomic analysis from peripheral mononuclear
cells and synovium have shown the dysregulation of
several genes involved in the BCR inta
-
cellular
pathways, i
ncluding Ras guanyl nucleotide exchange
principalement par les LB. La protéine RasGRP3 active
la voie Ras
-
Raf
-
Mek
-
Erk ayant un rôle majeur dans le
contrôle de la prolifération des LB. Par ailleurs, dans les
modèles m
urins
RasGRP1
-
/
-

et
RasGRP3
-
/
-
, la
répression de
RasGRP3

au niveau du LB représentait
un moyen de régulation de l’auto
-
immunité induite par la
répression de
RasGRP1
au sein du lymphocyte T (LT).
Or, l’absence de
RasGRP1

se traduisait par un lupus
érythémat
eux disséminé (LED) dans ce modèle et chez
l’Homme. Sachant que la PR représente un spectre de
maladies allant des formes inflammatoires (sans auto
-
anticorps détectés) aux formes «

très auto
-
immunes

»
(facteurs rhumatoïdes, anti
-
CCP, anti
-
nucléaire), nous
suggérons l’hypothèse qu’une dérégulation du couple
RasGRP1
/
RasGRP3

peut contribuer au
dysfonctionnement du LB au cours de la PR. Le projet
de thèse a donc pour objectif

i)

d’étudier les niveaux d’expression du couple
RasGRP1
/
RasGRP3

dans les LB ou LT de suj
ets
sains et dans différentes circonstances pathologiques
[LED, Sjögren, arthrose, spondylarthropathie]

;

ii)

d’identifier une corrélation entre ces niveaux
d’expression et l’activité de la maladie ou le titre des
auto
-
Ac de patients atteints de PR;

iii)

d’étudier
les effets du TNF


sur ces gènes

; iv)
d’étudier les effets de la répression du gène
RasGRP3

dans les LB humains sur la prolifération et
la synthèse de cytokines. Ceci devrait permettre de
mieux comprendre l’implication des LB dans la
physiopathologie de l
a PR.

factor (RasGRP3) gene mainly expressed in B cell.
RasGRP3 activates the following pathway Ras
-
Raf
-
Mek
-
Erk which controls the B cell proliferation.
Moreover, in the RasGRP1
-
/
-

and RasGRP3
-
/
-

mice, the
RasGRP3 under
-
ex
pression in B cells was a mean to
regulate the autoimmunity induced by the RasGRP1
suppression in T cells. The KO mouse for RasGRP1
presented a phenotype similar to the human systemic
lupus erythematosus (SLE). Since RA is a disease with
a spectrum from in
flammatory phenotype (without
autoantibodies) to auto
-
immune phenotype (with
rheumatoid factors, anti
-
CCP, anti
-
nuclear antibodies),
we suggest the hypothesis that the RasGRP1/RasGRP3
dysregulation could contribute to the B cell dysfunction
during RA.
The
objectives of this doctoral programme
are :

i) to measure the gene expression level of
RasGRP1/RasGRP3 in B and T cells in healthy
donors and in different pathologies such as lupus,
Goujerot

Sjögren, spondylarthropathies;

ii) to identify a correlation betw
een these gene
exprssion levels with the disease activity or the
an
tibodies titers in RA patients;

iii) to evaluate the TNF


effects on these genes; iv) to
study the effects of RasGRP3 suppression on human
B cell proliferation and on their cytokine synthes
is.
These investigations could help us to better
understand the involvement of B cells in RA
pathophysiology.

Le candidat devra avoir des connaissances portant
sur les mécanismes physiologiques et
physiopathologiques en Immunologie humaine. Il est
demandé

d'avoir des connaissances et une expérience
de laboratoire en biologie moléculaire et en culture
cellulaire

The applicant should have some skills in the
physiological and pathophysiological mechanisms in
human Immunology. Experience in laboratory on
molec
ular biology and cellular cultures is required.



Date limite de dépôt de candidature / Deadline

25/06/2010

UNIVERSITE DE ROUEN

Inserm 905, 3ème étage, Bâtiment Recherche, Faculté de Médecine
-
Pharmacie, 22 Bd
gambetta, 76183 Rouen cedex

1

Courriel

:
olivier.vittecoq@chu
-
rouen.fr

Tél.

: 02 32 88 90 19






Unité de recherche d’accueil

UMR CNRS 6232 Ci
-
NAPS «

SP2U

»

Equipe
SP2U «

Sérines Protéases et Physiopathologie de
l’Unité Neurovasculaire

» unité

INSERM U919

Sujet de thèse

L’Activateur tissulaire du
Plasminogène

(tPA) dans le
contrôle de la neurotransmission
glutamatergique

The tissue type Plasminogen
Activator (tPA) in the control
of the glutamatergic
neurotransmission




L’unité INSERM U919 «

s楮敳 灲潴s敳 整e
physiopathologie de l’unité neurovasculaire

묠 EpmO唩
敳琠畮e cêé
ation d’unité de novo au 1er Janvier 2008,
f慩s慮琠 s畩瑥t  u渠 灲潧éamm攠 䥎fb前
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䑥灵is′ 〵I s⁴ 慶慵x⁤攠牥e桥êc桥⁳攠e潣慬is敮琠t畲u
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î慳c畬慩ê攠 cê慬 潵  畮 瑲a畭慴asm攠 m畬laiê攮e
Initialement centrées sur l’influence de ces protéases
摡湳 l攠 c潮瑲e d攠 la 湥畲潴u慮smissi潮
杬畴慭慴aê杩煵攠 摥 tyée k
J
䵥瑨yl
J
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Asé慲瑡瑥Ⱐ 湯s
ê散桥êc桥s

se sont élargies à l’ensemble de l’unité
湥畲uî慳c畬慩ê攮 䑥a mêm攬e i湩瑩al敭敮琠 瑲
f潮摡m敮瑡t敳Ⱐn潳 慰灲潣桥s 瑥t摥湴nd攠él畳 e渠élus
慳s潣i敲e摥s 慰灲潣桥s 瑲慮sî敲e慬敳Ⱐ慶散 c潭me
objectifs le développement et l’utilisation d’outils
摩a杮潳ti煵敳

潵⁴棩êa灥畴i煵敳⁰ 畲ul愠aliniè略.


乯畳 慶潮s 擩m潮瑲 煵攠 l攠 瑐A 灯瑥湴n慬ise l愠
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L’objectif de ce programme est de décrire les
è湥m敮瑳 m潬畬aiê敳 晩湳 灡ê l敳煵敬s l攠tmA ée畴u
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Perspectives à long terme c
-

Sur la base
des résultats
obtenus en a
-

et b
-
, des souris transgéniques
surexprimant l’une de ces mutéines seront générées
afin d’évaluer les phénotypes et découvrir de nouvelles
fonctions potentielles du tPA (coll. clinique de la souris).

related mu
teins in brain structures will be generated for
evaluation of differential phenotype and discovery of
putative new functions for tPA.

Formation en neurosciences (master II) avec de bonnes
bases en biologie moléculaire

Neurosciences training (master degree
) including bases
in molecular biology.


Date limite de dépôt de candidature / Deadline

25/06/2010

UMR CNRS 6232 Ci
-
NAPS «

SP2U

GIP Cyceron, Boulevard Henri Becquerel, 14073 Caen Cedex.

Courriel

:
vivien@cyceron.f
r

Tél.

: 0231470160/66





Unité de recherche d’accueil

Laboratoire d’Ecotoxicologie


Milieux Aquatiques

EA 3222

Sujet de thèse

Recherche de la présence et des
effets associés aux anti
-
androgènes sur la physiologie du
Gardon (Rutilus rutilus)


Study o
f the occurrence and
associated effects of anti
-
androgens on the Roach
(Rutilus rutilus) physiology




Le Laboratoire d’Ecotoxicologie


䵩li敵x A煵慴a煵敳
(LEMA) de l’Université du Havre a pour objectif
d’identifier les effets et de mettre en évidence les
mécanismes d’action des xénobiotiques sur les
潲条oism敳 慱畡瑩煵敳⸠䱥s 瑲慶a畸 me
ttent en œuvre
une combinaison d’outils visant à intégrer différents
湩î敡畸 摥 l愠c潭灬數i瓩t扩潬o杩è略 E摥s m潬畬敳 a畸
潲条oism敳 整e慵x 灯灵l慴a潮sF 整e摥 l敳 îalid敲e灡ê u湥
慰灲潣h攠  l愠 f潩s 摥 teêê慩渠 整e 摥 l慢潲慴oiê攮e i敳
慣瑩îi瓩t 摵 䱅䵁 so湴

s瑲畣瑵狩敳 s畩îa湴n摥畸 慸esⰠ
dont l’un cherche à identifier les acteurs moléculaires
im灬i煵 摡湳 l愠 êo湳攠 d敳 潲条湩sm敳 慵x
x潢i潴i煵敳⸠ bll攠 im灬iè略 n潴omm敮琠 l愠 mis攠 敮
œuvre de techniques d’étude du transcriptome, du
灲潴m攠 整e 摵 mé扯l潭
攠 慦i渠 摥 擩条来ê l敳
ê敬慴i潮s m慮is瑩è略s 敮瑲攠 l敳 êo湳敳 整e 摥
灯uîoiê 擩îel潰灥ê d敳 bi潭慲煵敵ês 灥êti湥湴n l潲s
d’une altération toxicologique. Le second axe est dédié
à l’étude et à la compréhension d’altérations de
f潮c瑩潮s 灨ysi潬o杩煵敳 clé
s 摥s 潲o慮ismes


imm畮潴oxici瓩t n敵ê潴潸ici瓩t 柩n潴oxici瓩 整
灥ê瑵牢t瑩o湳 摵 sys瓨t攠敮摯cêi湩敮⸠i敳 慰灲潣hes
im灬i煵e湴n 瑯畴u é慲瑩culi敭敮琠 摥s éd敳  l愠 f潩s
m潬畬慩ê敳 E柨n敳Ⱐ 敮zym敳Ⱐ m潬畬敳 si杮alFⰠ
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J
慮摲潧d湥s 灥uî敮琠 扬潱u敲e l❡D瑩îi瓩t d敳
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permettant d’étudier la capacité d’induction d’une
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y瑯t整eyⰠ瑯tic潫i湥ticsFⰠ
桩s瑯t慴a潬ogy 慮搠dcol潧ic慬⁴牡 瑳.

Project summary:

Recently it has been discovered that wastewater
effluents can contain high levels of antiandrogenic
activity. Antiandrogens can block androgen receptor
activity and there is

concern that exposure to these
contaminants could cause desmaculinisation of aquatic
organisms such as fish. A combination of approaches is
proposed to study the occurrence and effect of such
compounds.

A cell
-
based antiandrogenic activity screen (YAS ass
ay)
will be used to study the occurrence of antiandrogens
both in sediments and in bile of roach (Rutilus rutilus)
sampled in France where some of these activities were
recently detected in a few sediment samples. Effect of
these compounds on the steroid s
ynthesis will be
studied by measuring the expression of key genes (Star,
AR, CYP3, CYP 17, CYP 11 and CYP19), the activity of
the CYP19a1b and the synthesis of oxy
-
androgens in
male fish.


Work Plan:

Objectives and Tasks:

Objective A: Investigation of occ
urrence of
antiandrogens in sediments and fish.

Field sampling (sediments and fish); dissection of
gonads, and bile; histological examination.

Anti
-
YAS assay on sediment extracts and fish bile

Objective B: Measurements of CYP19a1b activity and
synthesis o
f oxy
-
androgens

Assessment of
CYP19a1b activity
.

identification of
oxy
-
androgens

Objectifs et tâches:

Objectif A: Etude de la présence d’anti
-
androgènes
dans les sédiments et les poissons.

1. Échantillonnage sur le terrain (sédiments et
poissons); dissection des gonades, prélèvement de
bile, examen histologique.

2. Dosage anti
-
YAS sur des extraits des sédiments et la
bile de poisson

Objectif B
: Analyse de la synthèse et de l'activité des
CYP19 et de métabolites d’anti
-
androgènes

3. Évaluation de l'activité CYP19a1b.

4. identification

des oxy
-
androgènes

Objectif C
: Analyse de l'expression de certains gènes
clés impliqués dans le métabolisme de stéroïdes

1. Mise en place et validation des protocoles qPCR.

2. Mesure des niveaux d'expression dans le poisson

Planning:

Objectif A
: Prés
ence d’anti
-
androgènes

Tâche 1.

Echantillonnage de sédiments (1
-
6
mois)

Tâche 2.

Echantillonnage des gardons (2 mois)

Tâche 3.

Test anti
-
YAS (6 mois)

Etape1. Achever les tâches 1
-
3 et préparer une
publication dans une revue scientifique (12mo)

Produ
ction 1. Diffusion des résultats
-

Publication

Objectif B
: Activité aromatase et synthèse d’oxy
-
androgènes

Tâche 5.

Mesure des activités CYP19a (6 mois)

Tâche 6.

Identification des oxy
-
androgènes (6
mois)

Etape 2. Achever les tâches 4
-
5 et préparer u
ne
publication dans une revue scientifique (24 Mo)

Production 2. Diffusion des résultats
-

publication /
présentation de la conférence

Objectif C
:

analyse de l'expression de certains
gènes clés impliqués dans la production de stéroïdes

Tâche 7.

QPCR d
e certains gènes (8 mois)

Tâche 8.

Rédaction (4 mois)

Milestone 3. Compléter les tâches 7
-
8, préparer une
publication et le manuscrit de thèse (36 mois)

Production 3. Thèse
-

publication

Objective C: Measurements of the expression of
selected key genes involved in steroid production

Set up and validation of qPCR protocols.

Measurement of expression levels in f
ish

Time Line:

Objective A: Occurrence of antiandrogens

Task 1. sediment sampling

(1
-
6 mo)

Task 2. fish collection

(2 mo)

Task 3. anti
-
YAS assay

(6 mo)


Milestone 1. Complete tasks 1
-
3 and prepare for
publication in a peer
-
reviewed journal (12mo)

Deli
verable 1. Dissemination of results


publication

Objective B: CYP19a1b activity and synthesis of oxy
-
androgens

Task 5. Assessment of CYP19a1b activity

(6 mo)

Task 6. identification of oxy
-
androgens

(6 mo)

Milestone 2. Complete tasks 4
-
5 and prepare for
p
ublication in a peer
-
reviewed journal; (24 mo)

Deliverable 2. Dissemination of results


publication/conference presentation

Objective C: Measurements of the expression of
selected key genes involved in steroid production

Task 7. qPcr of selected genes

(8

mo)

Task 8. Redaction

(4 mo)


Milestone 3. Complete tasks 7
-
8 prepare for
publication in a peer
-
reviewed journal + manuscript
(36 mo)

Deliverable 3. thesis


publication/conference
presentation



Une formation en toxicologie, écotoxicologie, biochimie
o
u biologie moléculaire incluant une expérience de
laboratoire de recherche est requise. Un intérêt pour les
études en environnement, pour le travail d’équipe et des
capacités à respecter ses objectifs serait apprécié

Training in toxicology, ecotoxicology,
biochemistry, or
environmental chemistry including laboratory research
experience is required.

An enthusiastic interest in environmental issues, the
ability to work well with others and the ability to meet
tight time plans would be an advantage.


Date li
mite de dépôt de candidature / Deadline

25/06/2010

Laboratoire d’Ecotoxicologie


Milieux Aquatiques EA 3222

25, rue Philippe Lebon

BP 540

76058 Le Havre

Courriel

:
minier@univ
-
lehavre.fr

Tél.

: 02 32 74 43 0
3





Unité de recherche d’accueil

Neuropsychopharmacologie Expérimentale

EA 4359


Sujet de thèse

Impact des anesthésies pratiquées
pendant la période périnatale sur
le développement du cortex
cérébral et sur sa vulnérabilité aux
agents excitotoxiques.

Impact of anaesthesia
practised during the perinatal
period on cerebral cortex
development and on its
vulnerability to excitotoxic
agents.




L’Unité de Neuropsychopharmacologie, EA 4359,
dirigée par le Pr J.J.Bonnet, s’est jusqu’alors focalisée
s畲u l愠 c潭灲敮si潮 d攠 l愠 éhysi潰慴aolo杩攠 d敳
瑲潵扬敳 慮xio
J
擩灲敳sifsⰠ 杲攠 à 摥s a灰ê潣h

湥畲潣himi煵敳 整ecom灯ê瑥t敮瑡t敳Ⱐs潵î敮琠m敮s
en partenariat avec l’industrie pharmaceutique. L’Unité
de Neuropsychopharmacologie est intégrée à l’IFRMP
et abrite le service commun d’analyse
comportementale. Dans le but d’opérer un
ê慰灲潣桥m敮琠t
hématique avec l’EA 4309, dirigée par
le Dr B. Gonzalez, l’équipe de
乥畲潰kyc桯é桡êm慣潬潧i攠 m整e s潮 數灥ê瑩s攠
concernant l’étude des récepteurs des
neurotransmetteurs et l’analyse comportementale au
s敲eic攠摥 l愠瑨慴a煵攠…

qê潵扬敳 摵 擩îelo灰敭敮t

rébral induits par l’exposition à des agents
灨慲a慣潬潧i煵敳

묮»䱥 灲潪整e摥 co
J
diê散瑩潮 d攠瑨ts攠
敮瑲攠摥畸 mem扲敳 摥 c敳 摥畸 畮i瓩t d攠ê散桥êc桥
s’inscrit dans cette dynamique.


䑡湳 l敳 灡ys 擩î敬o灰Ⱐ l敳 lio湳
cé慬敳 co湳瑩瑵敮琠l愠灲敭i
攠c慵s攠摥 灡ê慬ysie
摵 n潵î敡u
J
滩⸠䱥s e湦慮ts 灲慴aê 潵 滩s 瑥tme
灥uî敮琠牥ês潵mis 摥s i湴nêî敮tio湳 瑨tê慰敵ti煵敳
qui nécessitent l’emploi d’agents anesthésiques pouvant
i湴nêf敲 慶散 l敳 灲éc敳s畳 摥 d敬潰é敭e湴
cé慬⸠ b渠 敦f整e c敲e
ains d’entre eux agissent en
m潤ifi慮琠 l敳 湥畲潴牡湳missi潮s mis é慲a l敳
récepteurs GABAA et/ou NMDA du glutamate. D’autres,
摥 湡瑵t攠 潰i濯o攬e i湴敲e敮琠 i湤iê散瑥t敮琠 慶散 l敳
瑲慮smissi潮s 杬畴um慴aê杩煵敳⸠ lê l攠 dABA 整e le
杬畴慭慴a à潵敮琠 摥s ê
敳 m慪敵ês 摡湳 le
développement du cortex cérébral. L’étude de
l’innocuité des anesthésiques chez le nouveau
J
n灥畴u
牥ê m潤is c桥z l愠 p潵êis⸠ b渠 敦f整e l愠 m慴aêit
擩î敬潰é敭敮瑡t攠摵 c潲oex 摥 s潵êis s d攠O EmOFⰠ
㔠 Em㔩R 潵 N〠 à潵ês Em㄰F c潲o
敳灯湤 ê敳灥ctiî敭e湴
chez l’humain à 24, 30
J
㌲ 潵 ㌷
J
P㤠 s敭慩湥s
d’aménorrhée. Nous proposons d’étudier chez la Souris
l’effet d’anesthésiques (bloqueur NMDA,
扥nz潤iazé灩湥Ⱐ扡ê扩t畲楱略Ⱐm潲灨o湩煵攩e慤mi湩s瑲
敮 fi渠 摥 来s瑡tio測n 潵  m㈬O m㔠 潵 m㄰Ⱐ
s畲u l敳
marqueurs de nécrose et d’apoptose identifiés au sein
de tranches cérébrales. Nous évaluerons aussi l’effet
摥s 慮敳瑨tsi煵敳 s畲u la îul滩êa扩lit d甠 c潲瑥o a畸
慧敮瑳 數ci瑯t潸i煵敳 敮 mim慮琠 畮攠 s瑩m畬慴a潮
數c敳siî攠 d敳 ê数t敵ês 乍kA 摡湳 le m
潤攠 摥
p潵êis 湯當敡u
J
n. 䱥 êéc数瑥tê 乍kA 敳t c潮s瑩tu
摥 s潵s
J
u湩tⰠ摯湴nk刲AⰠim灬i煵é攠d慮s la s畲uie
neuronale, et NR2B, impliquée dans l’apoptose. Nous
alu敲潮e é慲a imm畮潨is瑯thimi攬e ê慤i潬iais潮 整
hybridation in situ, l’impact des anesth
i煵敳 s畲
l’expression corticale de ces deux sous
J
畮i瓩t. pi un
q桥 乥畲潰kyc桯灨慲a慣潬ogy 啮i琬t bA 4㌵㤠diê散t敤
by mê g⹊⸠B潮n整e 桡s 扥敮 f潣畳i湧 f潲os敶敲慬 ye慲a
潮 瑨攠u湤敲e瑡湤i湧 潦 瑨t éhysi潰a瑨t
logy 潦 慮xio
J
摥灲敳siî攠摩s潲o敲eⰠby m敡湳 潦 湥畲潣桥mic慬 a湤
扥桡îi潲ol 慰灲潡éh敳Ⱐ潦瑥t c潮摵c瑥t i渠灡êt湥êshié
睩瑨té桡êm慣敵瑩c慬 i湤畳瑲y⸠q桥 él慴a潲o 潦 扥桡îi潲慬
慮alysis 潦 䥆f䵐 ㈳ 瑡t敳 灬慣攠i渠瑨ts ê敳敡êc栠畮i琮
䥮f瑨攠aim 瑯t条瑨tê 異

t桥m慴acs ïi瑨tbA 㐳〹Ⱐ摩ê散t敤
by 䑲 B⸠d潮zalezⰠ瑨攠乥畲潰uych潰h慲a慣潬潧y r湩t
瑥tm 扲楮杳 i瑳 數é敲瑩se o渠湥畲潴ua湳mi瑴tês ê散数瑯牳
s瑵ty 慮d 扥桡îi潲慬 慮alysis 瑯t t桥 t潰ic c潮c敲ei湧
瑨t 瑲潵bl敳 i渠扲bi渠d敶敬o灭敮琠i湤畣敤 by 數灯sition
瑯t
灨慲a慣潬潧ical⁡来湴n. 䥮flin攠ïi瑨tt桩s 潢à散瑩î攬⁴ 攠
灲敳敮琠灲潪散琠i湣lu摥s 愠co
J
摩ê散瑩潮 潦 瑨tsis 扥t睥ï渠
瑷漠tem扥ês ⁢ 瑨tla扯ê慴aêi敳.


䥮f in摵s瑲i慬iz敤 c潵湴物敳Ⱐ 扲慩渠 l敳i潮s
c潮s瑩瑵t攠瑨t fiês琠c慵s攠潦 灡lsy i渠湥o湡瑥t⸠
mê整eêm
慮搠瑥
êm i湦慮瑳 c慮 畮摥ê杯 瑨têa灥畴ic s畲来uy 畮d敲e
慮慥st桥siaⰠ 睨ïc栠 co畬d in瑥牦敲攠 ïi瑨t 扲bin
摥î敬潰m敮琠 灲潣敳s敳⸠ 䵡ny a湡敳t桥tic 慧e湴n
i湤敥搠 慣琠 by m潤ifyi湧 湥畲潴ua湳missi潮s i湶olîi湧
dABA A a湤⽯爠k䵄j 杬u瑡t慴aê杩c ê散数瑯牳⸠l瑨tês
慲攠潰i潩d
s 睨ïc栠i湤iê散瑬y i湴敲慣琠ïit栠杬畴um慴aêgic
瑲慮smissi潮⸠ dABA a湤 杬畴um慴a 慲攠 瑷t
湥畲潴ua湳mi瑴tês ï桩c栠 élay m慪潲o ê潬敳 i渠 c敲e扲慬
c潲瑥o 摥îelo灭敮琮t 䥮f 潲摥o 瑯t s瑵ty 瑨攠 s慦整y 潦
慮慥st桥tic 灲潣敤畲敳 i渠 湥潮a瑥tⰠ m畲楮攠 a湩m慬
m潤敬s c慮 扥

畳敤⸠䍯C瑥t 摥îelo灭敮瑡t m慴aêity 潦o
O
J
摡y ol搠Em㈩ⰠR
J
摡y 潬d Em㔩R潲 ㄰
J
day ol搠Em㄰F mic攠
c潲o敳灯湤 瑯tO㐬4㌰
J
P㈬Ooê ㌷
J
㌹ ï敥âs 潦 来s瑡ti潮慬
慧攠i渠t桥 桵m慮Ⱐê敳灥c瑩îely⸠te ïill s瑵tyⰠi渠mic攬e
瑨t 敦f散瑳 潦 慮慥st桥瑩cs E乍䑁 慮t慧o湩s琬t
扥b
z潤iaze灩湥Ⱐ扡êbi瑵牡t攬eo灩oi搩d慤mi湩s瑥牥搠d畲u湧
l慴a 灲é杮a湣yⰠ潲o 慴am㈬Om㔠潲o mN〬M潮 湥cê潳is a湤
慰潰瑯tis m慲â敲e i摥湴ifi敤 i渠 扲慩渠 slic敳⸠ t攠 睩ll
m敡s畲攠瑨t c潲瑩c慬 îul湥ê慢ility 瑯t 數ci瑯t潸ic 慧e湴s
mimicâi湧 慮 數c敳siî攠s瑩m畬慴a潮 潦
乍kA ê散数toês
i渠瑨t 湥潮慴a mic攠m潤敬⸠q桥 杬畴um慴aê杩c 乍䑁
ê散数瑯爠is co湳瑩t畴ud 潦 s畢畮i瑳Ⱐ慭潮朠睨ïch 乒kA
is inîolî敤 i渠 cell s畲îiîal 慮搠 乒kB is inîolî敤 i渠
慰潰瑯tis⸠t攠ïill 敶慬畡t攠瑨t im灡c琠潦 慮慥st桥tics
潮 t桥 c潲oic慬 數灲敳sio渠潦

扯瑨 s畢u湩瑳 by m敡湳 潦
imm畮潨is瑯t桥mis瑲yⰠ扩n摩n朠慮搠i渠si瑵thy扲楤iz慴io渮
䥦 摥l整eêi潵s 敦f散瑳 慰灥慲Ⱐ 睥ï 睩ll t敳琠
灨慲a慣潬潧ical i湨ibi瑩潮 潦 乒㉂ i渠 îiîo 扥foê攠
慮慥st桥sia.

ci湡lly 睥ï ïill s瑵ty 瑨t l潮g
J
瑥牭 im灡c琠of 灥êi湡t慬
慮慥st桥s
ia 潮 扥h慶i潲ol f敡瑵牥t i渠 慤畬t mic攠 by
m敡s畲楮朠g潣潭潴oê⁡ 瑩îity a湤⁣潧湩tiî攠e扩li瑩敳.

effet délétère apparaît, nous chercherons à l’inhiber par
un agent pharmacologique inhibiteur de NR2B,
administré in vivo avant l’anesthésie. Enfin, nous
évaluerons l’impact des anesthésies

périnatales sur le
comportement cognitif et moteur des souris devenues
adultes par des tests comportementaux.

Le (la) candidat(e) devra être titulaire d’un M2
Neurosciences. Des connaissances concernant plus
particulièrement le développement cérébral seraient
apprécié
es. Le (la) candidat(e) devra posséder des
compétences en expérimentation animale. Une
expérience en histologie, marquage de récepteurs et/ou
hybridation in situ est également souhaitable

The applicant must have a Master’s degree in
Neuroscience. A backgro
und in the field of brain
development should be particularly appreciated. The
applicant must be competent in animal experimentation.
An expertise in histology, receptor labeling and/or in situ
hybridization is also expected.

Date limite de dépôt de candid
ature / Deadline

25/06/2010

EA 4359 Faculté de Médecine
-
Pharmacie,

22 Bd Gambetta, 76183 Rouen cedex

isabelle.leroux
-
Nicollet@univ
-
rouen.fr

Tél.

: 02 35 14 86 02




Unité de recherche d’accu
eil

Laboratoire
Matrice Extracellulaire et Pathologie (LMEP), IFR
146 ICORE, Université de Caen/Basse
-
Normandie EA 3214


Sujet de thèse

Stabilisation du phénotype du
chondrocyte articulaire et
induction de la chondrogenèse
chez les cellules souches
mésen
chymateuses adultes en
vue d’une utilisation en thérapie
cellulaire du cartilage chez
l’homme.

Articular chondrocyte
phenotype stabilization and
chondrogenesis induction in
adult mesenchymal stem cells
for their use in
the cell
therapy in human cartilage
defects.




Le LMEP (IFR 146 ICORE (Interactions Cellules
-
Organismes
-
Environnement)
), développe une
recherche fondamentale et appliquée portant sur les
aspects physiopathologiques de la matrice
extracellulaire (ex

: arthrose). Il étudie notamment les
mécanismes moléculaires qui contrôlent l’expression
des principaux gènes matriciels des
chondrocytes
(collagène de type II, agrécannes, etc…). Il a ainsi pu
montrer l’importance de certains facteurs de croissance
et de transcription dans la dédifférenciation des
chondrocytes, un mécanisme observé dans le cartilage
arthrosique. L’équipe s’inté
resse aussi aux biomatériaux
(collagène) permettant la transplantation de
chondrocytes autologues afin de réparer les lésions du
cartilage. Dans ce cadre, le LMEP a participé au projet
intégré européen GENOSTEM (6ème PCRD), dont
l’objectif était de caracté
riser les cellules souches
mésenchymateuses adultes (CSM) et de les utiliser en
thérapie cellulaire du cartilage. Il poursuit cette
approche dans le cadre d’un projet ANR/TecSan intitulé
PROMOCART.


L’incidence socio
-
économique de l’arthrose est liée au
tr
ès faible potentiel de réparation du cartilage.
Actuellement, les thérapies réparatrices ne restaurent
pas les propriétés biomécaniques du cartilage. Ainsi, la
transplantation de chondrocytes autologues (TCA)
selon Brittberg et al. (1994), employée pour le

traitement des lésions limitées du cartilage, implique
une amplification cellulaire en culture monocouche qui
s’accompagne d’une dédifférenciation chondrocytaire.
Pour un contrôle moléculaire optimum du phénotype
des chondrocytes avant la greffe, la techn
ologie
s’oriente vers une combinaison des chondrocytes avec
des biomatériaux, et l’utilisation de cytokines.

Les enjeux de ce projet visent à contrôler les
mécanismes nécessaires au maintien du phénotype
différencié des chondrocytes, lors de leur amplifica
tion
ou au sein d’un biomatériau de collagène. Dans ce
cadre, les propriétés chondrogéniques de la BMP2,
pour restaurer le phénotype des chondrocytes humains,
ou pour induire le lignage chondrocytaire de cellules
souches mésenchymateuses adultes humaines,
seront
exploitées. Après avoir identifié la meilleure
combinaison [cellule
-
biomatériau
-
BMP2/cytokines], il
faudra bloquer l’induction du collagène I dans les
chondrocytes dédifférenciés (siRNA, leurres
nucléotidiques), altération représentant un évènement
majeur dans l’arthrose.

Ce projet prévoit des essais précliniques par greffe en
sous
-
cutané chez la souris nude pour vérifier la qualité
The Extracellular Matrix and Pathology Laboratory
(EMPL) (ICORE (Interactions Cells
-
Organisms
-
Environment
) 146 Federative Institute of Research),
develops a fundamental and applied research
concerning the physiopathological and metabolic
aspects of Extracellular Matrix (ECM).
The main theme
of EMPL consists to study the molecular mechanisms
controlling the ex
pression of the major ECM genes of
chondrocytes (type II collagen, aggrecan, TGF
-
ß type II
receptor, etc.). We have demonstrated the importance
of several transcription and growth factors in the
dedifferentiation of chondrocytes, a process observed in
oste
oarthritis. The team has also interest in biomaterials
(collagen sponges) allowing the autologous chondrocyte
transplantation in order to repair cartilage. EMPL
participated to the Integrated European project
GENOSTEM, which aimed to characterize human adu
lt
mesenchymal stem cells and to use them in the repair
of cartilage. This project is presently developped in the
context of an ANR/TecSan program, entitled
PROMOCART.


The important incidence of osteoarthritis (OA) is due to
the limited repair capacity of

cartilage.
The current
repair therapies do not allow to restore the cartilage
biomechanical properties. Therefore, the Brittberg’s
autologous chondrocyte implantation (ACI), employed
for the treatment of small cartilage defects, implies a
cellular amplifi
cation in culture which induces a
phenotypic shift toward chondrocyte dedifferentiation.
For an optimal molecular control of the chondrocyte
phenotype before the ACI, the technology took an
orientation to favor a combination of chondrocytes with
biomateria
ls/cytokines. This project aims at controlling
the molecular mechanisms which regulate the
expression of the differentiated chondrocyte phenotype,
during their culture within a collagen biomaterial. In this
context, the chondrogenic properties of BMP2/othe
r
cytokines, in order to restore the phenotype of human
chondrocytes, or to define the chondrogenic lineage
from adult mesenchymal stem cells, will be exploited.
Once the best combination [cell
-
biomaterial
-
BMP2/other
cytokines] will be identified, it will
be necessary to
develop a loss of function strategy (siRNA, decoy
nucleotides) in order to block type I collagen induction in
dedifferentiated chondrocytes, a phenotypic alteration
which represents a major event in OA. This project will
also imply preclini
cal trials in the nude mouse model
after subcutaneous implantation of the neocartilage and
in the sheep model of OA (developped at Lyon Civil
Hospices). If the animal model results are conclusives,
du cartilage reconstruit et sur le modèle d’arthrose chez
la brebis. Ces essais seront étendus chez l’homme
avec les c
hirurgiens orthopédistes de l’hôpital de Lyon
-
Sud. Ce projet de thèse s’intègre dans un programme
ANR TecSan (PROMOCART) au sein d’un réseau de 5
partenaires (fin du projet 9
-
2012

; possiblement 2013, si
réponse positive à l’appel d’offres ANR/TecSan, proj
et
CLINICART), dont les retombées concernent le
traitement des arthroses débutantes et les pertes de
substances chondrales lors de chocs traumatiques.

human clinical trials using ACI will be performed (Hôpital

Lyon
-
Sud, Pr B Moyen).

This thesis project is part of an ANR TecSan program
(PROMOCART). This network includes 5 partners
(project end, 9
-
2012

; possibly 2013 if positive answer
after ANR/TecSan 2010 calls, CLINICART program),
and the objectives concern
the repair of small lesions in
early OA or the loss of chondral substance following
traumatic lesions.

La réussite de ce projet de thèse est conditionnée par :

-

de solides connaissances sur le lignage
chondrocytaire et sur les mécanismes moléculaires qu
i
régissent la physiopathologie du cartilage.

-

de réelles compétences en techniques :

I. de culture cellulaire (plus spécifiquement,
chondrocytes et cellules souches mésenchymateuses
adultes (moelle osseuse et sang de cordon ombilical),
culture tridimen
sionnelle en tension d’oxygène variable),

II. de biologie cellulaire et biochimique (ELISA, tests de
viabilité et de prolifération, nucléofection, immuno
-
empreinte, cytométrie de flux),

III. de biologie moléculaire (RT
-
PCR en temps réel,
expériences de r
etardement sur gel et
d’immunoprécipitation de la chromatine (simple et
double), interférence par l’ARN).


The success of this PhD project is conditioned by:

-

A strong knowledge on the definition of chondrocyte
lineage and on the molecular mechanisms inv
olved in
cartilage physiopathology.

-

Real technical competency:

I. in cell culture (more specifically, chondrocytes and
adult mesenchymal stem cells (bone marrow and
umbilical cord), 3D models of cell culture and in various
oxygen tension),

II. Bioch
emistry and Cellular Biology (ELISA, viability
and cell proliferation assays, Western
-
blot, flow
cytometry),

III. Molecular Biology (real time RT
-
PCR, gel retardation
assay, Chromatin Immunoprecipitation (ChIP, Re
-
ChIP),
RNA interference, decoy strategy, e
tc…).



Date limite de dépôt de candidature / Deadline

25/06/2010

UFR de Médecine EA 3222

Laboratoire
Matrice Extracellulaire et Pathologie (LMEP)
,

CHU niveau 3, Avenue de la Côte de Nacre, 14032 CAEN CEDEX

Courriel

:
philippe.galera@unicaen.fr

ou
karim.boumediene@unicaen.fr

Tél.

: 02/31/06/82/18



Unité de recherche d’accueil

«

Mobilités

: Cognition et Temporalité

» INSERM
-
ESPRI

Sujet de thèse

Repré
sentation interne de la
gravité et régulations
végétatives

Internal representation of
gravity and autonomous
regulation




L’objectif de notre équipe pluridisciplinaire est
l’étude des processus cognitifs intervenant dans les
mobilités ainsi que leurs facteurs de variation temporels
-

en conditions normale et pathologique
-

et leur
réhabi
litation. Le programme de notre équipe est
organisé en 3 axes

complémentaires. Deux

concernent
chacun un type de mobilité

-

les déplacements routiers
et la marche
-

et le troisième, un modèle de mobilité,
l’oculomotricité. Notre équipe intègre des compéten
ces
complémentaires dans des domaines très diversifiés
(neurosciences, sciences du sport, pharmacologie,
rééducation et autres spécialités médicales).


L
a capacité à se situer par rapport au monde
environnant est un pré requis à tout comportement
moteur ad
apté. Cette capacité reposerait sur des
représentations (ou modèles) internes de grandeurs
physiques pertinentes et en tout premier lieu de la
gravité, véritable pivot autour duquel s’organise la
perception spatiale et la motricité. Le modèle interne de
la

gravité repose principalement sur le système
vestibulaire. D’autre part, nous avons montré que le
modèle interne de la gravité est utilisé par le système
végétatif pour la régulation des fonctions sur lesquelles
la gravité a une influence importante (au p
remier plan le
système cardiovasculaire).

L’objectif de ce travail de thèse est de déterminer dans
quelle mesure un trouble de la représentation interne de
la gravité pourrait être à l’origine de dysrégulations
végétatives. Cette question sera abordée lors

de 3
expérimentations

dans lesquelles les réponses
vestibulaires (réflexes vestibulo
-
oculaires),
perceptuelles et végétatives, ainsi que leur adaptation
avec le temps seront évaluées

:



un sujet placé dans un environnement gravito
-
inertiel différent de 1 n
e peut se faire une
représentation correcte de la gravité (ambiguïté
fondamentale entre gravité et accélération
linéaire inertielle). Des vols paraboliques (projet
ESA) permettront de produire des phases
gravitaires de 2g et 0g.



des sujets en alitement pr
olongé présentent à
leur lever des dysrégulations végétatives
importantes se manifestant en particulier par
des pertes de connaissances inopinées.
L’alitement prolongé est d’ailleurs un modèle
validé de certains effets de l’impesanteur sur les
spationautes
. Notre hypothèse est que
l’alitement (second projet ESA portant sur un
alitement de 3 semaines) est à l’origine de
modifications vestibulaires elles
-
mêmes à
l’origine d’une représentation interne erronée.

D
es patients présentant des lésions vestibulaires
périphériques ont nécessairement une représentation
interne de la gravité altérée

T
he scientific goal of our multidisciplinary team is the
study of cognitive processes implicated in mobility as well as
their temporal fluctuations.
Our team programme is org
anised
along 3 lines. Two

concern one type of mobility



car driving
and ambulation


while the third is a mobility model,
oculomotricity. For each of these lines, we will be interested
not only in the cognitive mechanisms brought into play (and
more parti
cularly in the attentional processes for lines 1 and 3,
in representation of space for lines 2 and 3 and in the time
fluctuations of these processes for lines 1 and 2) but also in
disturbances and processes of adjustment or rehabilitation
.


The ability to
execute appropriate behavioral and
motor responses depends critically on our capacity to
construct an accurate internal representation of our
orientation in space. An accurate internal representation
of gravity is particularly important because it plays a
pivotal role in spatial perception an motricity. Vestibular
sensory signals are among those that may make an
essential contribution to the construction of such
'internal models'. Moreover, we previously
demonstrated that internal representation of gravity
is
used to regulate autonomous functions on which gravity
has an important impact, particularly


but not only


cardiovascular regulation.

The aim of this doctoral project is to evaluate the impact
of a faulty internal representation of gravity on
autonom
ous regulation. To this end, vestibular
(vestibule
-
ocular reflexes), perceptual and autonomous
responses, as well as their adaptation, will be evaluated
during 3 experimental conditions:



when gravito
-
inertial acceleration is different
from 1g, internal rep
resentation of gravity in
necessarily inaccurate because the otolith
organs, like any linear accelerometer, sense
inertial and gravitational accelerations
equivalently. Periods of 2g and 0g will be
produced during parabolic flights (ESA project).



After pro
longed bed
-
rest, most subjects
experience cardiovascular decontioning as well
as other autonomous dysregulations. Head
down tilt bed
-
rest is a validated model of
somme effects of weightlessness on astronauts.
Our hypothesis is that bed
-
rest induces
alterat
ions in vestibular system thus in internal
representation of the gravity.

Patients suffering from peripheral vestibular lesions
have necessarily an altered internal representation of
gravity.

Titulaire d'un master 2 recherche, le candidat devra
attester d
'un niveau de maîtrise satisfaisant du champ
The Candidate must have a research master's degree
and will have to give evidence of a satisfactory level of
théorique dans lequel s'inscrit le projet. Des
compétences en physiologie humaine sont demandées.
Une maîtrise des outils méthodologiques nécessaires à
la conduite de ce projet (oculométrie, analyse de
paramètre
s cardiovasculaires) sera appréciée.

control of the theoretical field of project. Skills in human
physiology are requested. Knowledge of the
method
ological tools necessary for the conduct of this
project (oculometry, analysis of cardiovascular
parameters) will be appreciated.


Date limite de dépôt de candidature / Deadline

25/06/2010

UFR de Médecine


UFR STAPS

Université de Caen Basse
-
Normandie 14
032 Caen CEDEX

Courriel

:
pierre.denise@unicaen.fr

Tél.

: 02.31.06.82.14






Unité de recherche d’accueil

Laboratoire Morphodynamique Continentale et Côtière (M2C)

UMR CNRS 6143

Sujet de thèse

Potentiels

de dégradation
microbienne associés au transfert
des hydrocarbures aromatiques
polycycliques le long d’un
continuum bassin versant
-

estuaire marin

Potentials of microbiological
degradation linked to the
transfer of PAHs along a
continuum watersheld
-

mar
ine estuary




Le laboratoire M2C (UMR 6143, Université de Rouen et
de Caen) s'est f
ondé autour de plusieurs thématiques
de recherche en Géosciences réparties entre deux
équipes de recherches principales : (i) «

Dynamiques
des surfaces continentales

» (comprenant l'étude des
transferts hydrosédimentaires dans les bassins
versants) et (ii)

«

Dynamiques des systèmes côtiers

»
(comprenant les processus physiques, sédimentaires et
biochimiques caractérisant la zone côtière). Le
laboratoire M2C s'est récemment (depuis 2008) étendu
à l'interdisciplinarité par le rattachement de
microbiologistes
environnementaux (étude des
bactéries résistantes aux antibiotiques et aux métaux
lourds, étude des contaminations fécales, étude de
souches environnementales du genre Pseudomonas et
étude de la dégradation de contaminants organiques).


Les hydrocarbures a
romatiques polycycliques (HAP)
sont des composants organiques hydrophobes ayant
des propriétés toxiques, mutagènes et cancérigènes.
Majoritairement d'origine atmosphérique, les HAP sont
déposés sur les sols puis transférés à l'hydrosphère par
le biais de r
uissellements et d'infiltrations. Au cours de
leur transfert entre les différents compartiments d'un
bassin versant, les HAP sont partiellement éliminés par
les processus naturels de biodégradation. La
biodégradation des HAP par atténuation naturelle est
t
outefois lente et limitée dans l'environnement
principalement en raison du caractère hydrophobe de
ces molécules. Les HAP s'adsorbent facilement aux
particules organiques ce qui les rendent
particulièrement inaccessibles et donc non
biodisponibles. Le manq
ue de nutriments inorganiques
et/ou la performance écologique (fitness) variable des
microorganismes dégradeurs de HAP pourraient
également expliquer cette faible biodégradation.

L'objectif principal de ce projet de thèse pluridisciplinaire
est de mieux co
mprendre

(i) la dynamique,

(i
i
) la biodisponibilité et la

(i
i
i) biodégradabilité des HAP, le long d'un continuum
bassin versant
-

estuaire marin dans une zone
fortement anthropisée.

(i) Des analyses Géo
-
physico
-
chimiques seront
réalisées dans les différ
ents compartiments du
continuum (sol, eau de surface et sédiment), à des
fréquences variables (saisonnières ou en hautes
fréquences).

(ii) Trois approches complémentaires seront utilisées
pour étudier la biodisponibilité des HAP: Une approche
chimique (ex
traction avec différents solvants), une
approche géochimique (caractérisation de la matière
The M2C laboratory (UMR 6143, CNRS
-

university of
Rouen and

Caen) was based on various fields of
research in geosciences with two major research teams:
(i) “Dynamics of continental surfaces” (including the
study of the hydrosedimentary transfer in watershed)
and (ii) “Dynamics of coastal systems” (including the
ph
ysical, sedimentary and biogeochemical processes
charactering the coastal area). The M2C laboratory has
recently (since 2008) expanded to the inter
-
disciplinarity
by incorporating a team of environmental
microbiologists (study of bacterial resistances to h
eavy
metals and antibiotics, study of faecal contamination,
study of environmental strains of Pseudomonas and
study of organic contaminants degradation).


The polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs) are
hydrophobic organic compounds of particular concern
because of their toxic, mutagenic, and carcinogenic
properties.
The major source of PAHs results from
incomplete combustion of wood, coal, coke and fuel for
domestic heating and traffic sector. Once being
deposited on soils, PAHs are transferred to the
hyd
rosphere by means of runoff and infiltration. During
their transfer between the different compartments of a
watershed, PAHs are partially eliminated by natural
processes of biodegradation. Biodegradation by natural
attenuation of PAHs is however slow and l
imited in
environmental conditions mainly due to the hydrophobic
character of these molecules. PAHs easily adsorbed to
organic particles making them particularly inaccessible
and therefore not bioavailable. Lack of inorganic
nutrients or the variable fitne
ss of PAH
-
degrading
microorganisms could also explain this unsuccessful
biodegradation.


The main objective of this multidisciplinary PhD
project is to better understand

(i) the dynamic,

(ii) the bioavailability and

(iii) the biodegradability of PAHs al
ong a continuum
watershed
-

marine estuary in an highly anthropized
area.

(i) Geo
-
physico
-
chemical analyses will be performed in
different compartments of the continuum (soil, surface
water and sediment), at variable frequencies (from
seasonal to high freq
uencies).

(ii) Three complementary approaches will be used to
investigate the bioavailability of PAHs: A chemical
approach (extraction of PAHs using different solvents),
a geochemical approach (characterization of the organic
matter), and a microbiological

approach (in situ study of
the genes involved in the biosurfactant production).

(iii) The specific microbial diversity and the genetic
organique) et une approche microbiologique (étude in
situ des gènes impliqués dans la production de
biosurfactants).

(iii) La diversité microbienne spécifique et le

potentiel
génétique de dégradation des HAP seront déterminés à
partir d'échantillons environnementaux et compléter par
des études en microcosmes utilisant des substrats
marqués au 13C (DNA
-
SIP).

potential for PAH
-
degradation will be determined from
environmental samples and completed with studies in
microcosms usi
ng 13C
-
labeled substrates (DNA
-
SIP).

La/le candidat(e) sera avant tout un(e) écologiste
microbien(ne) maîtrisant les outils moléculaires d'étude
des micro
-
organismes dans l'environnement (extraction
des acides nucléiques, qPCR, DGGE).

Même si non indispen
sables, des connaissances en
hydrologie et géochimie seront appréciées.

Applicants must have a good understanding of diversity
-
function relationships and a


solid background in basic molecular approaches (PCR
-
DGGE, clone library
-

sequencing, qPCR). Experie
nces in geochemistry


and hydrology would improve


application’s value.



Date limite de dépôt de candidature / Deadline

25/06/2008

UMR CNRS 6143, Irèse A, place Emil
e Blondel, Université de Rouen,

76821 Mont Saint Aignan cedex

Courriel

:
sylvie.barray@univ
-
rouen.fr

Tél.

: 0232769450





Unité de recherche d’accueil

Pharmacologie des dysfonctionnements endothéliaux et
myocardiques

Inserm U644

Sujet de thèse

Modulation de l’angiogenèse par
la protéine
tyrosine phosphatase
1B

Modulation of angiogenesis
by protein tyrosine
phosphatase 1B




La recherche menée par l’Inserm U644, intégrée à
l’IFRMP, concerne les mécanismes et le traitement de
pathologies cardiovasculaires, et en particulier, la
protection vasculaire et l’amélioration de la fonction
contractile cardiaque. Cette recherche e
st abordée de
façon transversale, au plan expérimental et chez le
malade. Dans le domaine vasculaire, ces travaux
portent essentiellement sur la recherche de protection
de certaines cellules vasculaires, les cellules
endothéliales, face aux agressions subi
es par les
facteurs de risque et pathologies cardiovasculaires
(infarctus, insuffisance cardiaque, choc septique,
hypertension etc.). Les recherches visent également à
développer de nouvelles stratégies de biothérapie
permettant de stimuler la croissance d
es vaisseaux
sanguins. Dans le domaine cardiaque, les travaux
portent essentiellement sur l’amélioration de la
détection non invasive de la dysfonction contractile
cardiaque, sur l’évaluation de nouveaux traitements de
l’insuffisance cardiaque, et sur l’ét
ude des liens
existants entre stress oxydatif et dysfonction cardiaque.
Ces travaux s’effectuent en étroite interaction avec
diverses Services Hospitaliers, et l’industrie

L’angiogenèse définit les processus conduisant à la
croissance des vaisseaux sanguin
s. Notre groupe
recherche de nouvelles voies thérapeutiques stimulant
l’angiogenèse après un infarctus du myocarde. Nous
avons récemment découvert les effets protecteurs
vasculaires d’une approche basée sur l’inhibition de la
tyrosine phosphatase 1B (PTP1B
). Dans la mesure où
la PTP1B participe également à la régulation négative
de l’activité des facteurs de croissance, l’inhibition de
cette enzyme pourrait exercer un effet stimulant sur
l’angiogenèse.

Nos résultats préliminaires suggèrent que l’inhibition

de
la PTP1B augmente la migration de cellules
endothéliales en culture induite par des facteurs de
croissance. En parallèle, chez les souris déficientes en
PTP1B (PTP1B
-
/
-
), on observe une meilleure invasion
de cellules vasculaires dans un modèle d’implan
ts sous
-
cutanés de matrigel contenant des facteurs de
croissance. Enfin, nous avons mesuré une
augmentation de la densité capillaire dans le cœur de
souris PTP1B
-
/
-

soumis à un infarctus.

Le projet de thèse consiste donc à tester si l’inhibition
pharmacolo
gique de la PTP1B, ou l’invalidation de
l’expression du gène PTP1B, exerce un effet pro
-
angiogénique dans l’insuffisance cardiaque post
-
infarctus, puis d’identifier les mécanismes et cibles
moléculaires impliquées dans cet effet. Nous
caractériserons un ph
énotype migratoire et prolifératif
de cellules endothéliales issues des souris PTP1B
-
/
-
.
Dans le modèle matrigel chez ces mêmes souris, nous
évaluerons les quantités relatives de sous
-
populations
de cellules inflammatoires connues pour contribuer à la
The research performed in the Inserm U644 Unit,
integrated to the IFRMP, concerns the evaluation of the
mechanisms and treatment of cardi
ovascular diseases,
and especially vascular protection and improvement of
cardiac contractile function. This research is transversal
and performed both in experimental models and in
human. Regarding vascular research, our work mostly
concerns the protectio
n of vascular endothelial cells in
the context of cardiovascular risk factors or
cardiovascular diseases (myocardial infarction, heart
failure, septic shock, hypertension, etc…). We also
investigate new biotherapy approaches for stimulation of
angiogenesis

and vasculogenesis. Regarding cardiac
research, our work mostly concerns the improvement of
non invasive detection of cardiac contractile dysfunction,
the search for new treatments of heart failure, and the
study of the links between oxidative stress and
heart
failure. Most studies are performed in collaboration with
clinical departments in our University Hospital, or with
the industry
.

Angiogenesis defines the processes implied in the
development of new blood vessels. Our group evaluates
new pathways indu
cing enhanced angiogenesis after
myocardial infarction as a new therapeutic approach.
We recently discovered the protective vascular effects of
a strategy based on tyrosine phosphatase 1B (PTP1B)
inhibition. Of note, PTP1B has been implied in a
negative re
gulation of the activity of several growth
factors, thus inhibition of this enzyme might exert
stimulating effects on angiogenesis.

Our preliminary results showed that PTP1B inhibition
increases the cellular migration of murine cardiac
endothelial cells st
imulated by growth factors. Moreover,
in PTP1B deficient mice (PTP1B
-
/
-
), we observed a
greater invasion of blood vessels cells within a model of
subcutaneous matrigel tissue implants containing
growth factors. Lastly, we also observed an increase in
capil
lary density in PTP1B
-
/
-

mouse hearts subjected to
myocardial infarction.


The project of the thesis consists in assessing if
pharmacological PTP1B inhibition or genetic PTP1B
deficiency stimulates angiogenesis in heart failure after
myocardial infarction

as well as identifying the molecular
targets involved in this angiogenic response. We will
characterize the migratory and proliferative phenotype in
endothelial cells originating from PTP1B
-
/
-

mice. With
the matrigel model used in PTP1B
-
/
-

mice, we will
e
valuate the relative amounts of inflammatory cells
subpopulations known to contribute to enhance
angiogenesis. Finally, in mice with heart failure, we will
evaluate the effect of PTP1B deficiency, whether
ubiquitous or limited to the endothelium, on myocar
dial
perfusion and cardiac function measured by MRI and
echocardiography.

This work should help to elucidate the role of PTP1B in
stim
ulation de l’angiogenèse. Enfin, chez les souris
insuffisantes cardiaques, nous évaluerons l’effet de la
déficience en PTP1B, soit globale soit limitée à
l’endothélium, sur la perfusion et la fonction cardiaques
mesurées par IRM et échocardiographie.

Ces
travaux participeront à évaluer l’apport possible
d’un contrôle de l’activité PTP1B dans l’angiogenèse
post
-
infarctus
.

post
-
infarction angiogenesis as well as the cellular
mechanism(s) involved.


Le projet de recherche de type physiopathologie

s'intéresse aux mécanismes de l’angiogenèse et à
l’augmentation de la perfusion myocardique dans le
post
-
infarctus. La réalisation de ce projet requiert de la
part de l'étudiant :

1
-

Une connaissance des bases de la physiologie
cardio
-
vasculaire ainsi qu
e des mécanismes cellulaires
et moléculaires impliqués dans l’angiogenèse.

2
-

Une maîtrise de la manipulation des animaux, du
suivi de lignées murines génétiquement modifiées, et
une aptitude à la mise en place d’un protocole chez
l’animal.

3
-

Une maîtris
e des techniques de base de la culture de
lignées cellulaires

4
-

Une expérience pratique dans la préparation de
coupes histologiques, dans la réalisation d’immuno
-
marquages, dans la manipulation de microscopes à
épifluorescence et dans la maîtrise d’outil
s
informatiques d’analyse d’images.

5
-

La connaissance de techniques de biologie
moléculaire telles que la RT
-
PCR semi
-
quantitative et le
Western
-
Blot.

The project corresponds to a research in
pathophysiology aimed toward a better understanding of
the mech
anisms of angiogenesis and increased cardiac
perfusion after myocardial infarction. It will require the
following skills::

1
-

A basic knowledge of cardiovascular physiology as
well as of the cellular and molecular mechanisms
involved in angiogenesis.

2
-

A

capacity to master animal experimentation, follow
-
up of genetically modified mouse strains.

3
-

A mastering of the basic cell culture techniques

4
-

S
ome experience in the preparation of histologic
sections, immunohistochemistry, use of fluorescent
microsco
py, and computerized image analysis.

5
-

Knowledge of basic molecular biology techniques
such as semi quantitative PCR and le Western
-
Blot.


U
FR Médecine Pharmacie Inserm U644, 22 Boulevard Gambetta,

76183 Rouen Cédex

Courriel

:
Vincent.Richard@univ
-
rouen.fr

Tél.

: 02 35 14 83 62



Unité de recherche d’accueil

UMR INRA/UCBN 950 EVA (Ecophysiologie Végétale,
Agronomie et nutritions N, S, C)

INRA, Département Environnement
-
Agronomie

Sujet de thèse

Impac
ts physiologiques et
métaboliques de la nutrition
soufrée et du transport de sulfate
au sein de la graine de colza
d’hiver sur la qualité, la
conservation et la germination de
la graine.

Physiological and metabolic
impacts of sulfur nutrition
and sulfate t
ransport within
the seed of winter oilseed
rape on the quality, the
conservation and the
germination of the seed.




Constituée de 3 équipes (

Azote

,

Carbone
-
Défoliation

,

Ecologie Interaction plante
-
plante

), l
'
UMR

950 EVA
conduit des recherches de biologie intégrative sur les
métabolismes de l'azote

(N)
, du carbone

(C)

et du
soufre

(
S) chez des plantes de grande culture (colza) et
des espèces fourragères prairiales (ray
-
grass, trèfle,
luzerne…).
Les

principaux objectifs sont d’identifier les
déterminants physiologiques et moléculaires intervenant
dans

l'eff
icience d’utilisation du N e
t du S

par les
végétaux dans le contexte d'une
agriculture durable
optimisant fertilisation, maintien/augmentation du
rendement et préservation de
l'environnement.

Les
processus et les facteurs de régulation impliqués dans
le stockage et la mobilisation de
s réserves N (protéines,
acides aminés), C (amidon, fructanes) et S (sulfate,
glutathion) sont plus spécifiquement étudiés en vue
d’améliorer l’efficience d’utilisation de ces éléments et
in
fine

le rendement et la qualité des produits récoltés
(fourrage,
graine). Les travaux de recherche

reposent
sur des

approches

de biologie moléculaire,
de
protéomique,
de biochimie, de physiologie

(en particulier
l’étude des flux de N, C et S via l’utilisation de traceurs
isotopiques
15
N,
13
C et
34
S)
, d'agronomie et d'éc
ologie,
permettant de passer de l'expression d'un gène
ou
d’une protéine
à
l'étude de sa fonction à l’échelle de la
cellule, du tissu ou de la
plante entière isolée ou en
interac
tion au sein d’un peuplement ou d’une
communauté
.


L’étude des impacts physiol
ogiques et agronomiques
d’une limitation en soufre (S) chez le colza, une
oléagineuse très exigeante en S présente un intérêt
particulier dans le contexte actuel d’appauvrissement
des sols en S. Des travaux réalisés au sein de notre
UMR ont montré qu’une r
estriction en S appliquée dès
le début de la montaison affecte le rendement (
-
33%) et
la qualité grainière avec une baisse significative de la
teneur en protéines (
-
10%), en huile (
-
30%) et en acides
gras de type oméga 3 et 6. Chez la graine
d’Arabidopsis,

des résultats récents indiquent que les
transporteurs de sulfate permettant d’acheminer cet
anion jusqu’aux sites de stockage et d’assimilation
joueraient un rôle primordial pour la synthèse d’acides
aminés soufrés indispensables à la production des
proté
ines de la graine. Ces transporteurs pourraient
aussi jouer un rôle majeur dans les processus
germinatifs (via la mobilisation du S). Par ailleurs, le
sulfate de la graine pourrait contribuer à une meilleure
longévité des graines et à une vigueur germinati
ve
accrue via la synthèse de glutathion, un antioxydant
puissant.

L’ensemble de ces résultats suggère que le niveau
The UMR 950 EVA is constituted of 3 teams (“Azote”,
“Carbone
-
Defoliation”
and “Ecologie Interaction plante
-
plante”), and develops integrative biology researches on
nitrogen (N), carbon (C) and sulphur (S) metabolisms in
crop plants (oilseed rape) and forages/grasses species
(ryegrass, white clover, alfalfa…). The main objectives

aim to determine the physiological and molecular
determinants that are involved in N and S use efficiency
by plants within the context of sustainable agriculture
optimising fertilization inputs, maintain/increase of
productivity and preservation of enviro
nment. The
processes and factors of regulation involved in the
storage and mobilization of N (amino acids, proteins), C
(starch, fructans) and S (sulphate, glutathione) reserves
are more specifically studied in order to improve the use
efficiency of these
elements and in fine the yield and
quality of plants products (shoot production, grain).
Researches are performed using modern techniques in
molecular biology, proteomic, biochemistry, physiology
(especially study of N, C and S fluxes by using the
isotopic

tracers 15N, 13C and 34S), agronomy and
ecology, studying gene or protein expression and their
function at the cellular, tissular, and whole plant levels
(under isolated conditions or in interaction within
population or community).


The study of physiolog
ical and agronomic impacts of
mineral sulphur (S) restriction in rapeseed, an
oleaginous crop very demanding in S, has a particular
interest in the current context of S impoverishment in
soil.
Recent works obtained in our UMR showed that S
restriction appl
ied early in the bolting stage affects seed
yield (
-
33%) and grain quality with a significant
decrease in protein content (
-
10%), in oil (
-
30%), and in
fatty acid omega 3 and 6. In Arabidopsis seeds recent
results indicate that sulphate transporters respon
sible
for distributing this anion to cellular sites of storage and
assimilation will play a crucial role in the synthesis of
sulphur amino acids necessary for seed protein
production. These transporters may also play a major
role in the germination process
es (via S mobilization).
Furthermore, sulphate in seed could contribute to the
greater longevity of seed and to improve the
germination stage via the synthesis of glutathione, a
strong antioxidant compound.

All these results suggest that the level of accum
ulation
of sulphate in the seed and sulphate transporters are
key factors of yield and seed quality.

This thesis project aims to determine the impact of
variable S fertilization on the grain quality and
germination processes. This project will be (1) ascer
tain
whether the level of accumulation of sulphate in the
d’accumulation de sulfate dans la graine et les
transporteurs de sulfate sont des facteurs clef du
rendement et de la qualité de la graine.

Ce projet de thèse vise donc à déterminer l’incidence
d’une fertilisation variable en S sur la qualité grainière et
la vigueur germinative. Ce projet s’attachera (1) à
vérifier si le niveau d’accumulation de sulfate dans la
graine joue un rôle dans l’élabo
ration des composantes
du rendement et (2) à caractériser le rôle des
transporteurs de sulfate dans la graine. L’étude sera
conduite au niveau physiologique (flux de S au niveau
plante entière), métabolique (activités enzymatiques
clefs de la voie d’assimi
lation du S, évolution des
principaux composés soufrés, modifications
protéomiques associées) et au niveau transcriptomique
(expression des transporteurs de sulfate dans la graine).

seed plays a role in the elaboration of yield components
and (2) characterize the role of sulphate transporters in
the seed. The study will be conducted at the
physiological (whole plant S fluxes),
metabolic (activities
of the key enzymes involved in the assimilation pathway
of S, changes of the main S compounds, associated
modifications of seed proteome) and transcriptomic
levels (expression of sulphate transporters in the seed).


Le candidat doit
être titulaire d’un diplôme de Master 2
Recherche en Biologie cellulaire ou équivalent. Une
solide formation en Sciences du végétal et plus
particulièrement en physiologie de la nutrition des
plantes est requise. La maîtrise ou une expérience
probante des
méthodologies relevant de la biochimie,
de la protéomique voire de la biologie moléculaire serait
fortement appréciée. La capacité à utiliser les
techniques de marquage isotopique pour déterminer les
flux d’éléments à différentes échelles (plante entière,
organe/tissu) constituera un point fort pour le
recrutement en thèse.

The candidate must be titular of Master 2 Research
degree in Cell Biology or equivalent. A solid background
in Plant science, especially in physiology of plant
nutrition is required. The

expertise or a relevant
experience in the methodologies in the disciplinary of
the biochemistry, proteomics, an if possible in molecular
biology would be greatly appreciated. The ability to use
isotopic labeling techniques to determine the fluxes of
eleme
nts at different scales (whole plant, organ / tissue)
will be considered as strength for the recruitment in
thesis.


Université de Caen Basse
-
Normandie, IBFA, IFR 146 ICORE,


UMR INRA/UCBN 950 EVA
Rue de Lausanne, 14032 CAEN Cedex

Adresse email

:
jean
-
christophe.avice@unicaen.fr

Tél.

: 02 31 56 54 18





Unité de recherche d’accueil

Différenciation et Communication Neuronale et
Neuroendocrine (DC2N)

INSERM U982

Sujet de thèse

Rôle de la chromo
granine A au
cours de la différenciation
neuroendocrine normale et
pathologique

Role of chromogranin A
during normal and
pathological neuroendocrine
differentiation




Les travaux menés dans l’unité visent à élucider le
rôle de neuropeptides dans les mécanismes de la
différenciation neuronale et neuroendocrine, ainsi que
dans la communica
tion intercellulaire, puis à transférer
les données obtenues dans les domaines médical et
biotechnologique. Un des axes de recherche du
laboratoire Inserm U982, coordonné par Youssef
Anouar, consiste à déterminer le rôle des
chromogranines dans la différen
ciation neuroendocrine
saine et pathologique. Grâce à une approche
multidisciplinaire, au soutien de plateformes IBiSA en
imagerie cellulaire et en protéomique, au CHU de
Rouen et à de nombreux autres partenaires, les
recherches menées par les différentes
équipes de
l’unité permettent le développement de nouveaux outils
diagnostiques et thérapeutiques qui font actuellement
l’objet d’études précliniques et cliniques.

La différenciation neuroendocrine est un processus
complexe permettant à des cellules précu
rseurs ou des
cellules pathologiques de produire et de sécréter des
hormones peptidiques qui contrôlent la croissance
d’autres cellules, ainsi que de nombreuses fonctions
spécifiques de commande de l’organisme. Les cellules
neuroendocrines stockent les hor
mones dans les
granules de sécrétion (GS) qui libèrent leur contenu par
un processus d’exocytose provoquée par un influx
calcique, ce qui constitue la voie de sécrétion régulée.
Les pathologies endocriniennes, et les anomalies de
sécrétion hormonale qui en

résultent, ont des
conséquences néfastes sur l’ensemble de l’organisme
(hypertension, diabète, troubles sexuels, cancer...).
Parmi les protéines libérées en excès par les cellules
neuroendocrines pathologiques, on retrouve la
chromogranine A (CgA), un mar
queur de la
différenciation neuroendocrine normale ou
pathologique. Dans des cellules naturellement
dépourvues de voie de sécrétion régulée et de CgA,
l’expression de cette dernière entraîne l’apparition de
GS capables de contenir des hormones pouvant être

libérées de manière régulée. L’objectif de ce projet de
thèse vise à élucider le mécanisme d’action de la CgA
dans la sécrétion neuroendocrine. Le projet consiste à

:
1) isoler par fractionnement subcellulaire les GS induits
par la CgA et analyser leur mo
rphologi
e par
microscopie électronique,

2) identifier leur protéome par spectr
ométrie de masse
(LC
-
MS/MS), et

3) étudier les interactions entre la CgA et les protéines
identifiées par les techniques de GST
-
pull down et co
-
immunoprécipitation. L’élucidation

du rôle de la CgA et
de ses partenaires au cours de la différenciation
neuroendocrine permettra d’envisager la régulation de
leurs interactions comme moyen thérapeutique dans
des pathologies associées à des dérèglements de la
The research project of the laboratory aims to
elucidate the mechanisms of neuronal and
neuroendocrine differentiation and cell communication
involving neuropeptides, and then to transfer the data
obtained to medical and bi
otechnological fields. One of
the research axes of the INSERM U982 coordinated by
Youssef Anouar, is to determine the role of
chromogranins during normal and pathological
neuroendocrine differentiation. Using a multidisciplinary
approach with the support o
f imaging and proteomic
IBiSA platforms, of Rouen CHU and numerous
collaborations with other partners, research projects
conducted by the different teams lead to the
development of new diagnostic, prognostic and
therapeutic tools which are currently valida
ted in
preclinical and clinical studies.

Neuroendocrine differentiation is a complex process
allowing precursor cells or pathologic cells to produce
and secrete peptide hormones which control the growth
of other cells, as well as a variety of specific org
anismic
responses. Neuroendocrine cells store hormones in
secretory granules (SG) which release their content by
exocytosis triggered by calcium influx, a process known
as the regulated secretory pathway. Endocrine
pathologies, and the resulting abnormal h
ormone
secretion, have deleterious effects on the whole
organism (hypertension, diabetes, reproductive
dysfunction, cancer...). Among the proteins excessively
released by pathologic neuroendorine cells,
chromogranin A (CgA) has been established as a
marker

of neuroendocrine differentiation. In cells
naturally devoid of a regulated secretory pathway and
CgA, the expression of the latter induces the formation
of SG able to store hormones which are liberated in a
regulated manner. The objective of this thesis

project is
to elucidate the mechanism of action of CgA in
neuroendocrine se
cretion.
This project aims to

:

1) isolate by subcellular fractionation SG induced by
CgA and analyze their mor
phology by electron
microscopy,

2) identify their proteome by ma
ss sp
ectrometry (LC
-
MS/MS), and

3)
Investigate

the interactions between CgA and the
proteins identified, through GST
-
pull down and co
-
immunoprecipitation techniques.
Elucidation of the
function of CgA and its partners during neuroendocrine
differentiation may a
llow targeting their interactions as a
therapeutic strategy for pathologies associated with
disregulated hormone secretion, such as
neuroendocrine tumors.


sécrétion hormonale, telles q
ue les tumeurs
neuroendocrines.


Le candidat devra posséder une solide formation dans
les domaines de la biologie/physiologie cellul
aire
appliquée aux neurosciences. Le candidat doit maîtriser
les techniques de Western
-
blot, d’immunocytochimie,
de culture de lignées cellulaires, de fractionnement
subcellulaire et devra utiliser les méthodes d’analyses
par microscopie confocale, vidéo
-
m
icroscopie et
microscopie à onde évanescente. Des connaissances
en protéomique représenteront un avantage.


The applicant must have a solid training in cell
biology/physiology and neurosciences. The applicant
should have expertise for Western
-
blotting,
imm
unocytochemistry, culturing of tumoral cells,
subcellular fractionation, confocal microscope analysis,
time
-
lapse microscopy, and TIRF microscopy.
Knowledge in proteomics will be an advantage.


UFR des Sciences et des Techniques

Université de Rouen

Place

Emile Blondel ; Bâtiment Principal

76821 Mont
-
Saint
-
Aignan cedex

Courriel

:
youssef.anouar@univ
-
rouen.fr

Tél.

: 0235146661




Unité de recherche d’accueil

ADEN «

Nutrition et inflammation intestinale

»

EA4311

Sujet de thèse

Evaluation du profil de
protéines ubiquitinées au cours
de l’inflammation intestinale

Evaluation of ubiquitinated
proteins during intestinal
inflammation.




Les travaux du groupe ADEN (EA4311 «

Nutrition et
Inflammation intestinale

»), intégré à l’IFR MP 23, sont
focalisés sur les troubles du comportement aliment
aire,
le syndrome de l’intestin irritable (SII) et les maladies
inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI),
pathologies qui ont en commun l’inflammation
intestinale, le dysfonctionnement de l’axe intestin
-
cerveau et offrent des opportunités de thérapeu
tiques
innovantes (pharmaconutrition, neurostimulation).
L’approche physiopathologique et thérapeutique est
menée depuis le niveau moléculaire jusqu’à l’évaluation
clinique. Cette démarche intégrée est rendue possible
par les compétences multidisciplinaire
s des chercheurs
et les outils du groupe ADEN, sur le site de la Faculté et
dans les services hospitaliers impliqués

Le syndrome de l’intestin irritable (SII) et les maladies
inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI) qui
incluent la maladie de Crohn (
MC) et la rectocolite
hémorragique mettent en jeu une dérégulation de la
réponse immuno
-
inflammatoire au niveau de la
muqueuse intestinale. Ces différentes pathologies
représentent des problèmes de santé publique touchant
une population importante (5% pour

les MICI, 10
-
15%
pour le SII), et nécessitent des progrès
physiopathologiques et thérapeutiques.

Le système protéolytique Ubiquitine
-
protéasome est
impliqué dans la régulation de nombreux processus
cellulaires, comme le cycle cellulaire, la réponse
infla
mmatoire ou l’apoptose. L’activité protéolytique du
protéasome implique deux étapes majeures

:
l’ubiquitination de protéines, qui cible les protéines à
dégrader, puis la dégradation de ces protéines
ubiquitinées par le protéasome 26S. Des études
récentes s
uggèrent que des modifications de la
protéolyse liée au protéasome seraient impliquées dans
la physiopathologie de la MC et du SII mais le profil de
protéines ubiquitinées au cours de l’inflammation
intestinale n’a pas été étudié.

L’objectif de ce projet e
st donc de caractériser le profil
des protéines ubiquitinées au cours d’une inflammation
intestinale et de le comparer à celui observé dans
l’intestin sain. Cette approche sera réalisée sur des
lignées de cellules épithéliales intestinales, Caco
-
2 et
HCT
-
8
, dans des modèles animaux de SII et de MC
puis sur des prélèvements intestinaux de patients.
L’étude du profil des protéines ubiquitinées sera
réalisée par analyse protéomique combinée à des
immunoblots.

Ce projet devrait permettre de mieux comprendre le

rôle
du système ubiquitine
-
protéasome dans la
physiopathologie du SII et de la MC et ouvrir de
nouvelles perspectives en termes de ciblage
thérapeutique.

The research topics of our group, integrated to the
IFRMP, are mainly dedicated to the study of eatin
g
disorders, irritable bowel syndrome (IBS) and
inflammatory bowel diseases (IBD). These pathologies
share common features of intestinal inflammation and
dysregulation of the gut
-
brain axis and offer great
opportunities for innovative therapeutic strategie
s
(immunonutrition, neurostimulation). Our investigations
explore the underlying mechanisms of these diseases
from the molecular level to clinical trials. This broad
range of research from the bench to the bedside is the
result of our research strategy tha
t brings together basic
and clinical sciences, in a tight collaboration between
laboratory scientists and health professionals.

Irritable bowel syndrome (IBS) and Inflammatory bowel
diseases (IBD) including Crohn’s disease (CD) and
ulcerative colitis are c
haracterized by a dysregulation of
the intestinal immune
-
inflammatory response. These
diseases are of major health concern because of their
high prevalence (5% for IBD, 10
-
15% for IBS), and new
pathogenic and therapeutics advances are needed.

The Ubiquitin
-
proteasome system is involved in the
regulation of several cellular pathways including cell
cycle, inflammatory response or apoptosis. Protein
degradation by the ubiquitin
-
proteasome system
involves two steps: ubiquitinylation of the targeted
proteins to
be degraded followed by the degradation of
these ubiquitinylated proteins by the proteasome.
Recent studies suggest that proteasome
-
mediated
protein degradation is implicated during the
inflammatory response observed in patients with CD or
IBS. However, un
til now, the pattern of ubiquitinated
proteins during gut inflammation has not been reported.

Thus, the aim of this project will be to compare the
pattern of ubiquitinylated proteins in inflammatory states
as compared to healthy intestine. This project wi
ll be
performed in intestinal epithelial cell lines Caco
-
2 and
HCT
-
8, in IBS
-
like and CD
-
like animal models and
finally in samples obtained from CD and IBS patients.
The pattern of ubiquitinylated proteins will be studied by
the combination of proteomic an
alysis and immunoblots.
This project should contribute to a better knowledge of
the importance of the ubiquitine
-
proteasome system in
the regulation of gut inflammation and open new
targeted therapeutic perspectives.

Le candidat devra posséder une solide
formation dans
les domaines de la biologie/physiologie cellulaires
The applicant must have a solid training in cell
biology/physiology in the context of inflammation. The
appliqués à l’inflammation. Le candidat doit maîtriser ou
avoir des notions des techniques de culture cellulaire,
d’analyses classiques (westernblot, ELISA) et si
possible des bases en anal
yse protéomique.

applicant should have some previous knowledge of cell
culture and standard techniques (westernblot, ELISA),
and if possible some basic
experience in proteomic
analyses.

Faculté de Médecine
-
Pharmacie, 22 boulevard Gambetta, 76183 ROUEN cedex

Courriel

: moise.coeffier@univ
-
rouen.fr

Tél.

: 02 35 14 82 45