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yokeenchantingΒιοτεχνολογία

29 Σεπ 2013 (πριν από 3 χρόνια και 11 μήνες)

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Analyse
critique de
Tablet
Introduction
I.Du point de
vue
administrateur
II.Du point de
vue
developpeur
III.Du point de
vue utilisateur
Conclusion
Analyse critique de Tablet
Marianne Dussart { Yoann Mouscaz
Louise-Amelie Schmitt
Universites Bordeaux 1 et 2
2 fevrier 2011
M2 Bioinformatique 2010-2011
Analyse critique de Tablet
2 fevrier 2011 1/19
Analyse
critique de
Tablet
Introduction
I.Du point de
vue
administrateur
II.Du point de
vue
developpeur
III.Du point de
vue utilisateur
Conclusion
Sommaire
Introduction
I.Du point de vue administrateur
II.Du point de vue developpeur
III.Du point de vue utilisateur
Conclusion
M2 Bioinformatique 2010-2011
Analyse critique de Tablet
2 fevrier 2011 2/19
Analyse
critique de
Tablet
Introduction
I.Du point de
vue
administrateur
II.Du point de
vue
developpeur
III.Du point de
vue utilisateur
Conclusion
Introduction
I
Sequencage nouvelle generation:Etude de plusieurs
contigs.
I
Nombreux formats d'entrees:ACE,SAM,BAM,...
I
User-friendly
Developpeurs:SCRI Plant Bioinformatics group
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Analyse critique de Tablet
2 fevrier 2011 3/19
Analyse
critique de
Tablet
Introduction
I.Du point de
vue
administrateur
II.Du point de
vue
developpeur
III.Du point de
vue utilisateur
Conclusion
Installation
Les dierentes plateformes
I
Linux
I
Mac OS X
I
Windows
I
Solaris
I
Version Web
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Analyse critique de Tablet
2 fevrier 2011 4/19
Analyse
critique de
Tablet
Introduction
I.Du point de
vue
administrateur
II.Du point de
vue
developpeur
III.Du point de
vue utilisateur
Conclusion
Maintenance
I
Mise en service:7 septembre 2009
I
Mise a jour:automatisee
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Analyse critique de Tablet
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Analyse
critique de
Tablet
Introduction
I.Du point de
vue
administrateur
II.Du point de
vue
developpeur
III.Du point de
vue utilisateur
Conclusion
SCRI Plant Bioinformatics group
2 objectifs
I
fournir un support
I
developper
Iain Milne,Micha Bayer,Linda Cardle,Paul Shaw,
Gordon Stephen and David Marshall
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Analyse critique de Tablet
2 fevrier 2011 6/19
Analyse
critique de
Tablet
Introduction
I.Du point de
vue
administrateur
II.Du point de
vue
developpeur
III.Du point de
vue utilisateur
Conclusion
Le logiciel-1
I
Developpe sous windows 7
I
Test regulier sur les autres plateformes
Licences
I
Sun Microsystems,Inc.Binary Code Licence Agreement
I
version modiee de la BSD Licence
I
Copyright
c
2009-2010,Plant Bioinformatics Group,
SCRI.
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Analyse critique de Tablet
2 fevrier 2011 7/19
Analyse
critique de
Tablet
Introduction
I.Du point de
vue
administrateur
II.Du point de
vue
developpeur
III.Du point de
vue utilisateur
Conclusion
Le logiciel-2
Politique de condentialite
Pour chaque lancement du logiciel:
I
Recuperation de l'adresse IP
I
Localisation de l'utilisateur
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Analyse critique de Tablet
2 fevrier 2011 8/19
Analyse
critique de
Tablet
Introduction
I.Du point de
vue
administrateur
II.Du point de
vue
developpeur
III.Du point de
vue utilisateur
Conclusion
Prise en main
I
relativement aisee
I
utilisation intuitive
I
visualisation travaillee
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Analyse critique de Tablet
2 fevrier 2011 9/19
Analyse
critique de
Tablet
Introduction
I.Du point de
vue
administrateur
II.Du point de
vue
developpeur
III.Du point de
vue utilisateur
Conclusion
Avantages et Inconvenients
Avantages
I
prise en main intuitive
I
automatisation des mises a jours
I
mises a jour regulieres
I
prise en charge de sequences ignoree dans d'autres softs
I
convertion multiple de formats
Inconvenients
I
impossible d'aligner de plusieurs contigs
I
pas cite abondamment dans les articles
I
infobulle de taille xe
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Analyse critique de Tablet
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Analyse
critique de
Tablet
Introduction
I.Du point de
vue
administrateur
II.Du point de
vue
developpeur
III.Du point de
vue utilisateur
Conclusion
Communaute
I
presence dans de nombreux forums
I
reponse rapide
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2 fevrier 2011 11/19
Analyse
critique de
Tablet
Introduction
I.Du point de
vue
administrateur
II.Du point de
vue
developpeur
III.Du point de
vue utilisateur
Conclusion
Exemple d'utilisation
Interface d'accueil du logiciel Tablet
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Analyse
critique de
Tablet
Introduction
I.Du point de
vue
administrateur
II.Du point de
vue
developpeur
III.Du point de
vue utilisateur
Conclusion
Exemple d'utilisation
Vue nucleotide classique
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Analyse
critique de
Tablet
Introduction
I.Du point de
vue
administrateur
II.Du point de
vue
developpeur
III.Du point de
vue utilisateur
Conclusion
Exemple d'utilisation
Detection des insertions/deletions
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2 fevrier 2011 14/19
Analyse
critique de
Tablet
Introduction
I.Du point de
vue
administrateur
II.Du point de
vue
developpeur
III.Du point de
vue utilisateur
Conclusion
Exemple d'utilisation
Vue coverage (profondeur)
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2 fevrier 2011 15/19
Analyse
critique de
Tablet
Introduction
I.Du point de
vue
administrateur
II.Du point de
vue
developpeur
III.Du point de
vue utilisateur
Conclusion
Exemple d'utilisation
Vue scaled (profondeur)
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Analyse critique de Tablet
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Analyse
critique de
Tablet
Introduction
I.Du point de
vue
administrateur
II.Du point de
vue
developpeur
III.Du point de
vue utilisateur
Conclusion
Comparaison IGV
Integrative Genomics Viewer
I
outil de visualisation de haute performance
I
grande variete de types de donnees
I
cite regulierement
I
connecte avec une banque de donnees
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Analyse critique de Tablet
2 fevrier 2011 17/19
Analyse
critique de
Tablet
Introduction
I.Du point de
vue
administrateur
II.Du point de
vue
developpeur
III.Du point de
vue utilisateur
Conclusion
Conclusion
I
distinction:performances,ergonomie,richesse
I
reproche:code source,politique de condentialite
I
equipe:tres active et reactive
I
robustesse:connection Internet non necessaire au
lancement
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Analyse critique de Tablet
2 fevrier 2011 18/19
Analyse
critique de
Tablet
Introduction
I.Du point de
vue
administrateur
II.Du point de
vue
developpeur
III.Du point de
vue utilisateur
Conclusion
Merci pour votre attention
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