Plateforme Biostatistique PUBLICATIONS IntegrOmics : librairie R ...

peaceevenΒιοτεχνολογία

4 Οκτ 2013 (πριν από 3 χρόνια και 8 μήνες)

104 εμφανίσεις



Plateforme Biostatistique
PUBLICATIONS
Méthodologie


Gonz
á
lez, I., Déjean, S., Martin
, P.,
Gonçalves, O., Besse, P., Baccini, A.
(2008). Highlighting Relationships Between Heteregeneous Biological Data Through
Graphical Displays Based On Regularized Canonical Correlation Analysis -
Journal of Biological Systems
, 17(2), 173-199.


Lê Cao K.-A., Martin P.G.P, Robert-Granié C. and Besse, P.
(2009) Sparse Canonical Methods for Biological Data Integration: application to a cross-platform study.
BMC
Bioinformatics
10:34.


Lê Cao K.-A., Rossouw D., Robert-Granié C. and Besse P.
(2008) A Sparse PLS for Variable Selection when Integrating Omics data.
Statistical Applications in Genetics
and Molecular Biology
7(1), Article 35.
Logiciel


Lê Cao K.-A., González, I. & Déjean, S.
(2009) integrOmics: an R package to unravel relationships between two omics data sets
Bioinformatics
,
doi:10.1093/bioinformatics/btp515


Gonz
á
lez, I., Déjean, S., Martin
, P., Baccini, A.
(2008). CCA: An R package to extend canonical correlation analysis -
Journal of Statistical Software
, 23(12)
Applications


Yergeau E., Schoondermark-Stolk S.A., Brodie E.L., Déjean S., DeSantis T.Z., Gonçalves O., Piceno Y.M., Andersen G.L. and Kowalchuk G.A.
(2009)
Environmental microarray analyses of Antarctic soil microbial communities.
The International Society for Microbial Ecology Journal
3(3), 340-351


Combes S., González I., Déjean S., Baccini A., Jehl N., Juin H., Cauquil L., Gabinaud B., Lebas F. and Larzul C.
(2008) Relationships between sensorial and
physicochemical measurements in meat of rabbit from three different breeding systems using canonical correlation analysis.
Meat Science
3, 835-841
IntegrOmics
: librairie R pour la recherche de
relations entre 2 jeux de données « omiques »


Disponibilité :
« open source »,

cran.r-project.org/web/packages/integrOmics



Méthodologies :
extensions de l'analyse canonique et de la régression PLS



Avantages :
représentations graphiques variées des relations existantes entre
deux jeux de données transcriptomiques, protéomiques,
phénotypiques...

math.univ-toulouse.fr/biostat
Représentation
« classique »
des variables
avec cercle des
corrélations
Réseaux de
corrélations entre
variables de
chaque groupe
Vue 3D des
premières
variables latentes
« Heatmap »
produite à partir
des corrélations
les plus élevées
entre variables