Collaboration française à Egee pour la grippe aviaire - IN2P3

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4 Οκτ 2013 (πριν από 3 χρόνια και 9 μήνες)

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EGEE-II is a project funded by the European Commission - contract number INFSO-RI-031688

Grippe aviaire

Anticiper les risques de pandémie, identifier les médicaments potentiels
les mieux adaptés aux mutations éventuelles du virus de la grippe
aviaire, tels sont les objectifs du deuxième déploiement à très grande
échelle de calculs de biochimie sur grille informatique qui ont démarré
depuis deux semaines sur les grilles informatiques des projets
Auvergrid et EGEE.

Les grilles informatiques constituent la méthode la plus rapide et la
moins coûteuse pour sélectionner des médicaments potentiels pouvant
être synthétisés par l’industrie chimique. La preuve en a été donnée par
une première initiative lancée par une collaboration de laboratoires
européens et asiatiques au printemps 2006 dont le but était de trouver
de nouvelles molécules pouvant inhiber l’action d’une enzyme à la
surface du virus responsable de la grippe aviaire, la neuraminidase de
type N1, et d’étudier l’impact des mutations de cette enzyme sur
l’efficacité des médicaments actuels.

Cette enzyme qui aide le virus à proliférer et à infecter d’autres cellules,
est connue pour subir des mutations sous la pression des
médicaments, ce qui pose le problème du développement de résistance
en cas de pandémie.

L’objectif des recherches in silico est d’identifier les molécules qui
peuvent s’accrocher sur les sites actifs du virus pour l’empêcher d’agir.
Pour étudier l’impact de petites mutations sur l’efficacité des
médicaments, un grand nombre de molécules sont testées sur des
structures légèrement modifiées de la neuraminidase N1. Les résultats
obtenus permettent de déterminer quelles molécules vont s’accrocher
aussi efficacement sur les neuraminidases modifiées.

C’est ainsi que 300.000 molécules ont été testées au printemps 2006.
Ces tests ont montré que certaines mutations affectent
considérablement l’efficacité des médicaments actuels comme le
Tamiflu. Environ 200 parmi ces 300.000 molécules ont été
sélectionnées pour leur activité potentielle comme médicament et font
l’objet de tests approfondis en Corée.

En parallèle, ce sont plus de 500.000 autres molécules issues de
bibliothèques asiatiques qui font l’objet d’une nouvelle étude à grande
échelle sur la grille depuis le 15 septembre 2007. Cette fois, le travail se
concentre sur les mutations qui ont le plus d’impact.

Cette entreprise mobilise de nombreux partenaires en Europe et en
Asie. Les ingénieurs de l’Institut des Grilles et de l’IN2P3 du CNRS au
Laboratoire de Physique Corpusculaire de Clermont-Ferrand
coordonnent la plupart des déploiements sur la grille EGEE et la grille
régionale Auvergrid en s’appuyant sur le savoir-faire acquis au cours
des deux dernières dans le précédent déploiement sur la grippe aviaire


EGEE-II is a project funded by the European Commission - contract number INFSO-RI-031688

et dans le cadre de l’initiative WISDOM de recherche de nouveaux
médicaments contre la malaria.

Ce projet s’incrit dans une collaboration entre les laboratoires suivants :
Genomics Research Center, Academia Sinica, Taiwan; Academia
Sinica Grid Computing Team, Taiwan; National Grid, Singapore; Korea
Institute of Science and Technology Information, Korea; Corpuscular
Physics Laboratory of Clermont-Ferrand, CNRS/IN2P3, France;
Institute for Biomedical Technologies, CNR, Italy, Shanghai Institute of
Materia Medica, China, in collaboration with the EGEE project, the
AuverGrid regional grid in Auvergne, EUChinaGRID and TWGrid
infrastructures. This work was also supported by the EMBRACE
network of excellence and the BioInfoGrid project.


Note to Editors:

1. To speed-up and reduce the cost to develop new drugs, researchers
use in silico docking algorithms to compute the probability that
potential drugs will dock with a target protein. In silico drug screening
can thus accelerate the discovery of novel potent inhibitors by
minimising the non-productive trial-and-error approach in a
laboratory.
2. For more information on the drug discovery application against the
avian flu virus, please contact Ying-Ta Wu (GRC, Academia Sinica),
email: ywu@gate.sinica.edu.tw
3. For more information about WISDOM (wide in silico docking against
malaria), please visit: http://wisdom.eu-egee.fr/
or contact Vincent
Breton (CNRS/IN2P3), email: breton@clermont.in2p3.fr
.
4. For more information about the end-user environment for large-scale
drug analysis, please visit:
http://www.twgrid.org/Application/Bioinformatics/AvainFlu-GAP
or
contact Hurng-Chun Lee (ASGC), email: hclee@twgrid.org
5. For more information about the Enabling Grids for E-sciencE
(EGEE) project please see http://www.eu-egee.org/
or contact Sarah
Nolan (CERN), EGEE External Relations Officer, telephone: +41 22
767 4176 or email: hannelore.hammerle@cern.ch
6. For more information on the Corpuscular Physics Laboratory of
Clermont-Ferrand, CNRS/IN2P3 please see http://clrwww.in2p3.fr/

7. For more information on the Genomics Research Center of
Academia Sinica, Taiwan, please see
http://www.genomics.sinica.edu.tw/

8. For more information on the Academia Sinica Grid Computing Team
(ASGC), Taiwan, please see http://www.twgrid.org/

9. For more information on the Institute for Biomedical Technologies,
CNR, Italy, please see http://www.itb.cnr.it/

10. For more information on the AuverGrid please see
http://www.auvergrid.fr/

11. For more information on EMBRACE, please see
http://www.embracegrid.info



EGEE-II is a project funded by the European Commission - contract number INFSO-RI-031688

12. For more information on the Bioinformatics Grid Application for life
science (BioinfoGRID) project, please see
http://www.itb.cnr.it/bioinfogrid