Evaluation globale de bases de données dédiées aux puces ...

odecalmΛογισμικό & κατασκευή λογ/κού

2 Ιουλ 2012 (πριν από 4 χρόνια και 11 μήνες)

261 εμφανίσεις

Evaluation globale de bases de données dédiées aux puces à ADN
Contact : Sophie Lemoine (
slemoine@biologie.ens.fr
)
BASE



GeneTraffic



Resolver et
Luminator



SMD



ArrayDB



ARGUS



Type de données
d'expression

Tous les types
Tous les types
Tous les types
ADNc
Tous les types
Tous les types
Limitation
d'espèce

Non
Non
Non
S.cerevisiae, C.elegans,
E.coli, H.sapiens,
A.thaliana,
D.melaNongaster
Non
Non
Disponibilité du
schema

Oui
Non
Non
Oui
Oui
Non
Disponibilité du
software

Gratuit
Produit
commercial
Produit
commercial
Gratuit pour les
academiques
Gratuit pour les
academiques
Gratuit pour les
academiques
Stockage des
données brutes

Oui
Oui
Oui
Oui
Oui
Oui
Stockage des
données
analysées
Oui
Non en 2001
?
En cours
?
?
Stockage des
images
Oui
Oui
Oui
Oui (TIFF et GIF)
Oui
Oui
Stockage des
données
expérimentales

Oui
Oui
?
Oui
Oui
Non
Stockage des
données de
l'echantillon

Oui
Oui
?
Oui
Oui
Non
Suivi de MIAME

Oui
Oui
Non in 2002
Oui dans des
développement futurs
Non
Non
Liens aux bases
de données
plubliques

Oui
Oui
Poor
Unigene
Oui
Unigene
Outils

Visualisation et outils
d'analyse
Outils de clustering
Clustering,
pathway viewer
Xcluster et Treeview
Oui
Non
OS

Linux
Linux
Linux
Sun Solaris, Linux
Linux
Windows NT,
ME, 2000
SGBD*

MySQL, PostgreSQL
PostgreSQL
Oracle
Oracle 8.0.6
Sybase
MS SQL server
Serveur
Apache
Apache
?
Oracle Server
?
Microsoft web
server
API

Web
Web
?
web
web
web
Langages

Php, java, javascript,
C++, Perl, R
R
java
Perl, C
Java, Perl
Visual basic
format d'échange
utilisé
BaseFile
?
GEML
compatible avec
MAGE-ML
?
?
?
futur format
d'échange
MAGE-ML
MAGE-ML
MAGE-ML
?
?
format d'entrée
fichier plat
QuantArray,
GenePix,
ScanAnalyse,
Affymetrix
GeneChip
microarray data
GEML ou fichier
plat
Genepix et Scanalyze
?
Pathways 3.0
format de sortie

GeneSpring via ODBC,
MAGE-ML, BaseFile
?
GEML ou fichier
plat
HTML, texte
?
?
Publication

Lao H. Saal et
al
BioArray Software
Environment: A Platform
for Comprehensive
Management et Analysis
of Microarray Data
Genome Biology
2002
3
(8): software0003.1-
0003.6
Gollub J et
al
The
Stanford Microarray
Database: data access et
quality assessment
Outils.
Nucleic Acids Res
2003 Jan 1;
3
1(1)
:94-6
Ermolaeva O et
al
Data management et
analysis for gene
expression arrays.Nat
Genet. 1998 Sep;20
(1):19-23
J ason
Comander et
al
.
Argus - A new
database system
for web-based
analysis of
multiple
microarray
datasets.Genom
e Research 2001
11(9):1603-1610
Contact : Sophie Lemoine (
slemoine@biologie.ens.fr
)
Acuity
AMAD



NOMAD



GeNet
ArrayExpress



Gene X Lite



Type de données
d'expression
ADNc
ADNc
ADNc
Tous types de données
Tous types de
données
Tous types de
données
Limitation
d'espèce

Non
?
?
Non
Non
Non
Disponibilité du
schéma

Non
Non
?
Non
Oui (MAGE-OM)
Oui
Disponibilité du
software
Produit commercial
Gratuit pour les
academiques
Gratuit pour les
academiques
Produit commercial
Gratuit, entrepot de
données
Gratuit
Stockage des
données brutes

Oui
Oui
Oui
Oui
Oui
Oui
Stockage des
données
analysées

Oui
?
?
Oui
Oui
?
Stockage des
images
Oui (JPEG)
Non
Non
Oui
Oui
?
Stockage des
données
expérimentales

Oui
Non
Non
Oui
Oui
Oui
Stockage des
données de
l'echantillon

Oui
Non
Non
Oui
Oui
Oui
Suivi de MIAME

Non
Non
Non
Oui
Oui
Oui
Liens aux bases
de données
publiques

Oui
Non
?
GeneSpring
Non
Oui
Outils

Oui
Cluster et
Treeview
?
?
Expression Profiler
TIGR Outils
OS

Windows 2000 ou XP ou
NT
Linux, Windows,
Mac OS X
Linux, Windows,
Mac OS X
Windows
Unix
Linux, Sun
Solaris, Mac OS
X, Windows
SGBD

MS SQL server Gratuit
Aucun, fichier plat
Mysql
Oracle et fichier plat
Oracle
PostgreSQL,
Oracle
Serveur

MS web Serveur
Aucun
Apache
apache
Oracle Server
Apache
API

web
Web
web
?
web
Langages

Visual basic
Perl, javascript
Perl, java,
javascript
Java
Perl, javascript
JAVA
format d'échange
utilisé

?
?
?
?
MAGEML
?
futur format
d'échange
MAGE-ML
XML
XML
?
?
format d'entrée

*.gpr et fichier plat
Genepix,
scanalyze
GenePix
Genespring
MIAMEexpress
?
format de sortie

PDF, AVI
fichier plat
fichier plat
?
MAGE-ML
fichier plat, XML,
HTML
Publication

ArrayExpress a public
repository for
microarray gene
expression data at
the EBI. A. Brazma et
al Nucleic Acids
Research, 2003, 31:
68-71
Contact : Sophie Lemoine (
slemoine@biologie.ens.fr
)
Maxd



READ



HugeIndex



RAD



MAPS

GEO
Type de données
d'expression

Tous types de données
Collection RIKEN
Affymetrix
Tous types de données
et SAGE
ADNc
Tous types de
données et
SAGE
Limitation
d'espèce

Non
Mus musculus
Non
Non
?
Non
Disponibilité du
schéma

Oui
Non
Oui
Oui
Non
?
Disponibilité du
software

Gratuit
Non
entrepot de
données
Gratuit, entrepot de
données
Gratuit pour les
academiques
entrepot de
données
Stockage des
données brutes

Oui
Non
Oui
Oui
Oui
Oui
Stockage des
données
analysées
Oui
?
Non
?
Non
Non
Stockage des
images

Oui
?
Non
Liens sur les images Tiff
?
Non
Stockage des
données
expérimentales

Oui
Non
Oui
Oui
Oui
Oui (texte)
Stockage des
données de
l'echantillon

Oui
Non
Oui
Oui
Oui
Oui (texte)
Suivi de MIAME

En cours
Non
Prévu
Oui
Non
Oui
Liens aux bases
de données
publiques

?
FANTOM
Oui
Plate-forme GUS
Oui
NCBI, genbank
Outils

MaxdView
RINGENE
GeneChip
Non
Non
Outils NCBI
OS

Solaris, Linux, Windows
98
Linux
?
Solaris
Windows
Non
SGBD

Oracle, MySQL,
PostgreSQL, Interbase
PostgreSQL
PostgreSQL
Oracle 8i et Sybase
11.9.2
Access
?
Serveur

JDBC server
Apache
?
?
IIs web server
?
API

JDBC client
web
web
web
web
web
Langages

Java
Perl, BioPerl, php,
Shell
Java, Perl
Perl, PerlCGI et Java
Servlet
Coldfusion, javascript
?
format d'échange
utilisé

MaxdML, MAGE-ML,
Text files
Flat-file format
fichier plat
?
HTML
?
futur format
d'échange
?
MAGE-ML
?
?
format d'entrée
MaxdML, fichier texte
scanalyze/PRIM,
fichier plat
Affymetrix
web
web
web, fichier plat
format de sortie

MaxdML, MAGE-ML
Flat-file format
fichier plat
MAGE-ML
HTML
GeoXML
Publication

BoNon H et
al
READ: RIKEN
Expression Array
Database Nucleic
Acids Research
30, 211-213 (2002)
Peter M. Haverty
et
al
HugeIndex:
a database with
visualization
Outils for high-
density
oligonucleotide
array data from
Nonrmal human
tissues Nucl.
Acids. Res. 2002
30: 214-217
Bushel PR et
al
MAPS: A MicroArray
Project System for
Gene Expression
Experiment
Information et Data
Validation. 2001.
Bioinformatics 17,
564-565
Ron Edgar et
al
Gene Expression
Omnibus: NCBI
gene expression
et hybridization
array entrepot de
données Nucleic
Acids Res. 2002
January 1; 30
(1): 207-210
Contact : Sophie Lemoine (
slemoine@biologie.ens.fr
)
Mchips
ExpressDB
LIMas

Partisan Array LIMS

Genedirector 2



Type de données
d'expression
Tous types de données
Affymetrix, SAGE
avec des
protocoles définis
Tous types de
données
Tous types de données
Tous types de
données
Limitation
d'espèce

Non
S. cerevisiae et E.
coli
Non
Non
Non
Disponibilité du
schéma

Oui
Oui
Oui
?
Non
Disponibilité du
software

entrepot de données
Gratuit pour les
academiques
Gratuit pour les
academiques
Produit commercial
Produit commercial
Stockage des
données brutes

Oui
Oui
Oui
Oui
Oui
Stockage des
données
analysées
Oui
?
Non
Oui
Oui
Stockage des
images
Non
Non
Liens sur les
images Tiff
Oui
Oui
Stockage des
données
expérimentales

Oui
Non
Oui
Oui
Oui
Stockage des
données de
l'echantillon

Oui
Non
Oui
Oui
Oui
Suivi de MIAME

Oui
Non
Oui
Oui
?
Liens aux bases
de données
plubliques

Oui
?
Non
Oui
Oui
Outils

Analyse et normalisation
Clustering
?
?
Clonetracker,
Imagene,GeneSight
OS

Solaris
Unix
Windows
Windows
Windows 2000
SGBD

PostgreSQL
Sybase
MySQL, Sybase
et Oracle
Oracle 8i, Sybase
Oracle
Serveur

?
?
?
?
?
API

web
web
package Java
Web
?
Langages

C, Perl, matlab
perl
Java
?
?
format d'échange
utilisé

format texte
fichier tabulé
?
PaXML
?
futur format
d'échange
?
?
?
MAGE-ML
?
format d'entrée

web
fichier tabulé à
deux dimensions
fichier plat
Iconoclust, Aida,
Quantarray, Imagene,
Affymetrix MAS, GAL file,
fichier plat
Compatible avec la
plupart des
fournisseurs les plus
courant de puces y
compris affymetrix
(GeneChip )
format de sortie

format texte
fichier tabulé à
deux dimensions
?
fichier plat, GAL file
?
Publication

Fellenberg K et
al
Microarray data
warehouse allowing for
inclusion of experiment
annotations in statistical
analysis.
Bioinformatics. 2002
Mar;18(3):423-33
Aach J et
al
Systematic
management et
analysis of yeast
gene expression
data.
Genome Res.
2000 Apr;10(4):
431-45
Contact : Sophie Lemoine (
slemoine@biologie.ens.fr
)