master m2 nutrition & sciences des aliments - Université Blaise Pascal

cakefloatΒιοτεχνολογία

19 Φεβ 2013 (πριν από 4 χρόνια και 6 μήνες)

212 εμφανίσεις

7
Rôle de la capsule dans la formation de
biofilm par Staphylococcus xylosus
R. Talon,
S. Leroy 04 73 62 41 70 ou 45 95
talon@clermont.inra.fr
sleroy@clermont.inra.fr
E. Forano
8
Stratégies de lutte contre les
moisissures indésirables dans la filière
saucisson sec
C. Larroche 04.73.40.74.29
Christian. larroche@univ-bpclermont.fr
C.G. Dussap
9
Etude de l’expression de marqueurs de
tendreté de la viande bovine : influence
de l’âge et de la race
B. Picard,
I. Cassar-Malek
04 73 62 46 57 Fax 04 73 62 46 39
Courriel :
cassar@clermont.inra.fr
picard@clermont.inra.fr
J.F. Hocquette
10
Bénéfices et risques associés aux
bactéries à Gram négatif au sein des
communautés microbiennes des
fromages
C. DELBES 04 71 45 64 19,
cdelbes@clermont.inra.fr
M.C. Montel
Pour plus d’informations, s’adresser à :
Secrétariat Master M2 Nutrition et Sciences des Aliments
Irène Faria
Unité de Nutrition Humaine - 58, rue Montalembert- BP 321
63009 CLERMONT-FERRAND Cedex 1, France
Tél. : 33 (0)4.73.60.82.50 - Fax : 33 (0)4 73 60 82 55
e-mail :ifaria @clermont.inra.fr
ou à
Jean–Bernard Gros
Tél. : 33 (0)4.73.4.74.30
J-Bernard.Gros@univ-bpclermont.fr
PROPOSITION DE STAGE DE MASTER M2 NUTRITION ET SCIENCES DES
ALIMENTS

SPECIALITE : SCIENCES DES ALIMENTS
ANNƜE 2009-2010


Titre du stage
: Analyse et suivi des composés aromatiques générés lors de l’affinage
d’un fromage placé dans un microenvironnement gazeux contrôlé.
___________________________________________________________________________
Laboratoire d’accueil
: UR370 Qualité des produits Animaux (QuaPA) – Centre INRA
de Clermont-Ferrand/Theix
Directeur du laboratoire : Jean-Pierre RENOU
Directeur du stage et coordonnées précises :
(Téléphone. et mail notamment) :
Dr Pierre-Sylvain MIRADE, INRA-Theix, QuaPA-C2T, 63122 St Genès Champanelle
Tél : +33 (0)473624592 // Fax : +33(0)473624089 // Courriel : mirade@clermont.inra.fr)
(Stage en collaboration avec Jean-Louis BERDAGUE - QuaPA) ___________________________________________________________________________
Stage proposé
:
Un micro-bioréacteur d’affinage de fromages a été conçu, développé et testé dans le cas de
fromages de type petit Saint-Nectaire. Ce micro-bioréacteur permet de réaliser des
affinages en conditions de vitesse, de température et d’humidité relative de l’air
parfaitement connues et maîtrisées, et de tester ensuite la qualité des fromages produits. Le
travail de l‘étudiant(e) consistera à réaliser des affinages dans des conditions différentes
(différentes technologies fromagères ou/et changement des conditions du
microenvironnement d’affinage), à les suivre et à analyser les composés aromatiques
formés à différents stades de l’affinage, aussi bien dans la pâte que dans l’atmosphère
environnant le fromage. Le but final étant de trouver des marqueurs de « bon affinage »
en vue, par exemple, d’un pilotage plus « intelligent » des caves.
___________________________________________________________________________
Travaux du laboratoire
:
(maximum 4 références)
Mirade P.S. (2008). Computational fluid dynamics (CFD) modelling applied to the ripening
process of fermented food products: basics and advance. Trends in Food Science and
Technology 19, 472-481.
Berdagué J.L., Tournayre P., Cambou S. (2007) Novel multi-gas chromatography-
olfactometry device and software for the identification of odour-active compounds.
Journal of Chromatography A, 1146, 85-92.
Hélias A., Mirade P.S., Corrieu G. (2007) Modeling of Camembert-type cheese mass loss in a
ripening chamber: main biological and physical phenomena. Journal of Dairy Science
90, 5324-5333.
Techniques utilisées
:
Mesures de paramètres climatiques (vitesse, température et humidité relative), analyseur
d’atmosphères gazeuses, chromatographie phase gazeuse, olfactométrie, outils informatiques
de traitement des données.
PROPOSITION DE STAGE DE MASTER M2 NUTRITION ET SCIENCES DES
ALIMENTS

SPECIALITE : SCIENCES DES ALIMENTS
ANNƜE 2009-2010

Titre du stage
: Valorisation d’acides gras volatils par production de SCO (lipides
microbiens) utilisables comme biodiesel. ___________________________________________________________________________
Laboratoire d’accueil
: Laboratoire de Génie Chimique et Biochimique
24 Avenue des Landais Bât. PolytechBP 206 – 63174 AUBIERE Cedex

Directeur du laboratoire : C.G. DUSSAP
Directeur du stage et coordonnées précises : Pierre FONTANILLE (LGCB)
(Téléphone. et mail notamment) :04-73-40-74-27
Pierre.fontanille@univ-bpclermont.fr ___________________________________________________________________________
Stage proposé
:
Ce stage s’inscrit dans le projet ANR "AnaBio-H2" qui vise à la mise en place d’un outil
à l’échelle du laboratoire permettant de quantifier et d’optimiser les capacités de
production d’hydrogène d’une biomasse microbienne. Le travail envisagé comprend
l’isolement et la caractérisation de microorganismes anaérobies mésophiles organisés en
consortia, capables de dégrader et de fermenter des coproduits agro-industriels
lignocellulosiques associés à des sous-produits de la filière viande. Ces microorganismes
seront mis en œuvre dans un bioréacteur à membrane immergée.
Dans une optique novatrice de bioraffinerie, les acides gras volatils, sous produits liés à
la production de biohydrogène, seront valorisés par la production de lipides microbiens
utilisables dans la filière biogazole. C’est sur cette partie du projet que l’étudiant devra
pleinement s’investir.
Pour cela un screening de souches (levures et champignons) les mieux adaptées pour
produire des lipides à partir d’AGV sera réalisé.Les fractions lipidiques produites
seront étudiées et caractérisées. Enfin la production sera optimisée grâce à des
approches procédés et métaboliques. ___________________________________________________________________________
Travaux du laboratoire
:

- D. LINARES, P. FONTANILLE, C. LARROCHE (2008). Protective effect of biomass components against
interfacial inactivation of Į -pinene oxide lyase from Pseudomonas rhodesiae CIP 107491. Food technology and
biotechnology, 46 (2), 202-207.
- S. RAMACHANDRAN, P. FONTANILLE, A. PANDEY, C. LARROCHE (2008), Permeabilization and
inhibition of the germination of spores of Aspergillus niger for gluconic acid production from glucose.
Bioresource Technology, 99 (11), 4559-4565.
- S. RAMACHANDRAN, P. FONTANILLE, A. PANDEY, C. LARROCHE (2008). Fed-batch Production
of Gluconic Acid by Terpene-treated Aspergillus niger Spores. Applied Biochemistry and Biotechnology,
151 (2-3), 413-423.
- J. L. BICAS, P. FONTANILLE, G. M. PASTORE, C. LARROCHE

(2008). Characterization of monoterpene
degradation pathways in two pseudomonads. J. of Applied Microbiology 105 (6), 1991-2001.
Techniques utilisées
:
- Culture de microorganismes (levures et champignons oléagineux), production de biomasse
en bioréacteur…
- Dosages colorimétriques, chromatographie gazeuse sur colonne capillaire, RMN, GC/MS,
HPLC…
PROPOSITION DE STAGE DE MASTER M2 NUTRITION ET SCIENCES DES
ALIMENTS

SPECIALITE : SCIENCES DES ALIMENTS
ANNƜE 2009-2010

Titre du stage
:
Contrôle de la masse molaire de polysaccharides modèle par Homogénéisation Haute
Pression. ___________________________________________________________________________
Laboratoire d’accueil
: Laboratoire de Génie Chimique et Biochimique

Directeur du laboratoire : CG Dussap
Directeur du stage et coordonnées précises :
(Téléphone. et mail notamment) :
Philippe MICHAUD 0473407425
Philippe.Michaud@univ-bpclermont.fr ___________________________________________________________________________
Stage proposé
:
(5-10 lignes de description)
Longtemps associés à des fonctions de structure et de réserve, les polysaccharides sont
désormais également étudiés pour leurs activités biologiques ce qui implique un contrôle
de leur taille par dégradation chimique, physique et/ou enzymatique. Dans ce contexte,
le LGCB développe en collaboration avec le laboratoire Polymère, Biopolymères et
surface (CNRS-Université de Rouen) de nouvelles stratégies de production en continu de
polysaccharides de faible masse molaire à partir de macromolécules naturelles. Le
candidat retenu pour ce stage de M2 sera impliqué dans la caractérisation biochimiques
et physico chimiques des différentes espèces obtenues par homogénéisation haute
pression. ___________________________________________________________________________
Travaux du laboratoire
:
(maximum 4 références)
- Tavernier M-L., C. Delattre, Petit E., Michaud P. (2008). -(1,4)-Polyglucuronic Acids – an
Overview. Open J. Biotechnol. 2 : 73-86.
- Badel S., Laroche C., Gardarin C, Bernardi T, Michaud P. (2008). Influence of matrix
components in Leuconostoc mesenteroides biofilm formation. Appl. Biochem. Biotechnol.
151:364-370.
- Tavernier M-L., Petit E., Lesur D, Wadouachi A., Courtois B., Courtois J., Michaud P.
(2008). Efficient purification of small unsaturated oligoglucuronides by reversed-phase
chromatography. J Chromatogr. B. 863(2) : 266-272
- Fenoradosoa T.A. Ali G., Delattre C., Laroche C., Petit E., Wadouachi A., Michaud P.
(2009). Extraction and characterization of an alginate from the brown seaweed Sargassum
turbinarioides Grunow. J Appl Phycol. In Press.

Techniques utilisées
:
Chromatographie ionique (HPAEC), Chromatographie d’exclusion stérique couplée à de
l’analyse de diffusion de lumière multi angles, rhéologie, homogénéisation haute pression.

PROPOSITION DE STAGE DE MASTER M2 NUTRITION ET SCIENCES DES
ALIMENTS
SPECIALITE : SCIENCES DES ALIMENTS
ANNƜE 2009-2010

Titre du stage : Caractérisation fonctionnelle de mutants affectés dans l’adhésion et la
formation de biofilms chez Listeria monocytogenes
_____________________________________________________________________________________
Laboratoire d’accueil : UR454 de Microbiologie
Equipe Qualité et Sécurité des Aliments
INRA, Site de Theix
63122 Saint-Genès Champanelle
Directeur du laboratoire : Evelyne Forano
Directeur du stage et coordonnées précises :Mickaël Desvaux et Michel Hébraud
Tél: 04 73 62 47 23 ou 04 73 62 46 70
Mél:
mdesvaux@clermont.inra.fr
;
(hebraud@clermont.inra.fr
)
__________________________________________________________________________________________
____________
Stage proposé :
Listeria monocytogenes est une bactérie pathogène responsable d'intoxications alimentaires
sévères (listérioses). Elle est particulièrement problématique dans l'industrie agro-alimentaire par sa
capacité à s'adapter aux conditions environnementales hostiles (basse T°C, traitements de nettoyage-
désinfection, etc.) et à former des biofilms sur toutes les surfaces. Ce mode de croissance en biofilm
lui permet de persister dans ces environnements et d'augmenter considérablement sa résistance aux
traitements de désinfection. Nos travaux visent à élucider les mécanismes moléculaires impliqués dans
l'adhésion et la colonisation des surfaces abiotiques. Les évènements moléculaires inhérents à ce mode
de croissance ne sont pas connus chez cette espèce et les principaux objectifs sont de décrypter ces
mécanismes et de savoir si des liens existent entre l'expression de facteurs de virulence et la
formation/croissance en biofilm. L'analyse génomique de la souche séquencée L. monocytogenes
EGDe a permis d'identifier des gènes candidats impliqués dans la formation de biofilms. Le criblage
d’une banque de 4650 mutants par transposition a également révéler des gènes potentiellement
intéressants. Dans le cadre du stage, l’étudiant(e) participera à la caractérisation fonctionnelle de
mutants par la mise en œuvre de différentes techniques de biologie moléculaire, microscopie et
protéomique. Ce travail s'inscrit dans le projet européen "ProSafeBeef 2007-2012".
__________________________________________________________________________________________
Travaux du laboratoire
:
- Dumas, E., Desvaux, M., Chambon, C. and Hébraud, M. 2009. Insight into the core and variant exoproteomes
of Listeria monocytogenes species by comparative subproteomic analysis. Proteomics (sous presse).
- Dumas, E., Meunier, B., Berdagué, J.-L., Chambon, C., Desvaux, M. and Hébraud, M. 2008. Comparative
analysis of extracellular and intracellular proteomes of twelve Listeria monocytogenes strains: differential
protein expression is correlated to serovar. Appl. Environ. Microbiol., 74 : 7399-7409.
- Desvaux, M. and Hébraud, M. 2006. The protein secretion systems in Listeria: inside out bacterial virulence.
FEMS Microbiol. Rev., 30 : 774-805.
- Chavant, P., Martinie, B., Meylheuc, T., Bellon-Fontaine, M.-N. and Hébraud, M. 2002. Listeria
monocytogenes LO28: Surface physicochemical properties and ability to form biofilms at different temperatures
and growth phases. Applied and Environmental Microbiology, 68: 728-737.
__________________________________________________________________________________________
Techniques utilisées
:
PCR, clonage, construction et étude fonctionnelle de mutants, microscopie, protéomique.

PROPOSITION DE STAGE DE MASTER M2 NUTRITION ET SCIENCES DES ALIMENTS

SPECIALITE : SCIENCES DES ALIMENTS
ANNƜE 2009-2010

Titre du stage
:
Etude de la migration des ions et des additifs au cours du marinage d’aliments modèles
et de viande. ___________________________________________________________________________
Laboratoire d’accueil
:
Laboratoire de Génie Chimique et Biochimique de l’UBP
Université Blaise Pascal – Polytech'Clermont-Ferrand ,BP 206, 24,
avenue des Landais, 63174 Aubière Cedex
et UR 370 – Unité Qualité des Produits Animaux (QuaPA) de l’INRA de Theix
63122 St Genès Champanelle

Directeur du Laboratoire
: Professeur C. G. Dussap
Directeur du Stage
: Professeur J.-B. Gros et André Lebert, directeur de recherche
INRA ___________________________________________________________________________
Stage proposé
:
Le marinage est un procédé de transformation des produits alimentaires et en particulier des
produits carnés. Cette opération est gouvernée par les transferts de matière par diffusion au
même titre que les opérations de salage et de déshydratation osmotique : diffusion de
substances comme le sel, diffusion d’acides organiques, mais également diffusion de
substances comme des antioxydants ou des agents de texture qui modifient les propriétés
physico-chimiques de la viande au cours de leur migration.
L'objectif du stage est de préciser qualitativement et quantitativement ces transferts, sur un
aliment modèle et sur des muscles de viande. _____________________________________________________________________________________
Travaux du laboratoire :
(maximum 4 références)
- J.B. GROS, M. RUEGG (1987). Determination of the apparent diffusion coefficient of
sodium chloride in model foods and cheese. In "Physical properties of foods-2". R. Jowitt
(ed.), Elsevier Applied Science, London, 71-108.
- Z. EMAM-DJOMEH, G. DJELVEH, J.B. GROS (2001). Osmotic dehydration of foods in a
multicomponent solution. Part 1. Lowering of solute uptake in agar gels: diffusion
considerations. Lebensm-Wiss. u.-.Technol., 34
(5), 312-318.
- G. DJELVEH, Z. EMAM-DJOMEH, J.B. GROS (2001). Osmotic dehydration of foods in a
multicomponent solution. Part 2. Water loss and solute uptake in agar gels and meat.
Lebensm-Wiss. u.-.Technol., 34
(5), 319-323.
- L. BEN GAIDA, C.G. DUSSAP, J.B. GROS (2006). Variable hydration of small
carbohydrates for predicting equilibrium properties in diluted and concentrated solutions.
Food Chemistry,96
(3), 387-401.
Techniques utilisées
:
- Techniques classiques de laboratoire
- Analyse d'images, chromatographie ionique
- Méthodes de traitement des données et modélisation.
PROPOSITION DE STAGE DE MASTER M2 NUTRITION ET SCIENCES DES
ALIMENTS

SPECIALITE : SCIENCES DES ALIMENTS
ANNƜE 2009-2010

Titre du stage
:

Analyse des transferts d’eau et d’ions au cours du chauffage dans du tissu musculaire
préalablement mariné. ___________________________________________________________________________
Laboratoire d’accueil
: Equipe ‘Couplage Transferts Transformations », UR QuaPA
(INRA – Theix)
Directeur du laboratoire : Jean-Pierre Renou
Directeur du stage et coordonnées précises :
A. KONDJOYAN et J.D. DAUDIN,, Tél respectifs : 04 73 62 (4492) ou(4192)
Email :
alain.kondjoyan@clermont.inra.fr
,

daudin@clermont.inra.fr
___________________________________________________________________________
Stage proposé
:
(
Le marinage de la viande de bœuf préalablement à sa cuisson modifie sensiblement
l’environnement ionique conditionnant les réactions de transformations et les pertes de
matière pendant le chauffage. Or ces phénomènes affectent les qualités sensorielles (goût salé,
jutosité, couleur, tendreté) et nutritionnelles (teneur en ions sodium, digestibilité des
protéines, teneurs en composés néoformés). Dans le cadre du projet Européen ProSafeBeef,
l’étudiant aura en charge d’analyser expérimentalement les transferts d’eau et d’ions à
différentes échelles de produit (fines lamelles et échantillons de dimensions variés) de façon à
formuler des hypothèses sur les cinétiques de modification des liaisons eau-protéines et sur
les mécanismes de transferts de matières. Il examinera en particulier les incidences
respectives de la structure à l’échelle tissulaire et des paramètres procédés : état initial du
produit mariné et barème de cuisson.
___________________________________________________________________________
Travaux du laboratoire
:
Rougier, T., Bonazzi, C., Broyart, B., and Daudin, J. D. (2007) Impact of lipid phase on water
transfer in food, Drying Technology 25, 341-348.
Kondjoyan, A. and Portanguen, S. (2008). Prediction of surface and “under surface”
temperatures on poultry muscles and poultry skins subjected to jets of superheated steam,
Food Research International, 41(1), 16-30.
Kondjoyan, A. Chevolleau, S., Grève, E., Gatellier,

P., Santé-Lhoutellier,

V., Bruel, S.,
Touzet, C., Portanguen, S., Debrauwer, L. (2009a). Formation of Heterocyclic Amines in
slices of Longissimus thoracis beef muscle subjected to jets of superheated steam (accepté
revue Food Chemistry).
Gatellier, Ph., Kondjoyan, A., Portanguen, S., Grève, E., Santé-Lhoutellier, V. Determination
of Aromatic Amino Acid Content in Cooked Meat by Derivative Spectrophotometry:
Implications for Nutritional Quality of Meat (accepté par Food Chemistry).

Techniques utilisées
:
Bancs de marinage et de chauffage instrumentés développés par le laboratoire.
Photomètre flamme et ‘chlorure mètre’, Spectrocolorimètre.

PROPOSITION DE STAGE DE MASTER M2 NUTRITION ET SCIENCES DES
ALIMENTS
SPECIALITE : SCIENCES DES ALIMENTS

ANNƜE 2009-2010
Titre du stage :
Rôle de la capsule dans la formation de biofilm par Staphylococcus xylosus
___________________________________________________________________________
Laboratoire d’accueil
: Unité Microbiologie UR454, INRA, centre Clermont-Theix
*Directeur du Laboratoire : FORANO Evelyne

*Directeur du stage et coordonnées précises :
TALON Régine, Directrice de Recherche,
tel : 0473624170,, mail:
regine.talon@clermont.inra.fr
LEROY Sabine, Ingénieur de recherche,
tel : 04736245495, mail :
sabine.leroy@clermont.inra.fr
________________________________________________________________________
Stage proposé
:
S. xylosus est présent naturellement dans le microbiote des produits laitiers et carnés. Il est
également utilisé comme ferment dans ces produits dans lesquels il intervient dans le
développement de leurs qualités organoleptiques. Cette bactérie ubiquiste est souvent
mentionnée comme espèce dominante dans les ateliers agroalimentaires. Cette persistance
dans les ateliers est due en partie à sa capacité à former des biofilms. Nous avons montré que
la souche S. xylosus C2a, forme des biofilms denses avec des agrégats cellulaires séparés par
des canaux et enchâssés dans une matrice d'exopolymères. Ces exopolymères ne sont pas
connus. De plus, nous avons séquencé, assemblé et annoté le génome de la souche S. xylosus
C2a. C’est le premier génome de cette espèce à être déchiffré. L’analyse de ce génome de
référence nous a permis de mettre en évidence la présence de gènes cap impliqués dans la
synthèse d'une capsule qui pourrait constituer un facteur clé dans sa capacité à former des
biofilms et à survivre dans l’environnement.
Le stage a pour objectif d'établir le rôle de la capsule de S. xylosus dans sa capacité à
coloniser et à former des biofilms sur un support abiotique.
Planchon S., Desvaux M., Chafsey I., Chambon C., Leroy S., Hébraud M., Talon R. 2009.
Comparative subproteome analyses of planktonic and sessile Staphylococcus xylosus C2a: new insight
in cell physiology of a coagulase-negative Staphylococcus in biofilm. J. of Proteome Research
10.1021/pr8004056.
Planchon S., Gaillard-Martinie B.
,
Dordet-Frisoni E., Bellon-Fontaine M.N., Leroy S., Labadie
J., Hébraud M.,

Talon R. 2006. Formation of biofilm by Staphylococcus xylosus. International Journal
of Food Microbiology Vol 109, 88-96
___________________________________________________________________________
Travaux du Laboratoire
:
- Planchon S., Chambon C., Desvaux M., Chafsey I., Leroy S., Talon R., Hébraud M. 2007. Proteomic
analysis of cell envelope from Staphylococcus xylosus C2a, a coagulase-negative Staphylococcus. J. of
Proteome Research. Vol 6, 3566-3580.
- Dordet-Frisoni E., Dorchies G., De Araujo C., Talon R., Leroy S. 2007. Genomic diversity in
Staphylococcus xylosus species. Applied and Environmental Microbiology Vol. 73, 7199-7209.
- Dordet-Frisoni E., Gaillard-Martinie B., Talon R., Leroy S. 2008. Surface migration of
Staphylococcus xylosus on low-agar media. Research in Microbiology, 159, 263-269.
- Dordet-Frisoni E., Talon R., Leroy S. 2007. Physical and genetic map of the Staphylococcus xylosus
C2a chromosome. FEMS Microbiology Letters. Vol. 266, 184-1.93.
___________________________________________________________________________
Techniques utilisées

Croissance bactérienne, culture en biofilm, PCR, clonage, transformation, séquençage,
échange allélique, microcopie électronique
PROPOSITION DE STAGE DE MASTER M2 NUTRITION ET SCIENCES DES ALIMENTS

SPECIALITE : SCIENCES DES ALIMENTS
ANNƜE 2009-2010

Titre du stage
: Stratégies de lutte contre les moisissures indésirables dans la filière
saucisson sec ___________________________________________________________________________
Laboratoire d’accueil
: Laboratoire de Génie Chimique et Biochimique
24 Avenue des Landais Bât. Polytech
BP 206 – 63174 AUBIERE Cedex
Directeur du laboratoire : C.G. DUSSAP
Directeur du stage et coordonnées précises : Christian LARROCHE (LGCB)
(Téléphone. et mail notamment) :04-73-40-74-29
christian.larroche@univ-bpclermont.fr ___________________________________________________________________________
Stage proposé
:
Le travail proposé est partie intégrante d'un programme retenu dans le cadre d'un
appel d'offres du pôle de compétitivité InnoViandes, et dont le coordonateur est la
salaison Polette. Il s'inscrit dans l'axe « Maîtrise de l’hygiène et de la sécurité sanitaire »
du Pôle et vise à étudier les pistes d’action possibles pour lutter contre les moisissures
indésirables dans la filière saucisson sec. Il s'agira plus précisément de l'étude du lien
entre germination et phase de latence pour la croissance des moisissures, de manière à
faire évoluer les techniques actuelles d'étuvage en leur permettant de défavoriser le plus
possible la prolifération des moisissures dont la présence n'est pas souhaitée.
__________________________________________________________________________
Travaux du laboratoire
:
- S. RAMACHANDRAN, P. FONTANILLE, A. PANDEY, C. LARROCHE (2007). Spores of Aspergillus niger
as reservoir of glucose oxidase synthesized during solid state fermentation and their use as biocatalyst in
gluconic acid production. Lett. Appl. Microbiol., 44
, 155-160
- S. RAMACHANDRAN, C. LARROCHE, A. PANDEY (2007). Production of spores. In : Current
developments in solid-state fermentation, A. Pandey, C.R. Soccol, C. Larroche (eds.), Asiatech Pub, Inc, New
Delhi, pp. 230-252.
- S. RAMACHANDRAN, P. FONTANILLE, A. PANDEY, C. LARROCHE (2008). Stability of glucose
oxidase activity of A. niger spores produced by solid-state fermentation and its role as biocatalyst in
bioconversion reactions. Food Technol. Biotechnol., 46
, 188-192.
- D. LINARES, P. FONTANILLE, C. LARROCHE (2008). Protective effect of biomass components against
interfacial inactivation of Į -pinene oxide lyase from Pseudomonas rhodesiae CIP 107491. Food Technol.
Biotechnol., 46
, 202-207.
- A. SUMANTHA, P. FONTANILLE, C. LARROCHE, A. PANDEY (2008). Exploration of fungal spores as a
possible storehouse of proteolytic biocatalysts. World J. Microbiol. Biotechnol., 24
, 2897-2901
- J. L. BICAS, P. FONTANILLE, G. M. PASTORE, C. LARROCHE

(2008). Characterization of monoterpene
degradation pathways in two pseudomonads. J. Appl. Microbiol. 105
, 1991-2001.
Techniques utilisées
:
- Culture de microorganismes (champignons filamenteux), production de biomasse en
bioréacteur
- Dosages colorimétriques, chromatographie gazeuse sur colonne capillaire, RMN, GC/MS,
HPLC…

PROPOSITION DE STAGE DE MASTER M2 NUTRITION ET SCIENCES DES ALIMENTS

SPECIALITE : SCIENCES DES ALIMENTS
ANNƜE 2009-2010
Titre du stage
:
Etude de l’expression de marqueurs de tendreté de la viande bovine : influence de l’âge et de la
race _____________________________________________________________________________________
Laboratoire d’accueil
: Unité de Recherches sur les Herbivores

Directeur du laboratoire : Jean-François Hocquette
Directeur du stage et coordonnées précises :
Brigitte Picard : 04 73 62 40 56,
picard@clermont.inra.fr

Isabelle Cassar-Malek : 04 73 62 46 57, cassar@clermont.inra.fr
_____________________________________________________________________________________
Stage proposé
:
(5-10 lignes de description)
Depuis plusieurs années notre équipe conduit des travaux de recherches de marqueurs de la tendreté de la
viande bovine. Des programmes de génomique fonctionnelle associant des analyses biochimiques, de
transcriptomique et protéomique ont permis d’établir une liste d’une trentaine de marqueurs potentiels. La
relation entre la tendreté et ces marqueurs est en cours de validation sur plusieurs types de muscles et
d’animaux. L’objectif du sujet proposé est d’analyser ces marqueurs au niveau protéine (lorsque les
anticorps sont disponibles) ou au niveau ARNm, sur des échantillons de muscles prélevés par biopsies à
deux âges (9 et 12 mois) et à l’abattage à 15 mois environ, sur des taurillons de trois races : Angus,
Limousine et Blonde d’Aquitaine (programme européen ProsafeBeef). L’intérêt de ces trois races est
qu’elles diffèrent en terme de rapport masse musculaire/tissu adipeux, les Blonds d’Aquitaine ont des
masses musculaires élevées et peu de lipides intramusculaires, à l’opposé les Angus ont des masses
musculaires moins développées et plus de lipides intramusculaires, la race Limousine a une position
intermédiaire. Ces caractéristiques génèrent des potentialités de tendreté différente de la viande issue de
ces trois races. Ainsi, cette étude permettra de mettre en évidence des différences éventuelles dans les
marqueurs de la tendreté selon les races et de préciser comment évoluent ces marqueurs avec l’âge des
animaux, dans un objectif finalisé de maîtriser la conduite d’élevage des bovins afin de favoriser une
expression optimale des marqueurs de tendreté de la viande.
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Travaux du laboratoire
:
(maximum 4 références)
Bouley J., Meunier B., Chambon C., De Smet S., Hocquette J.F., Picard B., 2005. Proteomic analysis
of bovine skeletal muscle hypertrophy. Proteomics 5, 490-500.
Schreurs N.M., Garcia F., Jurie C., Agabriel J, Micol D., Bauchart D., Listrat A., Picard B. 2008.
Meta-analysis of the effect of animal maturity on muscle characteristics in different muscles, breeds
and sexes of cattle. Journal of Animal Science. Volume: 86thIssue, 2872-2887.
Jurie C, Picard B, Heyman Y, Cassar-Malek I, Chavatte-Palmer P, Richard C, Hocquette J-F. 2009.
Comparison and non-cloned Holstein heifers in muscle contractile and metabolic characteristics.
Animal 3:2, 244-250.
Picard B. and Cassar-Malek I. 2009. Evidence for expression of IIb myosin heavy chain isoform in
some skeletal muscles of blonde d’aquitaine bulls. Meat Science 82, 30-36.
Techniques utilisées
:
- quantification du niveau d’abondance de protéines (marqueurs de tendreté) par approche
immunologique : dot-blot en fluorescence
- quantification de l’expression de gènes correspondants à ces marqueurs par PCR quantitative
- analyse statistique des effets âge et race
PROPOSITION DE STAGE DE MASTER M2 NUTRITION ET SCIENCES DES ALIMENTS

SPECIALITE : SCIENCES DES ALIMENTS
ANNƜE 2009-2010

Titre du stage
: Bénéfices et risques associés aux bactéries à Gram négatif au sein des communautés
microbiennes des fromages _____________________________________________________________________________________
Laboratoire d’accueil
: INRA, Unité de Recherches Fromagères, 20 Côte de Reyne, 15000
AURILLAC
Directeur du laboratoire : MONTEL Marie-Christine
Directeur du stage et coordonnées précises : DELBES Céline
Tél. : 04 71 45 64 19, e-mail : cdelbes@clermont.inra.fr
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Stage proposé
:
(5-10 lignes de description)
Les fonctionnalités des bactéries à Gram négatif dans les fromages sont mal cernées. L’analyse du statut
sanitaire de ces bactéries et de leur impact sur les qualités sensorielles des fromages revêt un enjeu
particulier pour les fromages au lait cru et pour tous les fromages à pâte molle.
Le sujet de stage s’inscrit dans le cadre d’un projet ANR « GRAMME » qui a débuté en janvier 2008 et
dont l’objectif est de développer une méthodologie contribuant à évaluer les bénéfices et risques associés
aux bactéries à Gram négatif au sein des communautés microbiennes des fromages.
L’objectif du stage sera d’étudier l’influence des interactions microbiennes et des facteurs technologiques
sur le développement de bactéries à Gram négatif ciblées, au sein d’un fromage modèle en présence d’un
consortium de référence composé de 10 espèces de bactéries à Gram positif et de levures représentatives
des principaux groupes microbiens rencontrés dans les fromages.
En fonction de l’avancée des travaux des différents partenaires du projet, il visera :
• Soit les E. coli producteurs de shigatoxines
• Soit une souche productrice d’amines biogènes choisie en fonction des résultats de l’étude in vitro.
Ces interactions seront étudiées par une approche de challenge-test basée sur l’ajout ou l’omission des
différentes souches des consortia dans différentes conditions technologiques selon un plan d’expérience
(vitesse d’acidification et pH, T°C…). La production en fromage d’amines biogènes ou de shigatoxines
et/ou la transcription de gènes impliqués seront mesurées.
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Travaux du laboratoire
:
Delbès, C., Ali-Mandjee, L., and Montel M.C. 2007. Monitoring Bacterial Communities in Raw Milk and Cheese by Culture-Dependent
and -Independent 16S rRNA Gene-Based Analyses, Applied And Environmental Microbiology, 73, 1882–1891.
Alomar, J., P. Loubiere, C. Delbès, S. Nouaille, M.C. Montel, 2008b, Effect of Lactococcus garvieae, Lactococcus lactis and
Enterococcus faecalis on the behaviour of Staphylococcus aureus in microfiltered milk. Food Microbiology 25:502–508.
Techniques utilisées
:
Les techniques mises en œuvre pour répondre à ces objectifs seront :
• Microbiologie classique
• PCR quantitative en temps réel
• Chromatographie HPLC
• PCR-SSCP (Single Strand Conformation Polymorphism)